大明王朝真的已经到了风雨飘摇的地步。
李自成在潼关南原全军覆没，仅率十八人突围，收拾残部后，转移到陕西南部的商洛山中，休养生息。这年年底，他为了重整旗鼓，带了几十名随从，赶往谷城去会见张献忠。这两位同乡战友目前处境迥异，友情尚存。
张献忠设宴款待。酒过三巡，他拍拍李自成的背，戏言道：“李兄，何不随我而降，还仆仆奔走干嘛？”
李自成仰面大笑，连说：“不可，不可。”
此时此地两人心照不宣，李自成知道张献忠在谷城不过是权宜之计，并非真降，否则决不会冒失前来自投罗网；张献忠明知李自成决不会随他而降，开个玩笑而已。随后就接济他一批武器马匹，让他重整旗鼓，日后也好遥相声援。
当时谷城县的士绅亲眼目睹李自成会见张献忠后从容离去，埋怨熊文灿无能，没有命令张献忠生擒李自成将功赎罪。这种埋怨，都是不明底细的空话。熊文灿徒唤奈何，不可能“调度得宜”；张献忠并非真降，不可能“缚闯自效”。
张献忠任用秀才潘独鳌、徐以显为谋士，要他们讲解孙吴兵法，打造三眼枪、狼牙棒、埋伏连弩，操练团营方阵、左右营法，日夜策划有朝一日重举义旗。谷城知县阮之钿目睹这一切，心中焦急，又无力干预，只好苦口婆心从旁劝说，要他走刘国能的道路，真心归降，他可以担保张献忠不死，何必自蹈不义！遭到张献忠一顿痛骂，阮之钿从此忧愤成疾。料定将来不免一死——不是死于张献忠之手。便是死于熊文灿之手，在谷城县衙墙壁上题诗一首：
“读尽圣贤书籍，成此浩然心性。勉哉杀身成仁。无负贤良方正。”
谷邑小臣阮之钿拜阙恭辞从此就蜗居家中，不理政事。
湖广巡抚余应桂身临其境，看得一清二楚。极力反对熊文灿的做法，写信给熊文灿，提醒他：张献忠必反，要他先下手为强。不料他的信使被张献忠巡逻士兵俘虏，张献忠马上据此向郧阳巡抚戴东旻告发：巡抚要杀我。熊文灿得知后，上疏弹劾余应桂“破坏抚局”。杨嗣昌本来就对余应桂先前曾经弹劾杨鹤心怀不满，怂恿皇帝逮捕余应桂。余应桂被逮捕后，列举许多证据，向朝廷说明张献忠必反的种种迹象。朝廷不予理睬。把他充军边疆了事。
总兵左良玉也看出张献忠“反迹大露”，多次催促熊文灿发兵袭击。熊文灿搪塞说：他虽怀贰心，但尚未开衅；你虽敢战斗。但部众未集。贸然出击。其他受抚各部必然作出反应，得不偿失。
等到熊文灿自己意识到形势不妙——“张献忠将复叛”。请求朝廷调集四川、陕西军队围剿时，为时已晚。
崇祯十二年，张献忠在谷城再度起义，摧毁城墙，抢劫仓库，释放囚犯。他在过去委曲求全，受到各级官僚敲诈勒索，起兵后，在通衢大道上张贴布告，公布索取贿赂的官员姓名、数量、日期，向当地人民宣布：自己的起兵是熊文灿逼出来的，指责总理熊文灿欲壑难填，勒索贿赂数以万计。这一招，令熊文灿以及那些贪官污吏们羞愧得无地自容。
熊文灿自知纵虎归山，罪不容诛，连忙向朝廷推卸责任。兵科都给事中张缙彦向皇帝揭发：张献忠包藏祸心，无论愚者贤者人尽皆知，熊文灿受他愚弄，不断为他请官开赏，为他掩饰杀人越货痕迹，有揭露其阴谋者，立即封口；不断向朝廷谎报军情，把明显的反叛迹象说成是“反形未露”，欺蒙太甚。
崇祯恍然大悟，悔不当初，下令革去熊文灿所有官职，要他立功自赎。
草包熊文灿听说左良玉要发兵追击，故意走漏消息，并且强留左良玉为之饯行，拖延时间，使得张献忠得以从容地把武器粮食运往房县山中。接到皇帝命他“立功自赎”的圣旨后，知道自身难保，强令左良玉出兵。气得左良玉大发雷霆：总理先是纵虎归山，再命我擒拿，如不遵命，必定把逗留纵敌之罪强加于我。不得不贸然进攻，终于在房县西八十里的罗睺山遭到埋伏，全军覆没，军符印信丢失殆尽，只有几百人突出重围。一向骄横跋扈的左良玉当然不愿代熊文灿受过，向皇帝报告：熊文灿在张献忠反迹已露时阻挠他出击，纵虎归山后又强令他冒险出击，种种劣迹，和盘托出。崇祯下旨：逮捕熊文灿，左良玉戴罪自赎。
五省总理熊文灿逮捕入狱，作为熊文灿的推荐者，杨嗣昌责无旁贷，不得不自告奋勇请求前往湖广督师。
皇帝决定派杨嗣昌代替熊文灿的职务，前往湖广督师，亲笔写下了谕旨，指望他“速荡妖氛，救民水火”；“凯旋之日，优叙隆酬”。崇祯希望他将功补过，对他的能力充分信任，所以让他以内阁大学士的身份督师，总督、巡抚、总兵都听从他指挥，副将、参将以下军官可以用尚方宝剑军法处置，以期马到成功。
根据杨嗣昌的请求，皇帝在平台召开御前会议，参加者除了内阁大学士薛国观等人，还有吏部尚书谢陞、户部尚书李待问、兵部尚书傅宗龙。会议讨论了粮饷与军队的调度事宜，杨嗣昌提议，左良玉有大将之才，兵也可用，应当进封为“平贼将军”。
御前会议结束，崇祯单独留下杨嗣昌密谈，特别强调一件要紧事：张献忠曾经惊扰祖陵，决不可赦，其余人等可以剿抚互用。随后赏赐他精美黄金一百锭、大红苎丝衣料四套、斗牛衣一袭、赏功银四万两等，并且拨发剿饷五十万两。显示了在皇帝心目中，这个督师大臣非同一般的特殊地位。
杨嗣昌进宫向皇帝辞行。皇帝特别关照光禄寺在平台设宴，为他饯行。崇祯亲自为他斟酒，命左右大臣向他敬酒三巡。随后，在音乐伴奏声中。崇祯从太监手中取出他亲笔所写的七言诗。说：“辅臣督师，事不常有，今写数字赐卿。”
杨嗣昌跪下接过。朗诵道：盐梅今暂作干城，上将威严细柳营。
一扫寇氛从此靖，还期教养遂民生。崇祯听他念罢。笑道：“朕为卿赠行。”他的这首诗巧妙地借用典故，“盐梅”源于《尚书》，用来赞美为国效力的宰相；“细柳营”借用汉文帝时的将军周亚夫的典故，比喻军纪严明，把他对杨嗣昌的倚重心情流露得恰到好处，预祝这位盐梅上将、督师辅臣马到成功。杨嗣昌心潮起伏，激动不已，边哭边拜。
“盐梅今暂作干城”，杨嗣昌肩负皇帝的重托。踏上督师的征途，抵达襄阳，进入原先熊文灿的行辕。随即举行誓师典礼。总督太监刘元斌、湖广巡抚方孔燳、总兵左良玉、陈洪范等出席。杨嗣昌传达皇帝的谕旨，告诫将士：身受国恩。担当灭贼，诛赏必行。杨嗣昌素有口才，加上督师辅臣与御赐尚方宝剑的威严，令与会者大惊失色。会上杨嗣昌宣布了各地守将的职责，四面围剿张献忠。
杨嗣昌对左良玉寄予厚望，看作一张王牌，在离京前已经向皇帝提出加封他为“平贼将军”，十月初五日再次上疏重申此事，请求把“平贼将军印”颁发给左良玉，使他得以挂印行事，统一指挥各部。
左良玉果然没有让杨嗣昌失望，在四川太平县的玛瑙山打了一个大胜仗。张献忠落荒而逃，遁入兴安、平利山中。左良玉乘胜追击，歼灭他的精锐部队三千五百人，其中包括大头目扫地王曹威、前营将领白虎宗霍、中营将领邓天王张守安等，生擒张献忠的妻妾高氏、敖氏与军师潘独鳌等，缴获张献忠金印一枚、张献忠使用的镂金龙棒一根、镀金大刀一柄。
崇祯接到杨嗣昌的报告，对这位督师辅臣初战告捷非常高兴，立即召见刚刚由宣大总督提升为兵部尚书的陈新甲，要他嘉奖前方将领，并且特地拨发白银五万两、锦帛一千匹犒赏三军将士。为了奖励此次玛瑙山大捷的头号功臣左良玉，他决定赐予他“太子少保”荣誉头衔。他似乎意犹未尽，又给远在千里之外的督师辅臣杨嗣昌发去亲笔手谕，赏赐给他内库银一万两、斗牛服一袭、鞍马二份，还特别抒发了离别之后对他的思念之情：
卿自昨年九月初六日辞朝至今，半载有余矣！无日不悬朕念，与行间将士劳苦倍尝，而须发尽白，深轸朕怀。又闻卿调度周密，赏罚严明，深慰朕平寇安民之意。
字里行间流露出对杨嗣昌的特殊感情，连“须发尽白”这类细节，也挂念在心。令杨嗣昌感动不已，如不拼死在疆场，将无以为报了。
杨嗣昌无论如何没有料到，玛瑙山大捷之后，他再也没有打过像样的胜仗。原因当然很复杂，其中重要的一条就是，他这位“督师辅臣”竟然成为矛盾的焦点，与下属以及封疆大吏的关系没有协调好。最为失策的是，与英勇善战的左良玉关系搞僵。
张献忠在玛瑙山落荒而逃时，左良玉在后面紧追不舍，情急之际，张献忠心生一计，派亲信马元利带了礼物去游说左良玉，劝他不必苦苦相逼，离间他和杨嗣昌的关系。对他说：杨阁部之所以看重你，是因为有张献忠存在，你为什么不好好想一想，你一向听任部下肆意抢掠，杨阁部对你有所猜疑，如果张献忠不存在了，那么你的死期也不远了。这些话说得有理有据、合情合理，左良玉听得心动，就网开一面，故意放张献忠率领残部逃去，使得他有时间在山中招集溃散士兵，重整旗鼓。左良玉在竹山一带作壁上观，按兵不动，向杨嗣昌佯称有病，不便行军。
左良玉在竹山托病，还有另外一个原因，那就是杨阁部对他将信将疑，令他失望。杨嗣昌原先积极向皇帝保荐左良玉为“平贼将军”，后来看到左良玉飞扬跋扈，难以控制，而陕西将领贺人龙也是骁勇善战的帅才，于是向兵部尚书陈新甲提议，用贺人龙代替左良玉为“平贼将军”。很快，得到了皇帝的批准，杨嗣昌却反悔了，他唯恐此举引起左良玉反感，何况贺人龙的兵力与战绩都无法与左良玉相比，很难取而代之。于是向皇帝请求收回成命，仍用左良玉为“平贼将军”。如此优柔寡断，出尔反尔，结果两面不讨好，失去了左、贺两员大帅的信赖。
左良玉因为“平贼将军”印被夺，感到惭愧；贺人龙因为“平贼将军”印得而复失，感到不满、怨恨。此后，两人互相推诿，不再深入前线，以致张献忠得以重整旗鼓，都是杨嗣昌失去二帅之心导致的结果。
杨嗣昌明知左良玉托病，却不得不写信去慰问，对他的消极态度表示理解。他在信中说：张献忠在深山峭壁之间，插翅难逃，将军如果严督穷搜，断然可以活捉。然而你却引兵退回，为什么？我想大概是荒山峻岭之中断了粮饷，大兵难以驻扎，将军不得已而出此下策。这就为他的退兵留下体面的台阶。但是，关于“平贼将军”的出尔反尔，难以自圆其说，只好挖空心思加以掩饰，把责任推到兵部，说：兵部文件用贺人龙代替你为“平贼将军”，我已经上疏制止了，不久一定可以得到皇帝谕旨，“平贼将军”非你莫属。
左良玉对杨阁部的这种诡辩根本不信，因为贺人龙早就把真相告诉了他：杨嗣昌曾私下许诺，由贺代替左为“平贼将军”，又反悔食言，谎称以后再议。使得贺人龙大为恼怒，把经过向左良玉和盘托出。
因此，杨嗣昌再三解释也无济于事。只得用皇帝来压他：张献忠想进入四川，这正是你报答皇恩之时。但是，左良玉不为所动，依然在竹山高卧，不肯进山搜剿。
对杨阁部怨恨之极的贺人龙也在消极观望。各省总督、巡抚有自己的小算盘，都想乘机从围剿中抽身。杨嗣昌事先传达皇帝的圣旨：命令陕西总督郑崇俭和他手下的副总兵贺人龙、李国奇，“留蜀协剿”。郑崇俭阳奉阴违，写信给杨嗣昌，声称：他率领陕西军队，与左良玉派来的偏将在太平县境内得不到粮饷接济，只得按兵不动。气得杨嗣昌无话可说，责问四川巡抚邵捷春：太平县在你的管辖范围之内，事先早已提醒你措办粮饷，居然置若罔闻，左良玉、郑崇俭都以“无粮”为借口而退兵。
费尽心力围剿的“流寇”，如果因此而脱逃，你如何为自己解释！