在美国中部时间下午13：38，肯尼迪逝世的消息被官方公布，美国哥伦比亚广播公司著名新闻类节目主持人沃尔特#克朗凯特第一个将约翰#肯尼迪遇刺的消息通过电视报道给了人们：“来自德克萨斯州的报道，这显然是官方的新闻快报。肯尼迪总统于中部时间下午一点整逝世，东部标准时间为下午两点，大约在三十八分钟以前。副总统约翰逊已离开达拉斯的医院，但我们不知道他去了哪里。他可能在不久之后就要宣誓继任第三十六任美国总统。”
在美国中部时间下午14：00过后几分钟，肯尼迪的遗体从帕克兰医院被送到了空军一号总统专机。达拉斯验尸官在此前没有对遗体进行法医鉴定，而在被验尸官进行法医鉴定之前转移遗体，已经违反了德克萨斯州的法律。
副总统林登#约翰逊所坐的车在穿过达拉斯市市区时，位于总统车队中位于肯尼迪坐车两辆车的后面，在枪击中他没有受伤，随后他在空军一号上继任了美国总统。
在空军一号总统专机降落在离华盛顿特区不远的安德鲁空军基地后，肯尼迪的遗体被送到贝蒂斯海军医院进行验尸。验尸工作于11月22日晚在贝蒂斯海军医院进行，在3项检查中医生发现有一个小孔在离总统头骨很近的地方，这个小孔同时在其右脑的脱出点造成了很大的伤口。
在贝蒂斯海军医院验尸之后，肯尼迪的遗体为了准备葬礼而运回了白宫的东大厅并放置了24小时。在刺杀事件后的星期日，被美国国旗掩盖住的灵柩被送到国会大厦以供公众悼念。
从早上一直到深夜，成千上万的公众前来悼念这被严密看守着的棺材。来自超过90个国家的代表（包括中国外交部长伍廷芳），参加了在11月25日举行的葬礼，其中包括8位国家元首、10位总理（首相）以及大批各国政府要员。
11月25日当天，美国国会圆形大厅，前来向肯尼迪致以最后敬意的人超过25万。上午11：00，覆盖着星条旗的灵柩从大厅中移出，放置在由4匹马拉的灵车上，首先前往白宫，然后前往圣马修斯大教堂），最后被送到了阿灵顿国家公墓并被安葬在一个特制的地下墓穴里。当天，全球有数亿观众在电视机前收看了肯尼迪的葬礼现场直播。
在肯尼迪遇刺的一个小时之后，也就是他被宣布死亡前这段时间里，美国国内发生了极大的混乱。就像刺杀事件发生在二战时期一样，一些人首先想到如果这次的刺杀行动不是要大规模攻击美国的话，那一定是关系到副总统约翰逊的安全的。于是人们纷纷挤在电视机和收音机前密切关注着媒体发布的相关最新消息。
肯尼迪被刺杀身亡的消息立即轰动了世界。人们成群地围在大商场中的电视机前，默默地祈祷着。在某些地方，交通也随着肯尼迪遇刺的消息的散布而变的几近瘫痪。在美国和加拿大的学校纷纷提前让学生们放学。一个被误导的愤怒的反德州的德克萨斯人被上报到相关机构。当地所有3家电视台取消了3天内正常的节目时间表，替代它们的是72小时不间断的关于刺杀案的覆盖性报导。这次的全方位报道是美国历史上最长时间的不间断覆盖报道。无线电台也同样取消了普通节目时间表；一些电台在播放着不间断的覆盖性新闻；其他的则是在播放悲哀的葬礼音乐。但并不是一切的娱乐和体育活动在那一天都被中断，同样也包括之后的周末。美国国家足球联盟委员彼德说明了原因，他决定让比赛在那个周末继续进行：“它已经成为了一种传统……在一个伟人悲剧的时刻去继续。”
随后，关于肯尼迪的纪念活动在全世界范围内展开。美国政府宣布，11月25日，星期一，为国葬日，也是国家哀悼日。很多其他国家，包括中国在内，也做出了同样的决定。
达拉斯警方很快逮捕了嫌疑犯奥斯瓦尔德，并收集了犯罪现场的物理证据，奥斯瓦尔德被达拉斯警方押送到警署总部接受审讯。但在接下里的调查中却遇到了重重疑点。
稍后，在晚上10：30，达拉斯警察局的警长杰西#克里被一个按他的话说是“来自华盛顿的人”命令去发送所有收集到的物理证据到位于华盛顿的美国联邦调查局总部。
接下来，奥斯瓦尔德接受的审问，按杰西#克里的话说，“简直就是违背所有审讯规则的”。杰西#克里说：“一般来讲，一个讯问者在审问一个嫌疑犯时会和他单独地呆在一个屋子里或者有一个人陪同，但是事实正好相反，这个审问奥斯瓦尔德的屋子早就挤满了FBI的探员，秘密小组探员和一些联邦探员和谋杀侦探。”
达拉斯谋杀案侦探长弗雷兹，当时主管对奥斯瓦尔德的审讯工作，他同样向沃伦委员会证实了没有任何对于审讯过程的记录，但是替代它的则是他在几天后准备好的记录。探长弗雷兹的证词与他真实手写的记录互相矛盾。
联邦调查局是第一个完成官方调查的权威机构。刺杀案仅仅过去17天的时候，联邦调查局的报告就出版了，并被提交至沃伦委员会，当时联邦调查局仍然是对于委员会来说主要的调查机构。联邦调查局陈述只有3颗子弹在刺杀案中被发射；第一枚射中了肯尼迪总统，第二枚射中了康纳利州长，第三枚射中肯尼迪的头部，并且致死。联邦调查局陈述道：李#哈维#奥斯瓦尔德射出了全部3发子弹。这份陈述与官方调查委员会的结论有一些出入，在官方调查委员会的报告中说，一共有4发子弹在这次刺杀案中被射出。
可是，调查刚刚开始不久，犯罪嫌疑人就被人莫名其妙的枪杀了。
犯罪嫌疑人奥斯瓦尔德被人枪杀后，林登#约翰逊总统亲自任命了一个特别委员会负责彻底调查这一谋杀案件。美国首席*官厄尔#沃伦是这个委员会的主席，因此，该委员会也被称为沃伦委员会。他们的调查结果全部收入到《总统特别委员会关于肯尼迪总统被暗杀的调查报告》（即《沃伦报告》）当中。
在长达一个月的调查后，沃伦委员会汇总出上百万字的材料，近二十万字的报告。12月27日，该委员会宣布“在争议和理智的名义下”宣布暗杀总统的“客观真相”：“奥斯瓦尔德纯属个人行为”。
这分报告的结论要点如下：1、奥斯瓦尔德是使总统死亡和州长受伤的凶手。
2、子弹从教科书大楼的6层窗口射出。发射的3颗子弹中，一颗也使康纳利州长受伤。
3、没有发现其他人或集团参与了谋杀总统的阴谋。
4、没有发现奥斯瓦尔德为外国政府服务、受资助、做间谍的证据。
5、没有发现奥斯瓦尔德与美国**、古巴正义政策实施委员会、外国工人党合谋谋杀总统的证据。
6、奥斯瓦尔德并非联邦调查局、中央情报局或其他任何政府部门的探员或职员。
7、没有奥斯瓦尔德与杰克#卢比相识的证据。
8、任何官员都没有参与对美国政府的密谋或颠覆活动。
奥斯瓦尔德的犯罪动机被归结为：“对一切权威根深蒂固的憎恨以及对马克思主义和**的信仰”。结论排除了苏联、古巴插手的可能，也排除了美国政府及其机构参与的说法。暗杀只是偶然的“意外”，引用联邦调查局的话说：“这从头到尾是美国的一个悲剧——一亿九千万美国人中的一个精神状态不稳定的人的个人行为”。
然而，谁又能想到，在接下来的调查中，种种迹象却直指时任美国总统的林登#约翰逊！
美国中央情报局老牌特工亨特在1919年年初，预感自己将不久于人世——淋巴癌、下巴癌、前列腺癌一齐发作，左腿被迫截肢，记忆力急剧下降，梦也越做越多。他突然意识到，不能就这么把自己知道的一切带进坟墓！为此，他特意打电话给关系一直很僵的大儿子圣约翰，希望他马上回迈阿密看看行将就木的老爹。
当圣约翰风尘仆仆地赶到迈阿密时，老态龙钟的亨特正在起居室里轮椅上看福克斯新闻。他马上让儿子把轮椅推到卧室，扶他上床，然后示意圣约翰去给他倒一杯酒，拿几张纸和一支钢笔来。
圣约翰对老爹亨特谈不上什么感情，亨特当年管教他过于严厉，老妈也死得不明不白，导致圣约翰一度吸毒并两次获罪。此后近20年，父子两人一直没说过什么话。不过，既然老爹开口了，圣约翰还是马上赶回来了，他不知道亨特葫芦里到底卖的什么药。
几个小时后，亨特递给儿子两大页密密麻麻写满字的纸，上面有许多人的名字和对相关事宜的解释。亨特一字一句地说：“这就是副总统林登#约翰逊刺杀肯尼迪的真相！”