妙木山蛤蟆国，阳光照射在硕大的叶子上。蛤蟆文太身上缠满了绷带，勉强爬了起来。蛤蟆大仙人摆弄水晶球，“你醒了啊！”文太疑惑，“蛤蟆仙人？”蛤蟆大仙人道，“我看到你那样会有生命危险……”看到旁边的桌子上有酒，文太伸手拿过瓶子，往杯里倒酒，“给你添麻烦了。”蛤蟆大仙人道，“明明是伤员，马上就饮酒吗？”文太道，“这是最有效的药了。那么，小鬼呢？”蛤蟆大仙人道，“在和佩恩的本体进行交谈。”文太吃惊，“啊，和佩恩？”蛤蟆大仙人指了指水晶球，里面呈现影像，“两位预言之子相见了。那么会如何做个了结呢？”
树洞下，鸣人提出想听听长门和小南的故事，长门同意了，小南却表示反对，“长门，这样完全是浪费时间。马上解决这两个家伙吧！”晶臧冷笑，“喂，天使纸妹，这样的话应该由我来说吧！你还没搞清楚现在这个状况吧，在这么近的距离内，我只要一出手，就能干掉你们两个！”小南哼了一声，“那你就试试看啊！别以为长门没有佩恩那样的战斗力，他可是能够使用佩恩六道所有的招数！”晶臧道，“哎，这样啊！有点意思！”长门道，“先等等，小南。我想知道这家伙的答案。这两个人都不是能轻易够击败的对手。他们先后3次打倒了佩恩六道，一起来到了这里。”
小南只是担心拖得久了，木叶的援兵会源源不断赶来。长门道，“我最大的痛楚有两个……其中之一是父母的死。事情发生在曾经作为大国战场而被卷入其中的雨隐村。”
时光回退到第二次忍界大战时期，雨之国处在大战的中心。长门的红色头发继承自母亲，那时候长门还是个小孩子，与父母躲在家里，提心吊胆的避难。有两个木叶中忍闯进他家里，寻找食物，他们已经4天没有吃到东西了，人几乎到了极限。两个木叶忍者在家里东翻西找，看见有罐头。长门的父亲见情况不妙，就决定带着妻儿趁机逃出去。两个木叶忍者在吃食物，开始时并没有注意到这一家三口。但是在逃出去的时候，长门不小心碰掉了桌子的陶罐。
陶罐落地碎裂的声音，惊动了两个木叶忍者，二人闻声过来查看。长门的父亲见被发现，为了掩护妻儿逃走，上前拦阻木叶忍者。长门的母亲让长门快逃，去帮丈夫。黑暗中，两个木叶忍者仓促遇袭，因此全力出手攻击，一下子就把长门的父母给杀死了。长门吓得坐在地上不能动弹，泪流满面。这时候，木叶忍者才注意到这里有个孩子，继而醒悟过来，这对夫妻并不是忍者，只是普通的平民。木叶严禁忍者屠杀平民，即便是在忍界大战期间也不例外。见事情弄成这样，两个木叶忍者也颇为后悔，他们误将长门的父母当成了敌人。
长门在黑暗中，借着外面的雷光，看清了二人头上的木叶护额。这两个木叶忍者完全没想到在交战最激烈的战斗区域，还有普通的百姓的存在，“对不起啊，小鬼！”长门受到父母之死的剧烈刺激，轮回眼打开了，雨中发生的惨剧包裹着长门……等到长门恢复过来，他看见那两个木叶忍者已经死在了地上。尽管长门依靠轮回眼觉醒的力量，杀死了那两个木叶忍者，报了父母之仇，但父母却再也不会活过来了。长门从此成为了孤儿，昔日幸福的一家就不复存在了。
树洞下，长门道，“我的父母，在你们木叶挑起的战争中死亡了。那时候的痛苦令我至今难以忘却。直到现在，痛苦还在继续。这份痛楚变成了憎恨，使我的力量崭露头角。杀死那两个木叶忍者的人，就是我。这是我很久之后才察觉到的。”晶臧道，“相信在忍界大战中，这样的悲惨遭遇并不只是你一家才有，很多人在战争中家破人亡。”木叶忍者的纪律还算良好，鲜少发生故意伤害平民的恶行，但其他国家的忍者就没有那么多顾忌了，因此死在战争中的无辜之人，更是不计其数。
在大雨中，悲痛欲绝的长门，把双亲安葬。食物所剩无几，长门只好孤身一人离开家。从此，失去了双亲的长门过起了饥一顿饱一顿的流浪生活。雨之国的大雨终年不停，十天中有8天在下雨，这让食物的寻觅变得更加困难，也非常难以长时间保存。长门饿得走不动路，倒在水地里，幸好被一条黄狗所救。长门感激黄狗的救命之恩，就带上它一起流浪。可是长门也没有食物了，人和狗只好一起挨饿。
为了生存，长门就带着黄狗去挨门挨户地乞讨，可是战争不断，世道艰难，雨之国民众的生活也非常不易，能够填饱自家人的肚子就很困难了，自然没有多余的食物给前来乞讨的孩子。长门走遍了那个村落，没有一家人肯施舍食物给他。长门也曾经动过去偷食物的念头，但是想起父母的教诲，最终还是放弃了。长门带着黄狗继续上路，终于饿得有气无力，倒在了雨地里。长门本以为自己会就这样饿死在这里，却意外地遇到了经过的小南。
蓝色头发的小南打着伞经过这里，看到了黄狗和长门，就把手中的食物分给了长门。长门和黄狗因此而得救了，小南就像天使一样带着笑容。善良的小南把长门和黄狗带回了自己的住处。当时，弥彦和小南相依为命，看到小南带人回来，橘色头发的弥彦有些不满，“小南，这家伙是什么人啊？”小南道，“对不起，我看他奄奄一息就……放着不管会死的。”弥彦头疼，“真是的，你把狗都捡回来了啊！”弥彦问长门的名字，长门说了自己的名字，还给黄狗起了个名字叫小不点。
树洞下，提起弥彦这个人来，长门和小南都露出温馨的笑容。长门道，“在那时我和小南，以及名为弥彦的少年相遇了。他们也都是战争的孤儿，坚强地拼命地想要活下去。我很荣幸，成为了他们的同伴。”相识、希望、梦想，即使在这微弱的光芒中，悲痛仍永无休止地降临。
长门加入这个团队，他惊奇地发现弥彦竟然储存了相当多的食物。而小南更喜欢黄狗，把这个小不点当成了宠物，经常折纸逗弄它。弥彦道，“想要留在这里的话，你也要一起弄食物。”长门向弥彦请教弄到食物的办法，弥彦说去偷。长门有些难以接受，“可这是做坏事啊！”弥彦道，“你是笨蛋吗？这种世道，我们要靠自己填饱肚子，不要说这种冠冕堂皇的话了。不管是偷还是什么别的办法，总之不去做，就只有死路一条。”迫于残酷的现实，长门也只好接受这个办法。
三个人结伴行动，经常是长门和小南去明面讨要，吸引对方注意力。如果对方不给，弥彦就悄悄从后面偷走食物。就连黄狗也很自觉地去市面上偷水果，趁着别人追黄狗时，三人再次偷走大量的食物。西瓜、苹果、大鱼……几乎什么样的食品都偷过。但是常在河边走，也有失手的时候。有几次他们被人抓住，惨遭痛扁。还好那些人见他们是孩子，只是教训一番，没有下死手。纷乱的小国中，根本没有收留孤儿的支援设施，无依无靠的孩子们想要活下去，只有用这种办法。长门道，“就算在这种悲苦的环境中，弥彦依然没有放弃希望。”
在又经历了一次偷窃失败后，回去的路上，弥彦问道，“长门，你有梦想吗？我可不想这样终了一生，我想离开这个地方。我还有个很大的梦想呢！那就是征服世界！”长门和小南都为弥彦那伟大的梦想感到吃惊，在那个昏暗的雨季之国，弥彦就像阳光一样照耀着周围的同伴，“连世界的尽头都在我的掌握之中的话，就不必再忍受这种艰辛的生活了。而且如果就这样死掉的话，怎么对得起生我们的父母呢，对吧，小南？”小南从小就崇拜弥彦，朦朦胧胧也有种喜欢的情结，“嗯，对啊！”
弥彦滔滔不绝地阐述自己那伟大的不切实际的理想，“站在世界巅峰，到时候就能随心所欲地做任何事情了。”长门道，“这好像变成了神明一样啊！也能够消除战乱吗？”话音刚落，一把带着起爆符的苦无落在不远处，“轰”地巨响，爆炸发生了，三个孩子被气浪掀翻滚了出去。这时候，他们这才意识到，原来死亡并没有离他们远去。三个人勉强爬起来，前方火光冲天，爆炸接连不断。弥彦壮起胆子，爬到一个高坡向下观望，正好看到木叶三忍对战山椒鱼半藏。
长门道，“在那里战斗的就是自来也老师他们，之后被称为木叶三忍的忍者。对手是雨隐的首领，有半神之称的山椒鱼半藏。战斗十分激烈……”
长门三人虽然躲过了爆炸余波，但是那条叫做小不点的黄狗却成了牺牲品，被起爆符炸死了。弥彦察觉这里很危险，急忙带着长门和小南远离了这里。黄狗的死，让三人都非常难过。面对如此战乱不休的世界，弥彦第一次有了觉悟，“为了终止无休止的战争，我要成为这个世界的神！”长门记住了这句话，并把弥彦的梦想当成了自己的梦想，这是生存中二人之间的羁绊。
回到住处后，长门和小南还在为黄狗的死而难过，弥彦却说，“受到伤害只会哭的话，什么都无法改变。就和这个哭泣的国家一样，我要改变这个国家。这不能光靠嘴说，我需要力量！”
世界的巅峰，少年们为此而努力！弥彦决定去学习忍术，拜师的目标是和半藏战斗的木叶三忍。弥彦偷偷回到了那个战场，并未发现木叶三忍的尸体，“跟半藏交手后还能幸存下来，他们一定非常厉害。”长门有些抵触，他还记得木叶忍者杀死他父母的事情。弥彦道，“我讨厌半藏，是他将雨隐村和雨之国变成了这样的战场。”弥彦决定去拜高人为师，小南担心那3人已经被杀掉了。弥彦说，“如果那样就去找干掉他们3个的人，总之一定学到厉害的忍术。”
准备好能够长期携带的食物，将黄狗安葬后，三个孩子背着包裹，踏上了漫长的拜师之旅。在出发之前，弥彦把那些偷来的但又无法带走的食物，还给了那些被偷的村民。可是，追寻木叶三忍绝不是简单的事情，这对三个孩子来说，就是不断地深入战场，不停地彷徨迷惘。有一次弥彦不知道从哪里找来了防毒面具，三个孩子戴着防毒面具，冒险进入了有毒的雾区。弥彦的谨慎小心，避过了陷阱，救了他们多次。虽然没有找到三忍，但弥彦捡回来一把苦无，拿在手里耍帅。
看到长门和小南有些消沉，弥彦不断地鼓舞，终于让二人露出笑容。如果没有弥彦，长门和小南恐怕早就放弃了。然而忍者是不会轻易留下自己的行动痕迹的，木叶三忍更加是难以找到。可是弥彦没有放弃，在他的坚持下，三个孩子更加地深入战场了。弥彦认为，越是战斗激烈的战场，三忍活跃的可能性越高。有一次，三人经过峡谷，冒险攀上了一个高崖。弥彦把小南拉上来后，远处的爆炸声渐渐停息了，弥彦警觉这里的情况不对劲。弥漫天空的苦无、手里剑、起爆符像下雨一样落下来，三个孩子不凑巧地处在了战场的中心。
危急关头，长门打开了轮回眼，形成了一个斥力防护罩，挡住了所有的攻击。但是三人脚下的高崖却被起爆符炸毁了，三人向下坠落，掉入了峡谷的河流中。幸好三人出身雨之国，都熟悉水性，总算捡了条小命。命运之神开了个玩笑，弥彦三人挣扎上岸后，刚巧遇上了从这里经过的木叶三忍。他们终于找到了自来也，那位来自妙木山的蛤蟆仙人。