下午四时，南京的局势已经在极度危急中，卫戍长官司令-唐生智召集副司令长官-罗卓英、刘兴、周斓、畲念慈及卫戍部队师长以上各将领在唐公馆开会。
卫戍司令部召集师以上将领开会，这个时候谁都知道是怎么回事，大概除了布置撤退行动之外，也就没有什么了。听说上午十时左右，雨花台陷落之后，第264旅新接任旅长-廖龄奇带着不到包括88师团工兵营在内的两千残兵绕城而走，现在已经在下关江边，搭乘该师辎重营两个连控制的三百多艘木船渡江了。妈妈的，兔崽子们倒是跑得快。
王耀武是在师部接到军长-俞济时的电话通知的，俞济时的话语说得是在明显不过了：“唐长官召集师长开会，城里情况已很混乱，开会可能有重大的变动。”
其实王耀武又何尝不明白这些呢，而且关于撤退的问题，他不是没有考虑过，要不然他也不会对俞济时建议说：“战事正在进行，我不能立即离开。开会如研究到放弃南京的问题时，不论突围或渡江，必须有周密的计划及准备的时间。应立将江北岸所有的船只调到下关至八卦洲的江边，分配给各部，并区分上船的码头；否则是不堪设想的。”
下午5点左右，包括俞济时等参加开会的各军、师长多数都赶到了长官部。
卫戍死司令长官唐生智劈头就是先问道：“南京现已十分危急，少数敌人业已冲入城内，在各位看来，以为尚有把握再行守卫否？”
唐生智的这番先简要地说明当前战况，接着又询问大家是否还能继续坚守的屁话让与会将领无一人言。所有人都彼此面面相觑。唐公馆里的空气冷寂到使人寒颤。
在这样的气氛下，唐生智向与会地各将领公布委座的电文：“如情势不能久守时，可相机撤退，以策后图。”所有都将领都默不作声。唐生智于是又说道：“战争不是在今日结束，而是在明日继续；战争不是在南京卫戍战中结止，而是在南京以外的地区无限地延展，请大家记住今日的耻辱，为今日的仇恨报复！各部队应指出统率的长官，如其因为部队脱离掌握，无法指挥时。可以同我一起过江。”
在出示委座命守军相机撤退的电令之后，卫戍长官司令部参谋长-周斓分了参谋处已油印好的撤退命令及突围计划
《卫戍作战命特字第一号命令》
12月12日15时于都铁道部卫戍司令部
一、敌情如贵官所知。
二、都卫戍部队决于本日（12日）晚冲破当面之敌。向浙、皖边区转进。我第七战区各部队刻据守安吉柏垫（宁国东北）、孙家铺（宣城东南）、杨柳铺（宣城西南）之线。牵制当面之敌。并准备接应我都各部队之转进。芜湖有我第第6师占领阵地。正与敌抗战中。
三、本日晚各部队行动开始时机、经过区域及集结地区。
四、要塞炮及运动困难之各种火炮并弹药。应彻底自行炸毁。不使为敌利用。
五、通信兵团。除配属外部队者应随所属部队行动。其余固定而笨重之通信器材及城内外既设一切通信网。应协同地方通信机关彻底破坏之。
六、各部队突围后运动务避开公路。并须酌派部队破坏重要公路桥梁。阻止敌之运动为要。
七、各部队官兵应携带四日炒米及食盐。
八、予刻在卫戍司令部，尔后到浦镇。
《南京卫戍军突围计划》为：
（一）74军由铁心桥、谷里村、6郎桥以右地区突围，向祁门附近集结。
（二）71军、72军自飞机场东侧高桥门、淳化镇，溧水以右地区向敌突围。向黟县附近集结。
（三）教导总队、66军、1o3师、112师自紫金山北麓、麒麟门、土桥镇、天王寺以南地区向敌突围。教导部队向昌化附近集结，66军向休宁附近集结，1o3师、112师向于潜附近集结。
（四）83军于紫金山、麒麟门、土桥镇东北地区突围。向歙县附近集结。
以上各部队突击时机为12日晚11时后开始，但83军为13日晨6时。
（五）第2军团应极力固守乌龙山要塞，掩护封锁线，于不得已时渡江，向**集结。
（六）36师、宪兵部队及直属诸队依次渡江，先向花旗营、乌衣附近集结。但36师应掩护各部队渡江（后），然后渡江。
这份有卫戍司令部草草拟就的突围计划的基本精神就是卫戍部队地大部由正面突围，一部随为数长官司令部由下关渡江。但在书面命令分后，唐生智又下达了口头指示，规定第第74军及教导总队这些南京守军中的中央嫡系部队“如不能全部突围，有轮渡时可过江，向滁州集结”。
这样一来，唐生智的口头指示便是使得命令的严肃性大大降低了。
更是糟糕的是，武汉统帅部虽然致电唐生智。令其在不能持久时相机撤退。但委座却总是从政治方面产生较多考虑，某种意义上说。委座是希望能多守一段时间，因而在12日，委座又以致函形式致电南京卫戍司令长官唐生智、副司令长官罗卓英及刘兴，提出企望。
“限即到。南京唐司令长官、刘、罗副司令长官：
据报江浦附近已现敌军，是敌希图对我四面合围，或威胁我后路，逼我撤退也。五日激战。京城屹立无恙，此全赖吾兄之指挥若定与牺牲精神有以致之。
经此激战后，若敌不敢猛攻，则只要我城中无恙，我军仍以在京持久坚守为要。当不惜任何牺牲，以提高我国家与军队之地位与声誉，亦为我革命转败为胜惟一之枢机。
如南京能多守一日，即民众多加一层光荣；如能再守半月以上，则内外形势必一大变，而我野战军亦可如期策应。不患敌军之合围矣。遥望京城，想念官兵死伤苦痛，无任系念!进退战守，生死荣辱，惟兄等熟图之。中正手启。十二申。”
可是谁也没有想到，此电文到了南京卫戍长官司令部的时候。不仅唐生智地撤退命令已经下达，而且当时南京的实际情况也已不可能再进行固守。
天黑后，紫金山满山都在焚烧，雨花台、中华门、通济门一带，全是火光，南京城里异常混乱。散会之后，自行决定由下关渡江的各军、师长大多未按命令规定地时间开始撤退，而是在散会后立即部署部队撤退。有的单位在接到命令前即已撤走。
虽然卫戍长官司令部命令第2军团负责固守乌龙山要塞以掩护其他部队撤退和突围，应最后撤退，但徐源泉在下午就率其第第48师从周家沙和黄泥荡码头乘坐其预先控制于该处的民船最早渡至江北。经安徽去江西整顿。
乌龙山要塞部队在徐源泉部撤走后，也开始准备毁炮撤去江北。很多参加会议的将领只向所属部队打撤退电话，或回去安排一下撤退事宜就脱离部队。先行到达下关，随同卫戍司令部及第36师乘渡船先到江北。
第第87师师长沈藻等根本未回指挥所；教导总队队长桂永清回到富贵山地下室指挥所后告知幕僚撤退任务，即留参谋长-邱清泉处理文件等，自己单独先去下关；其第2旅旅长胡启儒得知撤退消息较早，不等会议结束，即以奉命去下关与第第3团团长代行旅长职责，独自先去下关。
这个时候，天色已经完全黑，74军军长俞济时见情况紧急，立即派军部的李参谋把命令送51师，并嘱王耀武立即组织5师残部设法过江，过江后到滁州车站附近集结。接到命令之后，王耀武当即令周志道的第151旅到八卦洲附近绑扎木排过江，李天霞第153旅及师直属部队至下关设法渡江。过江后到滁州车站附近集结。
下达命令后。王耀武立即率师部人员经城内中山路向挹江门前进，然而途中遇却到第36师宋希濂部的阻挡。面对着涌来地溃兵。36师不断地开枪射击，子弹由人们头顶上空飕飕飞过。向挹江门行进的溃兵看到这种情形，有的主张与36师对打；有地说没有叫敌人打死，而被自己的部队打死了，那才冤枉。到处都是一片混乱，
看无法由马路通过，又怕耽搁时间多了过不了江，王耀武立即率部就绕道向挹江门走去。在整个南京城内到处都是爆炸政府各部建筑物的声音，马嘶人嚷，伤兵叫喊，乱腾到极点。由于各部队遗弃的伤兵很多，其中勉强能行者，也拄着棍子向下关前进，一面走一面骂。
由于城中各部队多沿中山路向下关撤退，而挹江门左右两门洞已经堵塞，仅中间一门可以通行，各部争先抢过，互不相让，人多门窄，极为拥挤，甚至有溃兵被挤倒踩死的；到处都是一片的混乱。不少人因挤倒而被踩死。
教导总队第第2团团长-谢承瑞，在光华门阵地上英勇地抗击日军多次冲击，却在挹江门门洞内被拥挤地人群踩死。第第156师师长李江等人见城门无法挤过，就从门东侧用绑腿布悬吊下城出走。
下关情况更为混乱，各部队均已失去掌握，各自争先抢渡。由于船少人多，有的船因载而沉没。大部官兵无船可乘，纷纷拆取门板等物制造木筏渡江，其中有些人因水势汹涌、不善驾驭而丧生。因乌龙山要塞守军撤走，原停泊于草鞋峡、三台洞的海军文天祥中队的四艘鱼雷快艇中队也趁夜色驰去大通。