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然而此时的大明统治更加**黑暗，社会生产力也受到了严重破坏，以至水灾、蝗灾和瘟疫不断发生。社会生产凋敝，满洲后金政权日益强大，农民起义方兴未艾。为了挽救明王朝的灭亡，崇祯力图振作，先后起增派三饷，增加田赋以筹措军饷，因而加重了农民负，又大大加深了整个社会的危机。此后满洲贵族军队多次越过边墙深入河北、山东等地，以李自成和张献忠为主力的农民起义更是日兴月盛。
“科技兴国”是这种方法深深的打了崇祯，这由他一直大力支持火器研究可看出。他重用西学的领袖徐光启，修订“大明崇祯历书”。
导致明朝的灭亡，直接原因是党争、法坏、边患、流贼等等。但可惜的是当时明朝大势已去，积重难返。朝廷里党派纷争，战场上兵疲将骄。四面战争不已，流寇四处蔓延，天下溃烂得不可救药，可谓是不幸之极。
东林党人和其后的复社成为影响朝政的重要的政治势力。宦官专揽朝政，残酷地迫害异己、镇压人民。而不断加税更是给百姓加深负担。另一方面，土地集中达到惊人的地步。加上灾荒连年，人民处在水深火热之中。
1628年，明末农民战争在陕北爆发，涌现了高迎祥、李自成、张献忠等几十支起义军。高迎祥牺牲后，闯王李自成农民军提出‘均田免粮‘口号，深得农民拥护。
1644年，李自成攻占领西安，建立大顺政权。同年三月十九日，李自成领导的大顺农民军攻克北京，崇祯帝明思宗朱由检自缢煤山，农民军攻占北京，推翻了明朝统治。
但1644年4月底，李自成在清军和的明朝降清将领导吴三桂的联合进攻下，兵败，被迫退出北京，清军入关后占领北京建立清朝。
1645年5月，李自成在湖北遭到地主武装袭击，壮烈牺牲。而明思宗自缢后，福王即位于南京，1645年（弘光元年，清顺治二年）清军攻破南京，明亡。