学园都市，这是一个将东京西部占据并占有琦玉县和神奈川县一部分的圆形城市，这里居住着230万名人口，其中八成人口是学生的巨大都市。分为23个学区。和外部隔离，拥有领先世界20~30年以上的最尖端科技。“超能力开发”被列为学校课程的一部分，所有学生都接受超能力开发。
夜晚的学园都市并不像其他的大都市一样热闹，在这个以学生为主的大城市里，门禁时间已经过了还在街上游荡的学生绝不多见，因此学园都市的夜晚显得不是很有活力。
冷清的街道上，一个白发、身形消瘦的少年在缓慢的走着，少年身上穿着印有白色条纹的黑色的恤，血红色的双眼使得没什么表情的少年看起来有些狰狞，
（话说今天的实验是在哪里来着？…算了，反正那些劣质品肯定能找得到我就是了。）
少年想着这些没什么营养的事情，完全没有注意到自己什么时候已经走进了一条小巷，得到他回过神的时候，发现面前站着一位有着茶色齐肩发的少女，少女穿着学园都市五大名校之一的常盘台中学的校服，校服的右下侧别着一枚印有奇怪青蛙图像的徽章，额头戴着一个军用护目镜，纤细的身体背着一个黑色吉他箱，当然少年知道那里面装的并不是什么乐器，而是武器。
（哦，来了呢，这个是今天最后一个了吧。）
少年露出一种可以称之为狞笑的表情看着面前的少女，虽然面前的少女相比自己之前遇到的那些多出一枚徽章，不过少年完全没有注意，或者应该说是没有在意，对于少年来说，面前的少女就和路边的蚂蚁一样，是那种随随便便就可以踩死的存在，恐怕没有人会在意一个蚂蚁与其它蚂蚁有什么不同吧。
“现在是二十点四十八分，距第九九八二次试验十一分四十秒，请你移动到指定的地点。”
少女用着不含一丝感情的声线和表情说道。
（虽说已经听过很多次了，不过这种和电脑合成一样的声音真是令人恶心啊。）
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在学园都市内部的另外一处，一个从外表上看与正在进行什么实验的某个少女长相完全一样的少女在无人的大街上狂奔，而这个外表普通的茶发少女正是学园都市七大超能力者（level5）之中O.3，常盘台的王牌，最强的电击公主——御坂美琴。
今天对于御坂美琴来说真是让人心情复杂的一天，原本因为某个实验终止而感到心情无比放松的御坂美琴却意外遇到了一个理应不存在的人，那是一个无论衣着还是外表都与自己相同的少女，一个因为某个实验而被制造出来的，自己的克隆人。
难以置信，这是御坂美琴在遇到那孩子，也就是自己的克隆人时的第一感觉，明明自己已经确认过了，实验应该已经终止了才对，为什么还会有这种家伙存在。
可是，就在御坂美琴质问对方的时候，却被告知需要通行指令，那个少女不会告诉没有通行指令的御坂美琴任何情报，于是，御坂美琴决定跟踪她，可是…
（为什么到最后感觉像是我陪她玩了一天呢，还把娃太送给她了…真是的，这样不就像真正的姐妹一样了吗）
“永别了，姐姐大人。”
这是那孩子最后对自己说的话，让人有种不好的感觉。
御坂美琴跑到了一个电话亭，给自己的好友，“书库”的管理员之一，在黑客界被誉为学园都市的“守护神”的风纪委员——初春饰利，打了一个电话。
“初春，晚上打扰你不好意思，虽然很唐突，但是你知道ZC741ASD852QW963指的是什么吗？”
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学园都市内某个无人的列车终点站，一个白发少年，一个茶发少女，两人相对而立。
“已到二十一时零零分了，那么，第九九八二次实验，开始。”
少女将护目镜放下并从背后的吉他箱里拿出了自己的武器，一柄微型冲锋枪。
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“……这个是，什么啊？”
学园都市中某个电话亭里，御坂美琴面部表情极其僵硬的看着面前的掌机屏幕，这里面是刚刚通过初春饰利解读的通行指令，而从学园都市的“书库”中查找出来的资料。
“绝对能力者进化计划”——学园都市能力开发的终极目标是「SYSM－成为宛如神明意旨一般降落凡尘的人」，为了更进一步靠近神而需要创造出超越人类的存在——绝对能力者（Level6），以超越人类的存在理解神明的意志。为此诞生了「绝对能力者进化计划」。经过“树形图设计者”精密演算，学园都市中的七名超能力者中只有排名第一的一方通行有机会进化为绝对能力者（Level6），但是需要二百五十多年的一般课程训练才能进化为绝对能力者（Level6）。因为没有能使人能够活二百五十年的方法，因此「树形图设计者」有找出了另一种方法，那就是利用实战来促进能力的增长，即准备好特定的战场，让战斗依照计划进行以掌控“实战中能力增长”的方向性。根据“树形图设计者”的演算结果，只要准备好一百二十八种战场将超电磁炮杀害一百二十八次，一方通行便可以进化为绝对能力者（Level6）。但是因为无法准备一百二十八个超电磁炮，所以实验将目标锁定在同时期进行的「能力者量产计划」中的“妹妹们”，由于量产型的“妹妹们”具有的能力不及其素体超电磁炮的1%——也就是「Level2」的程度，因此根据“树形图设计者”的演算结果，只要准备好两万种战场及两万名“妹妹们”也可以达到相同的目的。
“啊哈哈…什么呀这个，就算是恶意的玩笑也该有个限度吧。”
御坂美琴很勉强的笑着，玩笑什么的，自己也知道那是不可能的，但是…
“什么把我杀死呀，什么代替要使用我的克隆呀，什么绝对能力者呀…”
但是这样的计划…
“这样的计划，根本不可能实现的嘛……”
这样的计划…怎么可以被实施。
御坂美琴面前的掌机屏幕上显示的是：第9982次实验，开始时间8月15日，21：00，绝对坐标—162258，Y—415687。
回过头，身后的时钟显示的时间是二十一点零五分。
“永别了，姐姐大人。”
那孩子告别的话还在脑海中回响。
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（我死了吗，这种在空中漂浮的状态，应该是死了没错吧，可恶，那该死的对话框，我还没活够啊。）
点了一个不是Yes就是Ok的对话框而穿越的苦逼你们伤不起啊，我这是干了什么伤天害理的事才遇上这么狗血的穿越事件啊。
对于我已经死了的这个事实让我感到很是悲伤，虽然自己在父母死后就开始了颓废的宅系生活，也没有什么能说的上话的亲朋好友，但这不代表我就能对自己还未成年就被迫逝去的生命无动于衷，最起码再也看不了动漫这一点可让我怎么活啊…啊，我忘了我已经不是活着的了。
（话说这里是哪里啊，我家明明只是在一个小镇里啊，这里怎么会有这么多高层建筑。）
我一边飘着自己的身体一边好奇的观察着四周，虽然是在夜晚，但这对灵魂体的我构不成视觉障碍。
轰！
（咦，那里发生什么了，怎么弄出那么大的动静？）
我迅速飘了过去，然而当我到达地点时，面前的场景却令我大吃一惊。
（那个不是魔禁的…咦…等等…不要啊！）
而与此同时，抵达了实验地点却只发现了一个破碎的护目镜的御坂美琴，向着不远处发生巨响的地点跑去。
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白发少年，也就是一方通行突然觉得很无聊，多少个了？自己杀死这样的劣质品已经有多少个了？从番号上来说已经是第9982个了吧，可是没有一个能让自己受一点点伤，即使像刚刚那样的偷袭。
原本实验的内容是让自己通过杀死20000个这样的家伙以达到绝对能力者（level6）的，可从什么时候起变成这种完完全全的虐杀了呢，这种毫无悬念的战斗对于提升自己的战力真的有用吗？
（那种事情根本就无所谓，反正只是因为无聊才答应参加实验的，毕竟这种18万円一个的劣质品杀多少都没关系啊。）
原本是这样想的，可是看着眼前这个家伙，明明已经失去一条腿了，偏偏坚持向前爬去，似乎有着不得不去的理由，可是那前面有的，仅仅只是一个徽章而已，一个印有奇怪青蛙图案的徽章，那是之前的战斗中，从少女的衣服上掉落的。
慢慢走过来的一方通行，看着眼前的少女。
“……真是受够你了，要解决你咯。”
一方通行转过身，走向一节列车的车厢，单手将其举起，然后走了回来。
少女伸直了手臂，终于将那徽章拿到了手里，缓缓撑着手臂坐起了身子，摊开手心，看着那徽章，表情安心而悲伤，这是一方通行从没有在以前的实验体上看到过的表情。
（明明是个不会哭不会笑的人偶，竟然还会露出这种表情，这还真是…）
站在昏暗的阴影中，看不到一方通行此刻的表情，但能感觉的到，少年正看着少女的背影，尽管对方没有回头，依旧看着手中的徽章，那样专注…
（让人难以理解啊！）
随即，车厢狠狠砸下！