那时国内大学都在搞大合并，各个暗自比拼，比拼的关键就是综合型、研究型和国际化。综合型就是什么专业都要办，什么专业都想办成全国一流，纷纷引进人才，主要指标就看他们发表了多少SCI论文。所谓研究型就是以科研为主。对理工科而言，科研水平的评价指标一是发表SCI论文的数量；二是科研立项的档次和数量；三是获取科研经费的数量；四是取得国家、省部级的科研奖励等。而国际化，就是看有无外籍留学生，有无国际影响的大师。显然，在这三个方面，科学研究是关键，而科研立项最为关键，它关系学校的直接竞争力――取得学校上级政府部门的投入资金。
听说叶巧云的丈夫调任国家某部委做了副部长，而且还主管科学研究项目审批。巧云所在的工业大学立刻就意识到这是学校发展的重要契机。在老校长的提议下，几个头头一开会，决定让巧云出任主管科研的副校长。可问题来了，巧云现在是副院长，副处级干部，即使提拔，按程序也只能到正处级。于是，老校长把自己的想法给主管教育的副省长汇报。
副省长说：“你说得很好，这事绝对是工大发展的重要契机。不仅对你们学校，甚至对全省也是有推动的。叶教授的提拔要加快，完全可以从副处级直接提拔到副厅级，按叶教授现在的身份，不难！我来设计一下”
到了99年5月，一位正是年富力强的副校长莫名其妙地被调走。空缺的副校长位置引来无数处级干部的窥视。小道消息到处飞，传说此次省上配置干部，一定要听取部门的意见，要体现在领导下的多党合作的政治体制。所有窥视校长位置的处级干部不知所云，个个面面相觑。很快有三名非党人士进入考察视野，其中之一就是叶巧云，她是以无党派人士进入考察之列。
在任职上面，巧云一般是要和周志刚通气的。这天，她到北京探亲，她还没把话讲完，周志刚就叫苦不迭。他说：“你千万别答应，这哪是提拔你，这是变相叫你来要项目。你要是当了这个副校长，我可没有活路。你想我早死呀？”
巧云说：“有这么严重吗？”
“你想，你在任上，不会不给你安排任务吧？你怎么完成？还不是要我犯错误吗？不能答应的！小云。”
“是啊！调走的那位副校长正是分管科研，我听说，他压力很大，每年要拿到几十项重点科研项目，才三年多，头发就花白了。”
周志刚说：“明白了吗？这个位置就是为你设计的，你要上任，每年要求你立十个项，这不过分吧！你怎么弄？”
巧云点点头，“学校领导太滑了，我该如何处置呢？”
周志刚说：“我和老爷子商议一下，立刻把大小双接来广州，就说你要照顾孩子，还要搞科研，没有精力。我再给省上有关领导求求情吧！但别人不一定能听，说不一定就是他们指使学校这么干的。”
听说要接孩子来，巧云来劲儿了，她温柔地靠近周志刚，一往情深地望着他，手就没闲着。周志刚本能地让开她，他以为巧云又要那什么了。周志刚说：“小云呀！你还是好好想想怎么对付你的校领导吧！别老惦记着我！”
巧云幸福地笑了笑，倒是没接他的话，她忽然想到现在正是夏天，她担心孩子又会水土不服。
周志刚说：“没事儿，现在幼儿园放假，接来玩两周，做做样子嘛！”
于是，巧云的孩子再次接来广州过暑假。那时他们四岁多，正是好玩的时候，巧云带着他们在校园里玩耍，引来无数教职工驻足关注。她逢人就说：“以前工作忙，没时间带孩子，现在好了。我要尽一个母亲的义务。”
几天后，省委组织部的一位干部，找巧云谈话，他说：“通过学校班子推荐，群众民意测验，以及组织考察的结论，你已经被确定为这次增补的副校长候选人之一。叶巧云同志，你有什么想法呀？”
巧云说：“谢谢组织的信任和群众的厚爱，但我的确不适宜担任这个职务。……”巧云说了自己的科研工作，自己的家庭责任，还有就是自己没有做领导的经验和魄力。希望领导另选他人。
那位干部也没极力反对，他笑了笑，“叶巧云同志，你自己的工作很重要，你的确也做得很优秀。但是，请您不要忘了，你的科研工作上去了，只是一个点。要让你的学校整个科研工作上去，才是一片。这就像当年提出的，一人富不算富，要大家富才是富。这也是我们社会主义走共同富裕道路的基本思路。你们学校班子，还有全校教职员工都希望你出来，为大家服务，为大家做点实实在在的贡献，走共同发展的道路。……”
显然巧云没能说服别人，倒是在组织部干部的一阵说教下，巧云还真有点动心。那时，巧云与827的科研工作，完全进入正常，手下除了自己的固定助手外，827还派来几个帮手。她与石化厂的横向课题，也按部就班的进行着。大量的文献工作已交给研究生，她只是每周听取汇报，指出下一步需加强的地方。那时，巧云重点关注的研究目标已经转向她给宁浩设计的那个稀土薄膜催化剂研发上。而寻找项目，她完全没有概念，周志刚每年都会给她压项目，为此，两人还常常不快。巧云说，你要累死我呀！周志刚只有笑嘻嘻地给她按摩，说，你现在虽不是南方基地的人，可当初你离开时我们是有协议的，可是不能反悔的。巧云无奈，只好接下。现在，科研工作一切顺利，巧云倒还真有些空余时间，她想换个活法。不过，她没有答应组织部的要求，她说要回家想想。
晚上，巧云就把情况在电话上给周志刚说了，周志刚说：“还是我来想办法吧！他们是好意，但却陷我于不利。你不要松口。”
周志刚把电话打给主管教育的副省长，两人是好朋友，副省长说：“周部长，学校的人事问题我只是在换届时才过问一下。现在工大是临时增补，归组织部管。哎！对了，这次还要听取部的意见，我就更管不了了。你何必上心呢？叶教授是863、973的大专家，首席科学家，出来任个副厅职，不是高抬了，我倒觉得还不够呐！你就遂了组织部和部的愿吧！”
周志刚知道副省长在给他打哈哈，他又强调了巧云的具体困难。
副省长说：“周部长，我说话有点不敬，你可要包含呀！你想想，谁没困难，都很难。你我也很难呀！工大也难，是不是这个理儿？有困难咱们克服它。我想工大会有办法解决叶教授的具体困难的。”
看来没有办法说服省里，周志刚最后说：“老朋友，人事你管不了，可人事安排你是管的了的。我建议不要安排叶教授干科研副校长，可以干点其他的吧！”
“这个我答应你。”
几个月后，巧云被任命为学校的副校长，分管学科建设和研究生培养工作。学校领导很不理解副省长的意思。在一次会议间歇，校长问副省长为什么这样安排？副省长说：“事情不要做得太外露了，虽然叶教授不具体管科研，但只要她人在工大，她就要为工大出力，为工大的荣誉负责。周部长在处理有关工大的事务时就不会为难你们。你不要指望他能具体帮你们什么，只要他不为难你们就是最大的帮助了。你一定要安排好叶教授的工作和生活，不要让她太累，压力太大，到时你们可真是把周部长给得罪了。”校长心领神会。