97年底是巧云主持的国家自然基金项目的结题时间，她却全身心的为宁浩寻找研究课题，把结题事宜交给研究生做。周志刚为此几次询问巧云，巧云均敷衍他。周志刚认为巧云离结题的具体要求还相去甚远。10月，周志刚要求巧云正确对待此事，至少能够敷衍自然基金委，顺利结题。要不，按照自然基金委的惯例将会把未按时结题的项目主持人列入黑名单，以后要想再申请就困难了。
巧云没好气地对他说，“都是你给我揽的事，我早说我没精力。827的项目你又给我指派下来。我嫁给你真是倒了八辈子霉。简直要累死了，你还要我活不？害得我想出国开个会也去不了。”
周志刚笑容可掬地说：“小云呀！我知道你很辛苦，这个国家课题的结题还是要完成的。这个对你很重要！要是有难度，我来想办法。按要求，只要发表三篇SCI论文，就算完成任务。”
巧云说：“我现在一篇SCI的都没有，论文倒是写了几篇，要在国外主流学术期刊上发表肯定没戏。不过我们有三个专利，还有一个成果转让，你路子宽，帮我想想办法，我想能对付过去吧！”
周志刚搂着巧云，笑笑说：“那怎么行？申报书上有硬性要求。我们是什么人呀？我们是最守规矩的人。你不要管了，过两天，你要是想到法国开学术会议就去吧！你是该好好休整一下。叫你的学生把论文交给我来处理吧！我们不能坏了自然基金委的章程！”
巧云认为，她的研究只能说对表面活化催化过程的控制有所创新，完成了一个工业横向课题，既为企业提高了生产力，也为学校取得了不菲的经济效益。但对过程控制的理论研究真还没有建树。写出的论文没有新的理论支撑，要在国外有影响的期刊上发表还是很难的。但要她投往国外二三流期刊，巧云还真没敢想。这几年，巧云曾到美国看望过哈肯，他仍然鼓励巧云从事应用研究，他说他自己也主要从事应用基础研究，真正的理论研究只有让天才的数学家来完成。哈肯曾经对她说，他不能容忍他的学生为了追求文章的发表，而降低自己的水平。所以，巧云对这个自然基金项目，还是郁闷不已，要是真没有完成，最后被通报批评，不仅会让工业大学蒙羞，也会让自己名誉扫地。她想，基础理论研究不是自己的专长，以后千万别听周志刚的揽这份苦差事。
周志刚对巧云的爱已经超越了一般夫妻之爱，更多的是他存有严重的父女情结。他把巧云当成了他的女儿，他希望巧云每天过的快乐，像一个骄傲的公主，能够陪伴他一生。他还希望巧云不仅有自己的事业，而且还不能太累。但他没有想到，巧云的事业现在已经和他的仕途挂上了钩，这是他不愿看到的。每次巧云的成功，其实就是意味着他的成功，他们现在是周志刚系统的模范夫妻，也是黄金搭档。但他不能容忍巧云成为工作狂，不能容忍她变得憔悴而失去女人味，更不能容忍巧云吃苦郁闷。在他的职权范围内，周志刚均会把巧云的所有事务搞定。他此生最大的愿望就是要将巧云培养成国内有重要影响的美女科学家，同时让她始终依附自己，在自己的势力范围内自由的发展。
周志刚在科技领域干了多年，他深知项目申报，论文发表，课题鉴定及其结题与个人发展的关系。巧云近几年表现出的卓越科研实力，毫无疑问证明她是一流的。可在当时，一个没有获得863计划和自然基金重大课题的人，无论如何也不可能挤入具有重要影响的一流学者之列。巧云虽是863计划的首席专家，但那是个保密项目，社会上并无广泛知晓。她获得的自然基金项目只是一个面上的普通项目，如果结题评价不高，要想再次获得重大项目资助，按条列是没有可能的。
为此，周志刚再次调出他为巧云写的申报书，发现在成果形式上写道：“在一流学术期刊发表SCI论文三篇”。他认为巧云完全理解有误，这里的“一流”不一定特指国外的“一流”。只要不是国外，自己就能控制。周志刚深谙此道，立刻给他曾经给予科研资助、在学术界有重要影响的专家通电话，要求他们务必帮忙推荐巧云的论文在国内一流学术期刊上发表，而且要快。那些大专家均心领神会，他们早以理解周志刚主任有关“和谐”科研的理念，积极向他可以施加影响的学术期刊主编施压。不久，巧云的两篇论文在不同的期刊上即时发表。
周志刚知道，三篇论文不能在同一期刊发表，要不会有收买主编的嫌疑。不过，还有一篇他认为应该在最有权威的某期刊上发表。可这个期刊目前还真没法控制。
于是周志刚令秘书寻找该学术期刊主编的顶头上司的顶头上司，他知道，在中国，没有哪个机构不存在主管部门，只要找到主管部门的头，一切难题均可化解。不多日，周志刚就发现新闻出版局管着该期刊的年审权，他会心地笑了。
周志刚其实不认识某新闻出版局的领导，但他的关系却十分强大。最重要的是，他在情报部门有多年工作的经历，哪些老关系总能提供有效制约各个非要害部门的头头脑脑的信息，从而为他所用。
不久，那著名期刊的主编就接到上级的通知，要求他们务必帮忙发表巧云的论文。主编一看也寄来的文章十分为难，他说，我们的杂志是基础理论研究，巧云的论文基本上是实验研究和工艺研究，完全和杂志的风格不一致，他们婉言拒绝了上司的无理要求。而主编的上司的上司哪敢得罪周志刚，他们严厉要求这位主编尽量想想办法予以发表，不换思想，就换人，并向周志刚请示可否改动？周志刚说，只要能按原题目发表，怎么改都行。
于是，主编提出了具体修改意见，很快传给了巧云的研究生。周志刚干这事就是要背着远在法国的巧云，他知道巧云是个纯真而严谨的学者，可能不会接受自己的行事风格。他要求那位研究生尽量按主编们的意思改，千万不要告诉巧云。就这样，那年10月，巧云的三篇论文分别在国内一流期刊上发表。
两个月后，巧云拿到那篇论文，发现不是原来的内容，自己也根本看不懂。她问周志刚这是怎么回事？难道不是现在正在声讨的学术吗？
周志刚说：“这怎么是学术，实验数据和结论全是货真价实的研究成果，至于前面的理论，是这个杂志的主编要求加上去的，我们也没法。学术杂志有他们的规矩，我们不能坏了别人的规矩。反正那些理论高深莫测，没人看得懂，也没人看。你没听说，现在所谓的基础理论研究论文只有三种人看，一是作者看，二是审稿人看，三是编辑看。至于看没看懂，只有鬼知道。你的研究至少为企业提高了经济效益，总比那些学术垃圾好吧！”
巧云知道那篇论文前面的理论几乎毫无用处，甚至与后面的研究相关度不高，她也知道这是周志刚指使研究生加上去的，不过看上去还是很和谐，非此专业人士是悟不出其中玄机。她不能扫周志刚的兴，这是他为自己结题办的差，他一个大人物如此上心还是令她心生感激的。但巧云忽然意识到自己开始堕落，在学术研究这个自己认为神圣无比的领域，也参杂私情在里面。她想，这应该是中国特色，自己有时必须随乡入俗。
也就在那年底，巧云的项目顺利结题，五个评委对其研究水平所给的评语均是优。巧云认为，那些所谓的国内顶尖专家评委，也许根本看不明白那些深不可测的、可能是驴唇不对马嘴的理论公式。不过，巧云还是得出了重要结论，那就是：国家的项目，也太好忽悠了。它的申报、项目进程控制、结题等漏洞太多。纳税人的钱――七万块呀！就值三篇论文，真是浪费之极。