生物的基因表达不是杂乱无章的，而是受着严密、精确调控的，尽管王石现在对调控机理的奥妙所知还不多，但已经可以认识到，不仅生命的遗传信息是生物生存所必需的，而且遗传信息的表达调控也是生命本质所在。
在收集了大量的实验数据后，梦想对《虚拟微观世界》这个程序进行了升级。增加很多在实验中总结出来的一些规律，虽然还不能百分百地复原实际的实验过程，但是模拟的准确性已经有了很大的提高。要知道一个分子机器虽然简单，但部件数量也是相当不少的，而且还有某些设计不能实现的情况下，重新构造设计的问题，这就又增加实验的数量。要知道每个构件的实现背后，有几百组基因序列需要实验。所以在整个过程中，梦想收集了庞大的实验数据。对这些数据进行分析的方法是假设和数理统计。
为了完成这些部件的制作，梦想科技的整个生物部门整整干了一年半时间。而在这一年半时间里，王石为这个项目投入了差不多20亿。可以说，这个由几千个原子构成的分子机器，是世界上造价最高昂的微粒之一。
这个收获很重要，但另一个收获的重要性与它不相上下，那就是《虚拟微观世界》的改进。改进的程序运算速度大大加快，已经可以运行更大规模的系统了。比如对转基因植物的研究。
运用科学手段从某种生物中提取所需要的基因，将其转入另一种生物中，使与另一种生物的基因进行重组，从而产生特定的具有优良遗传性状的物质。这是转基因的定义。
基因的表达就象蜘蛛网一样复杂精密，这就象一段程序源代码的编译一样，而转基因的形象比喻就是在这段源程序中插入一些其他程序的部分代码。很显然，这样的做法是这个源程序再也不能被正常编译执行了。问题是由于这是大规模开展的，你插这样一段，他插那样一段，还有人在插其他的某一段代码。当这样的操作数量规模达到一定程度的时候，就会有一定的机率生产能编译执行的程序，且这个程序有另一些程序的功能，把这个源程序挑选出来，这就是转基因工程。
从本质上来讲，转基因与生物进化的原理是一样的，只是在这里，人类代替上帝进行了对物种进行了变异，人类代替上帝进行了选择。
而这个选择也不是那么容易的事情，为了标明基因重组与原有物种的区别，一般会在新加入的基因中加入抗生素抗体的基因作为标记，这样在选择的时候就有一个选择的标准。选择就是加入抗生素，由于原有物种无抗体基因，将会被杀死，然后变异部分中由于绝大部分由于种种原因，抗体基因没有被表达，没有生成抗体，所以也将被杀死。最后生存下来的就是抗体基因被表达出来的，生成了抗体的个体，这就是选择的原理。在这里，抗生素抗体是否产生就是被选择与否的一个标准。
这就有一个问题，先不管这复杂的代谢网络，就是这个抗生素抗体，就是一个大麻烦，你天天无缘无故吃那大把的抗生素抗体，当有一天你生病正好要使用这种抗生素的时候，你只能内牛满面了。
现在市面上转基因的粮食很多，比如西红柿基本上是转基因的，而大豆色拉油也大部分采用进口转基因大豆。（寒一个，若是可能，只吃妈妈打的菜油。）
在这里不得不提一个公司，那就是恶名昭著的孟山都公司，网络上有种说法是它是生化危机的中保护伞公司的原形。
孟山都公司是美国最大的生物技术公司。该公司在基因工程玉米、大豆和棉花开发上处于世界领先地位。该公司在全球种植的转基因大豆面积达到近60亿英亩，其在华尔街上市的股票长期被人看好。
而与它的耀眼之处相对比，却是一长串恶劣的负面事件。阿根延的大豆事件，德国的奶牛死亡事件等等，一系列事件显示了转基因作物的不安全性。
按照常理来讲，杂交水稻和转基因水稻都是一种进化现象。但是在这里，由于水稻杂交对于个体来讲，整个代谢过程很大程度上是相同的，所以在基因交换过程中，基因的表达也会比较稳定。而转基因水稻就这一样，由于是两个物种间的基因交换，所以代谢网络肯定相差很大。谁也不能保证不会生成意料之外的东西。
有很多例子说明这一点，转基因作物种植后既有具有原先设定的功能，也有许多后来没有预料到的后果。比如基因作物的产量降低，病虫害产生抗体，作物本身产生有害物质。
孟山都的一种转基因玉米，由于在基因中加入了定时炸弹，当这种作物种植几代后，种子的基因就会被破坏而无法种植，从而不得不购买种子。而且这种玉米只认自家的农药。这简直是一种红果果的阴谋啊！
而当这种作物经过一定规模的种植后，由会物种的扩散，比如通过传播花粉，流通种子等很快全面侵入整个生态系统。这种扩散很难被控制。再加上上面的那个定时炸弹，这简直就是一场灾难。
很显然，这种技术要弄出来并不困难，但是要发现它却很难。就象恐怖分子放置炸弹很容易，但是要把它找出来，却要花很大的代价一样。
要是这些公司在主粮作物上做手脚，比如会让婴儿弱智的蛋白质的基因加入进去，你很难检测得到，你只会得到这个作物产量有多高，怎么防虫抗病等等一些好的数据。等到大规模商业化后，杯具已经种下了，而等到你明白过来以后，已经来不及。
王石现在做的就是先对这些物种的基因进行测序，通过对这些转基因作物进行模拟，看看在整个代谢过程中生成了哪些东西，然后对这些物质进行分析，以确认这些物质的作用。
由于分子机器的完成，生物部就对这些转基因作物发起了攻关，梦想下发的任务书就是对转基因作物的进行测序，其实这些作物的基因序列，公司可以通过某些渠道获得，但是王石不相信这些数据，要以事实说话，那就是由公司自己对这些作物重新进行测序。这个测序就是为了将这些作物数字化。
每测序完成一个作物，王石就在《虚拟微观世界》上构建出它的完整结构，让它在这个世界中生长。完成整个生命的代谢过程。然后通过与正常作物的比较，挑选不一样的部分再继续研究，对于新出现的不明物质重点关注。
很显然，这些里面总会有一些后门存在的。借助于梦想的强大运算能力，王石可以把整个模拟生长周期控制在一天之内，这就让王石有了对这些后门进行研究的机会。在模拟生长的过程中，所有生成的物质和反应过程都会被记录，通过与正常物种生长周期的比较，找出所有不同的地方，然后对这些部分进行研究。
王石希望通过这样的手段，找到这些炸弹。因为很显然事实就是，这些提供转基因种子的公司不是慈善机构。它不可能做一些无益的事。又送种子，又送技术。世界上的一切都是以利益为核心旋转着的。更加上这些公司的前科已经多不胜数了。
要知道美国人自己就没有被批准转基因作物的作为主粮。欧洲已经全面禁止转基因作物。
PS：闲人不是反对转基因作物，而是反对受外国势力控制的转基因作物，这比核弹更可怕。
再PS：磕磕碰碰又挤了一章，若是真难以下咽的话，请投黑票吧！！我不介意的。