众人补天完毕，皆想起大战留下的法宝，一看之下，皆是气的七窍生烟。原来巫妖大战留下的东西在众人眼皮底下也不知被谁搜刮的一毛不剩，连个巫妖尸体都见不到。众人掐指推算，却是天机混沌，只有镇元子内心暗笑。
这时老子叹了一口气说道：“事已至此，我等还是先解决巫妖之事为好。”
元始天尊也说道：“大兄所言甚是。”
其他圣人虽然不甘，但一时夜想不出主意，只好应是。
老子又说道：“巫妖二族不顾洪荒万千生灵，数次大战，造下无边浩劫，乃不赦之罪。而今两族气数已尽，已不能再掌管天地。如今圣人会集，正好商议天下大势，我等可不能因小失大。”
众人同时道：“善。”
老子见众人同意自己的提议，便说道：“既然如此，大家都说说看，该如何处置这巫妖两族？”
接引满脸愁苦，开口说道：“巫妖大战，生灵涂炭，贫道怜它等修为不易，特来点化，以去其戾气，造福苍生。”
女娲娘娘在旁边听了，说道：“不妥，贫道为妖族圣人，这些妖族便是贫道子民，不如归我收押。我有山河社稷图，正好来关押妖族，令其在图中思过。”
众圣一听，想到由你来处置妖族，那和不处置有什么区别，何况你都处置了，我们难道吃西北风去，纷纷言道不妥。
只听准提说道：“你既然是妖族圣人，让妖族跟随于你算什么责罚？我看妖族中甚多与我西方教深有机缘，不如让我度化，修行积善，日后自然能成那婆娑大道。”
通天教主性情耿直，向来看不惯准提，听了准提的话，便手指巫族，说道：“道友既然有此等神通，慈悲胸怀，便将他们一起度化了吧。”
那西方教是专修今生来世的，但是巫族不修元神，不听大道，怎么能通西方的神通？通天教主此言却是为难准提。
准提见通天教主为难他，也不着恼，笑道：“我西方教只度有缘之人。可惜巫族与我无缘，天数如此，奈何奈何！”
通天教主笑道：“准提道友真是好口才。尔等西方教说度化众生，可是我怎么听说你西方之人也不曾度完啊，那你又何必到我东方来打秋风？”
准提仍然满脸笑容地说道：“世人有贤愚之别，有人若能悟得，贫道自度之；若不能悟，自然与贫道无缘，贫道又何必强求他们。”
老子看着众人争吵，但也实在想不出一个好的解决办法，只好说道：“既然这样，不如且问问这巫妖两族自己的意见，看他们自己愿意跟着哪位圣人。不过哪位如果收留了这些巫妖，日后若是出了什么问题，也不必多说，直接找那些圣人就是了。大家以为如何？”
其他的圣人想了想，也确实没有个两全其美的办法，如果一定要争下去，发展到最后，免不了又要做过一场，届时如果输了场面，就是人财两空。
老子见众人都同意，便把这番话告知巫妖两族。两族听了圣人的决定，各有打算。巫族自然不用说，他们知道自己不修元神，恐怕没有圣人愿意收留他们，而且巫族向来自傲，也不想归附哪位圣人。
无奈之下众圣也只能将一部分巫族暂时安排进了地府之中，而剩下的那部分不愿去地府的被安排到洪荒极北荒凉之地，大巫中尚有相柳、九凤、雨师等在大战中存活下来，便由他们带领，众圣虽然让巫族自立但也下了禁令，让他们不得擅自离开极北之地。
巫族事了，现在就剩下妖族。妖族也有几个选择，一是投靠女娲，女娲身为妖族圣人，自然不会放任妖族不管，投入女娲门下就相当于身后有一个圣人，即使将来有大劫降临，也多了一份保障。
还有一处就是通天教主的截教，截教向来是有教无类，妖族也不会收到歧视。
妖族中还有少数一部分实力并不是很强，但心思机灵、善于投机的，愿意随接引准提前去西方。毕竟投靠女娲、通天两处的妖族实在太多，自己如果随大流，根本就没有出头之日。如果进了西方教就不一样，西方人才极少，自己进去以后就算不能被圣人收为弟子，但是就那么几个弟子，平时怎么也能在圣人面前露露脸，说不定那天就会被圣人看上也说不定。虽然西方物资贫乏，但是好在人数够少，分摊下来也不比女娲和通天手下的差多少。
还有三名妖猴，本体分别为赤尻马猴（晓阴阳，会人事，善出入，避死延生）、通臂猿猴（拿日月，缩千山，辨休咎，乾坤摩弄）、六耳猕猴（善聆音，能察理，知前后，万物皆明），皆打算拜在镇元子门下。镇元子无奈，只好先收入门下，准备带到萧凡面前由他发落。
至于太上老君与元始天尊这两位圣人妖族根本就不用考虑，就算他们想要投靠，以这位两圣人收徒的标准也不会收他们的。
之后三清选了三位妖圣作为自己的坐骑，老子要了青牛，元始是四不像，通天则是奎牛（牛魔王），接引与准提本来也想抓两只，可是被女娲阻拦，只得作罢。
如此一来，妖族的事也就圆满解决了，基本上这些人都算满意。
巫妖之战最后以妖族两位天帝和巫族十二位祖巫的陨落而正式地落下帷幕。经过了这场巫妖大战，洪荒破碎，分为九洲，分别是东南神洲、正南迎洲、西南戎洲、正西?洲、中央冀洲、西北柱洲、正北玄洲、东北咸洲、正东阳洲。东南神洲即东胜神洲，正南迎洲即南赡部洲，西南戎洲即西牛贺洲，西北柱洲即北俱芦洲，只因皆是古时称谓，后来改称了。不过正西?洲、中央冀洲、正北玄洲、东北咸洲、正东阳洲五洲受大战波及，散为东海十三散仙诸岛。九洲之外尚有其他数不尽的小洲，接天连地，无边无际。
大战过后，洪荒大地上的灵脉大多断绝，灵气严重流失，天地间万千生灵无不惶惶不可终日。
这时，天上传来阵阵钟鸣磬音，众圣人抬头望去，一朵紫云上托着鸿钧道祖，身后随伺两个童子，男童捧金钟，女童捧玉磬，似缓实疾，飘然而来。
见到鸿钧，这些人不敢怠慢，齐齐下拜道：“拜见老师。”
道祖鸿钧淡淡地说道：“如今洪荒破碎，天地崩塌，灵气四散，吾来此恢复洪荒大地。”
只见道祖鸿钧双手微张，然后往中间一合，低喝一声：“合。”顿时，那地下的灵脉残片纷纷移动起来，顷刻组合在一起形成新的灵脉，无数的天地灵气重新散发出来。
道祖鸿钧又伸手临空划出一道道玄奥莫名的轨迹，那洪荒碎片便纷纷飞起，化作漫天星斗，鸿钧见周天星斗已成，又当空一抓，就有点点光芒从三十三天外的混沌世界中飞来，然后伸指连弹，点点光华一一飞出，到达那漫天星斗上消失不见，随即，那些星斗上就有道道白光射下，俨然就是星辰之光，饱含天地灵气。
洪荒大地再次合一，天地间灵气不断涌出，虽然比起以前还是大有不及，但是照这个速度下去，洪荒大地总有一日就能恢复到原来的水平。
那天庭恢复了漫天星斗之后，又重现了昔日的辉煌，鸿钧道：“此处就是天界，凡执掌周天职司者居与此。”
鸿钧又指着恢复的洪荒道：“从此，此界便唤作地仙界，这地仙界乃是三界根本。尔等好自为之，不可再使其有所损坏。”
这新成的地仙界，由四部分组成，中间又有高山大海相隔。
东方之地，人杰地灵，山清水秀，那些人族中金仙以上的修士以及洪荒中许多散修大多选择在这里潜修。
南方部分，则龙蛇混杂，妖族败落之后，归顺于女娲的妖族，大多都在此落脚，割据山头，独霸一方。
西方乃西方教立教之地。
至于北方，乃是最能保持洪荒原貌的地方，到处是毒虫猛兽，这些虫兽虽然不能修炼化形，但也一个个都有大神通，性情暴戾，寻常金仙遇到了也不是对手。后来众圣将巫族残余就安排到这个地方，反正巫族好战，正好在这里让他们过瘾，真要到了别的地方，难免不和其他生灵冲突。
随后道祖鸿钧将昊天瑶池两位童子唤来，淡淡地说道：“天道之下，量劫轮回，世间无有永恒主角。巫妖陨落，人族当兴，不过天庭不可一日无主，今立吾之座下童子昊天为天帝，瑶池为王母，尔等可有异议？”
众人闻言忙道：“自无异议。”鸿钧钦点昊天为三界之主，众圣自是不敢违背，至于服不服从却是另外一回事了。
昊天、瑶池人闻言大喜，连忙拜谢道：“多谢老师。”
“四海不可无人掌管,今命龙族为四海之主。”鸿钧老祖又是一锤定音。
龙族闻言，立马派遣三龙王掌管东、南、西三海，分别为东海龙王敖广，是为广德王；南海龙王敖钦，是为广利王；西海龙王熬闰，是为广顺王，至于萧凡名下北海龙王敖顺，自号广泽王。自此龙族正真掌管所有海域。
众事皆毕，众人陆续离开，只留下镇元子和三位妖族弟子。
镇元子见千万阴魂不散，日夜哭号，黑气弥漫，欲噬人而啖，狰狞恐怖，不可言表,心中不忍，遂端坐云端，一拍脑门，三花聚顶，五气朝元，半亩大小庆云上，大放五彩毫光，有紫金花万朵，璎珞垂帘，紫金灯万盏，火心滴下，如檐前滴水，络绎不绝。庆云上，一本玄黄色地书沉沉浮浮，条条薄薄的玄黄之气垂下。镇元子跌迦而坐，宝相庄严，口吐五彩之音，大念《道德超度亡灵经》:
“尘归尘，土归土！今日之孽，他日之报。害你之人，他日或为人所害，或永堕无间地狱，不得超生。冤冤相报，何时能了。今日投胎，他日重生。死者当安，生者当宁！尘归尘，土归土，众鬼，听令，洗去怨气，涅盘重生，无量天尊！。”
无量大放光明的经文吸纳天地灵气、日月精华，化作朵朵金莲，飘向众冤魂，肉眼可见，黑气消散，戾气消弭，狰狞不再，神态安详，面带笑容，合十端坐虚空，向镇元子拜谢一番后，飞往六道轮回。
超度亡魂，消弭戾气，洗涤怨气，无量功德，肉眼可见，天际垂来滚滚玄黄云气，汇聚成一云气瀑布飞瀑而下，镇元子忙用地书接了，只见玄黄色书面得无量符文更显玄奥，气息也多了一种悲天悯人，有容乃大，浩浩荡荡，不惧淫邪，不惧鬼魅，光明正大，朗朗乾坤之感。
此事完后，镇元子便带着三位弟子往北海而去。只听天际传来一声唏嘘吟唱：
“不周山上天柱斜，盘古洪荒大陆分。
两百万载强繁衍，终究归了本源！
妄相竟复强灭，天道何必希求。
善恶一时忘念，荣枯都不关心......”
第二卷终。