供词录好，着小白菜画了供，刘锡彤即刻派人去传杨乃武他中了举人，便成了士绅先生，称呼也要变成‘老爷，，即便是到县衙，也要刘锡彤亲自相迎，彼此很客气的落座，取过小白菜的口供给他。当然是改过的，把关于‘刘大少爷，的话从中删除了。不但供词，也把小白菜带上花厅，和他两造对质。
杨乃武一看便知，供词是刑求之下所得。因此打定主意，要推翻全案，“十月小阳春的天气，葛品莲停尸四日，岂有不生尸变的道理？如今固执成见，对一弱女子临之以威，加之以大刑，何求不得？子虚乌有之事，根本谈不到对质不对质！”
这番话说得非常犀利，刘锡彤又怒又很，偏偏还动他不得，只好报以冷笑，“你是新科举人，我奈何你不得。”他大声吩咐，“送客！”
在杨乃武觉得，刘锡彤断然无奈自己这个新科举人何，但他错打了盘算，刘锡彤连夜动笔，亲自拟了一道公文，历数杨乃武过去包揽诉讼，干预公事，煽动乡愚，抗粮抗租的劣迹，以及葛品莲暴亡，葛毕氏供词，传杨乃武到案不敢对质的情形，认为以‘该举人之种种恶行，无异衣冠禽兽，枉读诗书，玷辱士林，，应该斥革他的举人。
请了本县学政来，这个人秉性庸弱，刘锡彤怎么说他就怎么做，当即列名会衔，派典史上省，由府而道，由道而省，转咨学政出奏。过三天功夫，便得意洋洋的回县复命了。
这样的一道回文，只是革了杨乃武的秀才，却还革不得举人，因为革除举人的功名要报部批准，千山万水·绝不是那么快就能够有批复的。但即便如此，也可以让刘锡彤大喜过望了，再度把杨乃武传来，这一回情形不同·他的秀才已经被革，上公堂要照平常百姓那样跪着回话了。但杨乃武吃公门饭多年，刑名之事熟稔于心，言语之中全无漏洞，刘锡彤也不是那么容易吃的下来。审了一天，全无结果。
刘锡彤以非为是，要将案子解府。他有个刑名师爷·名叫田寿山，因为诗酒逍遥，雅好金石，因此得了个田黄的外号。田黄虽然懦弱，但性情忠厚，以为虽然有小白菜的口供，但攀咬杨乃武的口供中有一节，她说杨乃武是十月初五日给她砒霜·要她害死丈夫，而十月初五日的时候，杨乃武正在南乡岳家·为高中举人一事举行家宴，虽然其中有两个时辰在睡午觉，暂时摸不清动向，但攻不破这个破绽，只怕案子到了府里，也得给驳回来。
命、盗重案，罪致死刑的，都要由县而府，层层审转，经三法司秋审之后·方可定谳。在县里，一遇到这样的大案子，应该立刻报府，名为‘初报，，初报之时，案情不明·所以一般而言都会很简略;等审理有了一定的结果，全案解府，可就马虎不得了。倘若有不明不白，不尽不实之处，打回来重审，名之为‘驳，。案子驳回就表示县官处理得不好，不但人犯移解，公务往还，麻烦很多，而且还会丢面子，影响考绩。
但刘锡彤打的却是借刀杀人的主意：杭州府知府叫陈鲁，南京人，举人出身，为人刚愎自用，最恨的就是有文无行的人，混上一个功名，不好好往正途上走，在家乡仗势欺人，借百姓要挟官府，借官府鱼肉乡民，两面三刀，又做师傅又做鬼，可恶透顶便如同杨乃武之流的人！
而即便陈鲁驳了自己的案子，也不必怕，公文来回，总要数月之久，到时候部里革除杨乃武举人功名的公文到手，即便杨乃武再给转了回来，也好对他动刑！就不信他不招！这样一想，决心已定，将杨乃武解往杭州府。
到了杭州府，部里的批文也到了，这一次陈鲁全无顾忌，放手大干，大刑之下，杨乃武被屈打成招。到十一月初的时候，案子中一干卷宗解到省按察使衙门。按察使司叫蒯贺荪，字士芗，原籍江苏吴江，寄籍顺天府大兴、县，从小生在天子脚下，说一口极漂亮的京片子，也沾染了很多旗下大爷的派头，公案上摆着龙井茶，精致的水烟袋，不时还要剔一剔指甲，闻两下鼻烟。
但蒯贺荪只是行动漂亮，为人还是不顾民命的庸才，审过一堂，见两个人的供词并无翻异，随即转解巡抚亲审。
浙江一省之长叫杨昌浚，字石泉，湖南人，他和翁同一样，都是十二年出一回，极难得的拔贡出身，因为功名骄人，杨昌浚在浙江相当专横，凡事独断独行，没有什么顾忌，但他的官声倒不坏，遇到这样的逆伦重案，倒也不敢轻忽，派了一个人叫郑锡瀛的，到余杭县去密查。
虽然是密查，但刘锡彤和陈湖并不害怕。在他们看来杨中丞派郑大令下来密查，摆明是要调剂调剂他，只要花银，就没有办不成的事！左右是羊毛出在羊身上，就从杨乃武家中弄钱打点敷衍就是。
到咸丰二十五年，四海升平、物阜民丰，物价极贱，用了一百两银子摆平了郑锡瀛，由他带一份同余杭县一起禀赋的公文回去，不料杨昌浚大发脾气：原来是要郑锡瀛密查，如今却是两方一起会衔的禀赋，这就失却了密查的原意，有人说要再派人去一次余杭县，但也有人认为，这样一来，会耽误限期，拖过了年很不适宜。
两方意见到了巡抚这里，杨昌浚还是同意后者的看法，但于郑锡瀛很是不满——这种事自然瞒不过他——把他叫来，狠狠地训斥了一通。
杨家一边，杨乃武有个姐姐，女中须眉，丈夫姓叶，人称叶杨氏。她心知弟弟没有做这种伤天害理的勾当，不管怎么样，也要救弟弟一条性命。
叶杨氏走了两面的门路，一个是找了一个叫邹官生的退休刑名师爷，这个人精于刀笔，律例纯熟，只是当年为一字之差，害死了个本来不该死的盗犯，这一家人只有他一个独子，冤枉送命，母、妻db不久之后也相继病死了。邹师爷觉得是自己造了孽，心灰意冷之下，回到了故乡。
经邹师爷的指点，叶杨氏和詹善正（他是杨乃武的妻弟）知道，这件案子在浙江已经成了铁案，若是最后说错了，从巡抚杨昌浚到知县刘锡彤都要受到非常严厉的处分！为了自己的身家性命，这些人也断然不能准许翻案。所以唯一的办法就是京控——也就是所谓的告御状！
咸丰十年前后，皇帝早就为百姓越级抱告一事有旨意明发天下，要各省官员不得有丝毫留难、恐吓等事。但民不可与官斗的古训深入人心，百姓只要有一线生机，也不敢做这种敢冒天下之大不韪的蠢事。而且，京控有非常严格的规定，也绝对不是想告就能告的。
用邹官生的话来解释，有两个条件，第一是在浙江最高衙门审过，仍旧觉得冤枉的，可以到京中去控告，“这个条件你们是有的。难的是第二个。”邹官生说。
“第二个条件是什么？”詹善正问道。
“第二是要案情内容。如果京控的呈词与原案核对，‘只小有异同，无关罪名轻重者，，就不再审理，翻案的反而还要治罪。非得是那种‘与大部案情，迥不相符，而又事关重大者，，方能受理。”
“这也是附和的啊！”詹善正问道，“浙江报部说我姐夫杀人，其实没有，这就是与案情全不相符了吧？人命案子，当然也是事关重大了。”
“是，但如何找出证据，就很值得研究了。”
“那，京控若是准了，是不是部里重新审？”
“这也不一定，照会典的规定，有三个办法，一是由刑部提全案来审，第二是发交督抚来审，三是京里派钦差大臣到该管省里去审，这三个办法，请旨决定。”
在邹师爷这里得了教益，叶杨氏和詹善正又找了另外一个人，这个人叫陈正，和杨乃武都是这一科得中的举人，准备要离开杭州进京参加会试了。
陈正为人忠直，也知道其中有弊，更主要的是，陈鲁在杭州府任上荼毒士林，浙江的生员早就恨上了他，因此一诺无辞，拍胸脯保证，上京之后，一定要把这件事和在京中的浙江京官说个清楚明白，就不相信陈某人能一手遮天了？
詹善正和叶杨氏自然很高兴，同时有一个领悟：这件案子已经变成非浙江人的地方官如何为祸浙江的一个实例了。在京的浙江同乡，为了维护乡梓，也一定要借杨乃武这件案子有所表示这是很有利的一个转变。
陈正到了北京，是二月初十，距离会试的日子还很长，先忙着为这件案子奔走，他找了一个人，名叫朱智，字茗笙，也是浙江人，而论起来还是陈正的表兄，是举人出身的军机章京。军机章京俗称小军机，历来以文风荟萃的江浙两省人最多，浙江人更是突出，如今军机章京最有名的是两个人，一个是许庚身，一个是朱学勤。
朱智也知道发生在家乡的这件案子，但都是道听途说，所知不详，经陈正详细说过，“怪不得了！”他这样说，“刑部对这件案子很慎重，尚未定谳。我会留心此事，等刑部的奏折上来，看看是何说法，再做道理吧。”