同治十年七月，曹毓英等人在闽浙之地与灵桂处理完了全庆留下的烂摊子之后，就押解着犯官带着杨乃武与小白菜一起上京了。在同治十年八月初之时，众人来到了京城之中。
载淳在知道全庆被抓归案之后，同时下旨将左都御史绵森下狱，理由很简单，徇私枉法，在杨乃武与小白菜一案之上，包庇全庆及其子丰泰。[搜索最新更新尽在..]
在吏部尚书全庆与左都御史下狱之后，在东北的吉林将军、黑龙江将军与盛京将军同时上折，请求军队整编。这是在向载淳卖好，他们也都看出来了，恭亲王大势已去，已经无力再回天了。
而现在的整个大清，也就剩下这三位将军了，三人手中也有近十五万人马，并且驻守在旗人发家之地，载淳也没敢轻率的就派人整编三人军队，怕事得其反，因为现在与俄国之战一触即发，现在的东北还应以稳为主，此时千成不能出现什么乱子。
所以此时载淳与众位大臣商议之后，决定暂时对三位将军先不进行更换，待与俄国之战结束之后，再对三处军队进行调整。另载淳没有想到的是，就是因为这个看似比较稳妥的决定，差一点导致对俄之战失败，这些都是后话。
直隶、四川、陕甘、湖广四地再经过一年的吏制变革之后，已经初见成效。而在朝堂之上，也不会再有人捣乱了。现在就等将闽浙的这批地方官员处理之后，就决定在整个大清推行这套吏治。
而此时的曾国藩在湖广之地不幸染病，所以上书请求致仕，载淳也是再挽留，但曾国藩去意已决，载淳没有办法，最后也只能同意，但俸禄照发。同时载淳就此事，还明发一道旨意，今后官员致仕之后，俸禄还照常发放。这就是最期的退休金吧，但同时也解决了官员们的后路，使他们致仕之后，不必再为生活担忧。
载淳在知道曹毓英等人进京之后，先召见了杨乃武与小白菜两人。
载淳见到两人之后，心中也是颇多的感慨，杨乃武的一条腿瘸了，而在这个时代，就相当于宣布与官场无缘了，因时此时的官场还是很重视仪容的。而小白菜呢，其结果会更惨，被丰泰强暴之事已经暴露出来，在这个时代，女子失去了贞洁，比死了还不如，而这么一个弱小的女子在这个社会上又怎么生存呢？
同时杨乃武与小白菜两人经历此事之后，心灵一定会受到极大的打击，用后世的话说，一定会留有心里阴影的。
就在载淳为两人后路感慨之时，两人已经跪在地上，口称谢过皇上的救命之恩。
载淳听后，命太监将两人扶了起来，苦笑着说道：“你二人还要如此感谢朕，朕心里不愧啊，如果朕要是早整顿大清官场，你们二人也许就不会经历此等事情了。
对了，葛毕氏，皇太后也听说了你们的事，也很是唏嘘，知道你进京之后，也想见见你，你就先去慈宁宫吧。”
载淳说完之后，就有一名太监过来，领着小菜去慈宁宫了。
载淳待小白菜走了之后，又接着说道：“书勋啊，朕知你以前是举人之身，是被那些个贪官给破害的，现在朕就恢复你举人之身，以还你清白。”
杨乃武听后，再次跪倒在地，有些泣不成声的说道：“草民谢皇上大恩。”
载淳说道：“书勋，起来吧，现在也不是什么朝会，就不用总是跪呀跪的了。朕知你一耿直之人，本来有着大好的前途，朕也不是以貌取人之君，但有些官职还是有些不便。朕想听听你今后有何打算呢？”
杨乃武听了载淳的话，面色就是一暗，他也知道载淳说得全是实话，但做为一国之君，还能想得如此周全，也着实是不易。
杨乃武在经此事之后，怎么说也算是从鬼门关走过一遭的人了，所以也显得成熟了很多。不再象以前的那种愤青了。
杨乃武还是很感动，说道：“皇上日理万机，还为草民之事费心，草民真是惶恐。此次草民能死里逃生，全是借皇上之福，所以草民也不再有什么奢求了，回家乡之后，或者教书，或者养蚕，陪在姐姐与爱妻身边，过一些个安稳的日子，不使她们再担心了。”
载淳知道此时的杨乃武有此情绪低落，还象是看尘世一般，不过载淳还是很欣赏杨乃武的才华的。
载淳说道：“书勋，你也不用太过悲观，现在大清正值用人之际，似你这种有才华之人，还有什么可发愁，你身体虽然不适合为官，但也还是有很地方可去的。现在朕就给你指两条路，你可以自己选择。
第一条就是中华报的编辑，用你的一支铁笔，写下绝世之文章，来唤醒世人。这第二条路说起来就不如第一条路了，这条路不会象编辑那样为世人所知，但却对大清更加重要。
你应该听说过皇家情报局与皇家调查局吧，而此时的皇家调查局则缺少一个副手，但这个工作的性质就是如此，不会让人熟知，是大清的情报部门。”
杨乃武听了载淳的话，心中就是一愣，对载淳能够如此的看重自己，真是激动万分。同时杨乃武也认真的考虑了，现在自己身体有残，同时在官场之中以得罪了如此多之人，难免会再次遭人报复。而第一条路又很容易为世人所知，也许下一次就不会有如此幸运之事了。
而说回乡教书或养桑，更是杨乃武不成熟的想法，再回闽浙之地，杨乃武也有一些胆怵。而载淳为杨乃提供的第二条路，正合杨乃武心意，这样就可成为载淳的心腹，还有谁再敢找麻烦呢，同时也不易被人知，所以杨乃武就应下了第二条路。
载淳又说道：“书勋，朕看得出毕秀姑对你有意，不如朕与你人撮合此事如何？”
杨乃武正脸的道：“皇上，此事万万不可，并不是我杨乃武对毕秀姑怀恨在心，但是如果我二人真的在一起，那也就坐实了我二人有私情之事，所以……”
载淳听后，哈哈一笑，说道：“无防，朕也只是一说而矣，你也不必当真。这样吧，书勋经此大难，你姐姐与你妻子也一直为你奔波，朕就给你一个月的假，一是将身体养好，二是好好陪陪她们二人，至于你在京城之中的住处，朕会让人替你安排好的。”
而小白菜也没有同意慈安皇太后撮合二人的提意，最后小白菜说自己罪孽深重，出家为尼了，说是在青灯古佛之前，一是赎自己的罪，二是为大家祈福，保佑大家平安。这也许是小白菜一个不错的归宿吧。
载淳然后又召见了曹毓英等人，了解了一些闽浙的情况之后，对现在的闽浙官场还算是比较满意。然后载淳下旨，取消各部尚书之名，为部长或署长。同时将军处更名为国家事务院。
李鸿藻为大清国家事务院第一任总理。同时下旨取消了除新疆与蒙古两地之外的总督之职，调李鸿章、骆秉章、灵桂等为副总理，调杨岳斌为军务部部长……载淳此次彻底的进行了一次人事调整，将朝权掌握在了手中。