在南太平洋海底的深处，新新人类协会的一座海底城坐落在一道海底山梁上，山梁其实是一个海底鼓起的斜坡，上面很平坦，在这个一千多米的深海海底，常年都是漆黑一片，水温常年保持在零摄氏度左右，偶尔有几条深海鳗鱼和鳐鱼从山梁上游过，由于见不到阳光，这里没有任何海下植物，甚至连浮游生物也没有，虽然环境冷酷，但是这里却有着很稳定的水体，风平浪静。
张克明教授此时正坐在这座水下组合式建筑自己的办公室里，刚刚结束的‘五人小组’会议给他的心头蒙上了一层阴影，严峻的形势让他最近作出的很多研究计划可能要重新修改。这座建筑的名字是张克明亲自给起的，因为喜欢古典小说《西游记》，他索性把这座深海建筑命名为水晶宫，经过了将近三十年的不断建设，水晶宫的规模已经很庞大。与佐藤宏介的海底龟城不同的是水晶宫采用了模块化的建造模式，外观形状像一个沉入海中的集装箱，只是体积要小一些，所有构成这个‘集装箱’的矩形小‘集装箱’舱室组合在一起，形成了一个非常稳定和坚固的整体，需要时可以分离，用自身的全电喷水动力系统自由行动，这和太空城的结构是相近似的，因为总设计师都是张克明，他喜欢模块化的组合设计，因为灵活和实用。
海下基地主要的运输和防御任务是由MSI蜂鸟B-18和蜂鸟A-20来担当，近百架蜂鸟A-20对于这个庞大的海底城日常使用是够了，但是如果发生意外，张克明很担心无法应对，唯一能够支援他的是童继武所负责的山中基地，蜂鸟A-20的数量多一些但也有限，费蒙的太空城距离太遥远，不用几天的时间是无法前来援助的。
由于感觉形势危急，张克明找来了一直负责海洋研究工作的龚庆国博士，想一起研究一下如何应对当前的局势。两个人年龄相当，脾气秉性也相似，只是龚庆国显得更加沉稳老成一些，张克明负责海底城的建设和管理，龚庆国则一直专心于各个研究组的研究项目和研究进度，两个人配合得很默契。在他们的管理下海底城现在已经实现了自给自足，从能源、材料和食物都是取之于海，并能生产出剩余的反物质燃料电池、新型复合材料、以及像MSI蜂鸟A-20等机型的相关设备，提供给太空城。最近龚庆国博士的研究还发现，在他们所在位置的地壳下深处近千公里的位置，可能存在着大量的水，整个水体可能比地面上所有形态的水加起来还要多，他们准备进行采样分析，研究地壳深处的水体对于人类有无用处。
龚庆国多少也听张克明时常说一些现在的局势问题，但是没想到‘五人小组’最新的判断是与黑鹰社的战争一触即发，而且经过了近三十年的偃旗息鼓，黑鹰社的实力已经非同一般，平常只关心科学研究的龚庆国这时也担心了起来，向张克明建议说：“是不是把水晶宫分散到几处咱们的备选海域去比较好，现在咱们除了在北冰洋水下有一个小型海底研究室，都集中在了这里，是不是太危险了。”
听了龚庆国的建议，张克明点了点头说：“我也正在考虑这个问题，原来我们设置了一些水下电子信标作为警戒和迷惑敌人，但是从现在的情况来看，这些信标都被不明人造物体接近过，但得到的信息却很少，无法分析具体情况，我现在觉得有可能是佐藤和李康他们派出的侦查小组，他们的黑鹰也能视觉隐身，而且他们在水下会使用蓝绿激光通信系统，咱们的电子信标视觉上无法发现，也不能拦截到激光通信，所以我判断形势不太妙，但过度分散也有被各个击破的危险……”
他们正在讨论对策的时候，安全组的负责人通过‘超弦’请求通话，他在屏幕上有些惊慌地说：“咱们设在不同水域和深度的电子信标显示，一支庞大的A国航母战斗群停留在了我们的正上方，一艘核潜艇刚刚快速下降到了咱们附近的海床上，距离约八海里，被动声纳系统同时发现两艘原本正常通过的核潜艇已经调转了方向，正从不同方向我们的海底城附近驶来，距离已经不到五十海里了。”
张克明也有些吃惊，这是很不寻常的事，这片海域虽然有军舰经常经过，但很少有舰队停留过，而且核潜艇从不同方向过来，明显目标就是海底城水晶宫。他略加思索后下令道：“你派出三个小队十二架蜂鸟A-20到附近去观察情况，不到万不得已不准使用武力，同时让三个中队的A-20做好战斗准备，全部挂载质子鱼雷和导弹，以防发生不测；另外，不要开启主动声纳等设备，用被动设备探测情况，注意不要使用海下聚光灯，从现在起全城临海的所有舷窗和外部照明设备施行灯火管制。中微子通讯系统是安全的，可以正常使用；隐身设备全部启动。”接连发布了几个指令之后，张克明决定立刻和费蒙取得联系，汇报这个意外的情况，并商量对策。
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一千多米的海底，对于伊利诺斯级攻击型核潜艇来说已经是下潜极限了，在深海海水巨大的压强下，艇体偶尔发出的吱嘎声让几艘前来救援的潜艇上的水兵不寒而栗，但这个时候时间就是生命，已经没有时间让他们虔诚地祈祷了。对于高层来讲，潜艇上的设备、武器等秘密才是最重要的，因此最先前来营救的两艘到达沉船海域的核潜艇，先是建立了海底警戒线，并放出了三艘微型无人潜艇在附近警戒和搜寻‘失事’的核潜艇的准确位置。
麦凯瑟将军担心水下力量不足，又紧急从附近的海岛基地调了两艘老式但经过改装的弗吉尼亚级核潜艇和两艘伊利诺斯级核潜艇前来支援，不到十个小时的时间里，芝加哥号失事海域附近的核潜艇数量已经到达了六艘，它们从不同深度建立了立体水下防御圈。
费蒙得到张克明的情况汇报后，觉得事关重大，立刻召集了紧急会议，“五人小组”的七名成员加上龚庆国博士讨论了侦查结果和目前的形势后，判断出是航母编队中一艘核潜艇发生了事故，从不同方向到来的潜艇是为了救援，建议张克明做好紧急撤离的准备，但是不到万不得已先不要移动和疏散海底城，因为距离实在太近了，移动和疏散海底城组件可能会被潜艇的主动声纳系统发现，那时将可能发展成双方对峙，而这时双方都很敏感，对峙就很可能变成交火。费蒙同时让童继武做好准备，随时支援可能发生的危急情况。会议结束后，张克明马上开始进行撤离的准备，水晶宫全体动员，进行着各项准备工作，并密切监视着航母舰队和六艘潜艇的行动。
在芝加哥号沉没点附近，舰队补给船上的水下救生设备已经陆续从底舱运送到了甲板上，并陆续进入了海中，准备工作结束后，在确定了芝加哥号已经无法上浮后，麦凯瑟下令切割船体，被安置好的切割链条开始转动起来，从芝加哥号的中部开始切割船体。几个小时后，芝加哥号被一分为二，液压牵引设备分开了船体，两截的船体之间露出了一人多宽的间隙，几名穿着厚重潜水服的潜水员进入了船舱，开始搜寻可能生还的船员。
经过几天的救援，最后从不同的隔离舱室中救出了潜艇上的部分船员，大约有四五十人得以生还，从时间上来看芝加哥号上已经没有人能够再活着了。麦凯瑟这才把几天来紧张的心情放松了一下，他知道起码他能对国会有个交代了，下面最总要的就是把潜艇残骸尽快打捞上来，不能有任何机密留在海底。
很多的浮筒被缓慢地陆续固定在了芝加哥号的船体上，只要达到一定数量，排空浮筒内的海水，芝加哥号的残体就能够上浮到海面了。
张克明这些天一直紧张地关注着沉船海域发生的一切，监听中心报来的监听信息，被‘超弦’快速破译，内容显示，还有两天时间失事的潜艇就会被打捞起来。张克明轻轻疏了口气，只要舰队离去，危机暂时就过去了。
可是意外还是发生了，因为救援行动时间过长，麦凯瑟将军开始担心有敌国潜艇来到这片海域暗中窥伺，伺机取得情报，他下令负责警戒的核潜艇扩大了警戒范围，开启主动声纳系统，寻找可能存在的威胁。两艘伊利诺斯级攻击型核潜艇的主动声纳系统几乎同时探测到了八海里外海床上有东西，数据链把信息汇总传到航母上的超级计算机后，很快分析出这是一个有着规则形状的人造物体。麦凯瑟接到报告后大惊失色，他一时无法准确判断‘敌人’的数量和攻击能力，为了避免更多的损失，他立刻命令停止一切救援行动，所有核潜艇撤离附近海域，准备深水炸弹攻击所有可能的刺探者。
数艘克虏伯级驱逐舰一起向目标海域发射了上百枚重型深水炸弹，设定的爆炸深度分别是八百米、一千米、和一千二百米的海床。
张克明拿到‘超弦’的监听信息时，深水炸弹已经被发射，从空中溅落到海水里，水晶宫的被动声纳系统也几乎同时监测到了深水炸弹入水时的声音，此时的张克明只好有些绝望地命令整体全速撤离。
深水炸弹的爆炸声从各个方位不断传来，巨大的冲击波席卷了几海里内的整个海底水域。正在撤离中的水晶宫没能完全逃出深水炸弹冲击波的攻击范围，水晶宫被压向已经离开的海床翻滚着……
攻击结束后，海底过了许久才慢慢恢复了平静，很多被深水炸弹震死的海洋生物的尸体浮上了海面，海面上一片狼藉，麦凯瑟看着攻击的效果，脸上露出一丝狰狞的笑容。