不管怎么说，在大明朝廷的暗示下，辽东地区的朱棣、朱权等藩王和鞑靼的联合，造就了帖木儿很大的麻烦，因为鞑靼和帖木儿一样，军队基本都是有骑兵构成，虽然战斗力在帖木儿眼里不值一提，但是却造成了他在哈密、瓦刺地区的停顿。
而且，鞑靼没有投靠帖木儿的理由，在他们眼里，只有黄金家族的人才能当蒙古人的大汗，帖木儿这只突厥和蒙古人混血的杂种，是不配领导他们的。有的时候，蒙古人对于血统的认可是十分认真的。
无形中，鞑靼的反抗对于帖木儿侵略大明，起到了一个延缓的作用，但朱元璋不是那么想的，表面上奉旨和鞑靼联盟的朱棣也不是这样想的，他和鞑靼联合，不过是为了在更大的本钱而已，蒙元已经不行了，已经被大明打残，又在和瓦刺的争端中消耗了大量元气，剩下的只有苟延残喘而已。
至于为什么没有对蒙古残余穷追猛打，那是由于文官的体制造成，那些文官不屑于北方的苦寒，认为就算是划为大明的疆土，要派遣官员、军队，对于大明只能是负担，而带不来任何好处，文官体制造就了守成的思想，对于外界的毫无野心之后果，才导致敌人的修生养息。
朱棣不会犯这样的错误，而他此时的最需要的就是时间，需要时间融合并控制鞑靼，那样才和帖木儿有着旗鼓相当的军事力量。
而朱元璋对待日本的政策，也间接帮助了朱棣完成着心愿。
洪武二十八年初，征日大军对于日本本州岛实行了全面压制，而此时，日本所谓的顺民、良民都被集中在九州岛上。四国变成了不毛之地。
大明军队登上九州岛，大内氏的周防国首当其冲，受到了灭顶之灾，不得不往京都方向逃窜，之前从来不愿意去的京都。大内盛见也扭扭捏捏的向足利义满表示效忠。
周防、长门二国落在了大明的手里，并且稳扎稳打的继续向前行进着。每每看到身材矮小又自不量力的日本人拿着柄武士刀冲上来，征日大军都会爆发出轻蔑的眼神。
日本人好像不会集团冲锋一样，往往几十个人，最多几百个人就哇哇叫的冲了上来。有的时候，为首的将领还会先跳出来。要求单挑。不过总是先被火炮和火枪打倒一批后，能冲到阵前的就所剩无几了。很多事后，大明将士的刀还没有出鞘，战斗已经结束。
这些状况无疑是一个不可思议的现象，大明军队就像是一个烧红的烙铁一样，这么几个日本人冲上来。还不像几滴水落上去，瞬间就干了了，要自杀也用不着这样吧。不过关于日本刀的做工还是让将士们十分眼馋的，于是在战场上出现了这样的一种现象，一旦战事结束，往往兵卒们在军官的带领下一拥而上，在哪里争抢日本武士刀。以此好回到家乡炫耀。久而久之，军官们也懒的管这些事情，反正战事顺利，就满足一下大家的心愿。
但是这种情况发生的越来越少。在征日大军的凌厉攻势下，使日本的诸侯渐渐的向一起靠拢，在一起产生了同仇敌忾的意思，各路诸侯国的首领皆向京都方向靠拢。所以说越往后打，越难见到一次又规模的战斗。
同时各诸侯国组织起自己的家兵，联合在一起交与幕府一起带领，共同抗击入侵元兵。这个时候，为了赶快结束战斗，大明又从山东都司调来了一万五千人的屯田军，在九州岛上开始屯田，因为春天的到来。日本本土也要恢复一定的生产，不能老从中原运输，西北越来越紧张的局势也需要大批的粮草。九州岛归属屯田军管辖，对于本州的压力有重了一些，于是开始磨刀霍霍的，准备给给日本人一个教训。
足利义满最近一段一时间也筹备了大约五万人的军队，但是这支军队的装束和武器却是五花八门，聚集在一起，从远处看来斑斑澜澜的像是块破布一般，参差不气的。因为他是由各诸侯国的家兵组成，日本断绝了和朝鲜、大明的贸易，甚至连正规的军装都统一不起来。
足利义满不敢以天皇的名誉，而是以自己为日本国王的名誉几乎每个月都会派遣使节要求通过大明水师封锁，秉承皇上的旨意，方明谦给予了拒绝，不由不使日本人感到绝望。
朱元璋之所以这样做，是不想让大明官员受到日本人那可怜兮兮的哀求，那些人就会装可怜，既然做了，就要做彻底，他不想让国内的注意力受到太大的干涉，现在有帖木儿在西北陈兵，大臣们对于日本战事松懈了很多，正是一个最好的灭日机会。
日本人陷入了绝望，足利义满此时内外忧患之下，终于坚持不住的病倒了，由足利义持主掌军政。看到了明军的火炮威力后，也尝试着组织自己的敢死队。
他们没有大明的火器制造水平，只是抽选定了若干的武士。在身上背负火药，雌伏于草丛或者树林之间，遇见大队的明军走到身边便点燃火药直扑过去，以求最大的杀伤范围。
足利义持将这支武士组成的敢死队称为“神风队”。希望这种威力奇大的火药能像上次的神风一样护佑着他们。
这种袭击也给大明军队带不来什么大的伤害。因为只是小打小闹的，最多会让征日大军出入更加小心一点，对于这些伤亡几乎可以忽略不计，耿瓛等将领本来就没有放在心上。任你背着火药包跑来跑去，开始还吃点小亏，但是到了后来干脆就见了草丛或者不正常的日本人就是一阵乱枪。越来越让其靠不近身来，神风队能起到的效果自然也越来越差。
日本仍然在坚持，此时已经有很多大臣已经开始向足利义持施加压力，要求再次和明军展开和谈，甚至就是把九州、四国等已经沦陷的岛屿割让给大明也可以。而有的大臣，此时想起了朱棣的邀请，对于日本这个避无可避的岛国，要求足利义持请求朱棣的收容。
二十多岁的足利义持的威望当然不及其父，这般大臣看着足利义满的病重。竟然要求幕府还政后小松天皇或者后龟山天皇。
正如幕府将军无视天皇的权威一样，这时日本也经常出现守护大名藐视将军，地方下层领主和武士挑战守护大名，甚至武士也不把天皇放在眼里的现象--人们称这种现象为“下克上”。
例如，日本南北朝时，北朝的光严上皇出巡时碰到一个美浓的守护土歧赖。上皇的近臣喝道：“上皇圣驾到此。快快下马！”土歧赖闻听非但没有下马，反而大怒道：“你说清楚是院驾还是犬驾（日语中‘院’与‘犬’读音相近），若是犬驾，就射他一箭。”说着，真的拔箭而射。他的随从们一哄而上，把上皇车上的帘子扯掉。把车子掀翻，并把上皇身边的公卿打了一顿。事后，土歧赖被幕府处死，但引起下层武士更大的不满。
有人说：“如果没有天皇不行的话，就用木雕一个，或以金铸一个，把活的天皇流放天别的地方去。省得惹麻烦。”有人哀叹道：“凤凰生末世，落魄亦堪悲；雉鸡遭野火，被逐无巢归。”这时，天皇朝廷势力式微，形同小诸侯一般。
而后龟山天皇，此时也在京师，当初日本南北朝统一之后，足利义满并没有履行自己当初的诺言，即仍旧恢复大觉寺派与持明院派天皇迭立的传统。南朝的皇族、公卿、将士异常愤慨，后龟山天皇也后悔不迭。南朝的皇室后裔和臣子们为了恢复旧业。不断地进行着努力。
足利义满在时他们还在暗中进行，但是现在足利义满病重，足利义持年轻，而日本又遭到即将被灭国的危险，南朝的皇室后裔和臣子们也在不断的准备着将幕府推翻的打算。只是时间没有到而已。
有大明水师的协助。征日陆军推进的很快，日本瞬间陷入了崩溃的边缘，大军一直往北攻去，不出旬月。就行军至距离京都百余里的地点。由于后方战线拉的过长，而逃到各处的日本武士又颇为难缠。经常出其不意的从树林或者是山坳中跳出偷袭，杀了人立即有遁入山中林中。
为此不得不驻扎下来，清扫残余的日本武士，才能使日本北方获得片刻的喘息之机，但是京都已经是一片慌乱，天皇和幕府终究不敢再留在京都，已经商议前往奈良，坐船赶往位于神奈川县镰仓暂时避祸。一时间，京都内人心惶惶，很多武士为幕府的这一举止感到耻辱。
足利义满怎么也想不到，他一直和大明保持善意，就不同意同大明为敌，还不惜以囚犯充当倭寇送到大明表示诚意，大明的皇帝从那里来的恨意呢。现在只能逃到镰仓足利满兼的地盘上寻求庇佑，这个时候，足利义持才感觉到事情的不妙，一面号召各路诸侯勤王保护天皇，一面开始遣使往朝鲜，希望能寻求援兵。
日本天皇和足利幕府决定往镰仓方向暂避的决定，的确做的时机不是很好，严重打击了日本的军队的士气，可是这个决定做的也是十分艰难。第一，各守护国现在依然为着自己打算，虽然派出了部分兵力，但是绝对精锐还是留在了自己的地盘。
还有一条，今川了俊在足利义满病危的情况下，坚决的从镰仓赶来，要求天皇往镰仓暂避，有没有私心先不说，其中有一条，就是想用距离拉长明军的战线，意图各个击破。这一条得到了大家的一致认同，所以也顾不得名誉问题了。
他们认为，日本人民还是会拥护天皇的存在，只有最大限度的拉长战线，才能寻找机会，那时候民众都会被调动起来。届时在给明军致命一击，只要失败一次，大明征战在外的势头就会减弱，再来侵略日本就很难了。
他们是这样想的，就这样做了，使大明不费吹灰之力进入了京都，控制了附近地区后。想皇上以及五军都督府请示下一步的行动。
日本的京都几乎是兵不刃血的落入了大明手中，按照耿瓛的既定策略，就是大量的征集日本民夫，继续紧逼至尾张、三河两个诸侯国。
在这距离镰仓已经不足五百里的距离，虽然日本还有近一半的国土尚未沦陷。但是比较富庶的地方基本都落入了大明手中，耿瓛的意思，就是在尾张、三河一线修筑工事，巩固自己胜利的果实。
足利义持和今川了俊共同对策，无可奈何之下，只得布置在多摩川一带的防线。希望能拖过一段时日，等待事情的变化，因为他们派遣往朝鲜的使节还没有回来，一切还只是变数。
此时，他们只好把天皇再次的提到了重要的位置上，不敢再有所怠慢。因为天皇毕竟是老百姓心中的一杆旗帜，只要天皇存在，他们就可以多拉拢一些支持力量。后小松天皇和后龟山天皇杯严格的按照大觉寺派与持明院派天皇迭立的传统。
后小松天皇引咎出家，后龟山天皇即位，这也是足利幕府为了拉拢南朝诸侯的权宜之计，洪武二十八年五月，足利义满在内忧外患的情况下。终于不堪从京都到镰仓的长途跋涉，在到达镰仓的第五天，就吐血而亡。
足利义满的死，注定了日本不能团结起来，以今川了俊和大内盛见为首的后龟山天皇一系，和以足利幕府为首的后小松天皇一系产生了巨大的矛盾，其中，以足利义持为首是属于强硬派，要求大家团结，给大明前来侵略的军队以惨痛的教训。甚至要求天皇再次北迁至虾夷，以使日本大军无后顾之忧，和明军决一死战。
而大内盛见已经完全失去了勇气，今川了俊也表示应该做出姿态表示臣服大明，只要保留天皇一脉。什么条件都可以答应大明王朝。
两者不可避免的产生了矛盾，而朱元璋在南京紫禁城得知情况后，终于放下心来，从另一个时空多出的几百年经验让他早就预料着有这一天。
日本根本没有处理侵略的能力，在此时的大明，在航海不算发达的现在，日本占据岛国的便利，肆意的去掠夺其他国家，所凭借的就是他们是孤悬于海外的一片岛屿，根本不会担心有国家前来侵略，再加上蒙元时期的两次征伐都铩羽而归，更增加了他们狂妄自大的本性，所以根本没有想到有军队会踏上他们的国土。
他们应变国家危机的能力实在是太差了，现在如此，另一个时空的美军也是如此，别看他们作为倭寇是多么的凶悍，别看他们所谓武士道是多么的高傲，更不要看他们国内诸侯之战时的残忍，这一切不过都是表面的现象。
一旦有强于他们的军队踏入日本本土，他们外强中干的本色就会显示出来，所以无论什么时候，他们都喜欢把战争引向其他地区，才会有疯狂的掠夺，才会有殖民的产生，他们害怕被人看穿其懦弱的，用武士道包装出来的虚假本性，甚至在另一个时空，连找盟友也不敢找临近的国家，去找远在万里之外的德国、意大利。
对于临近的国家，只会用疯狂掩饰他们的恐惧。
朱元璋就是看穿了这一点，才不会允许大明身边有这么一个毒瘤存在，大明和日本没有和平，也不能共存，士大夫可能会陶醉在日本人虚伪的鞠躬之中。但是朱元璋却是知道太多鞠躬后的利刃，由自卑引起的妒忌。
不能再拖下去了，每天都是军费开支啊。不能把精力完全放在小岛身上，于是，当尾张、三河的防御工事构筑完成之后，朱元璋下达了全面进攻的旨意。
因为没有应付外敌的经验，导致了日本现在处于表面和平，而暗中两派天皇的分裂之中，只有更加的慌乱，才能让他们没有时间思考，处于更分裂的状态。
皇帝这么说了，朝廷中的文武大臣们都深以为然，锦衣卫强大的情报收集能力使五军都督府的老将们完全掌握了日本此时的动态。他们那个不是身经百战的元勋，趁敌病要抵命的事情，他们也不是第一次去做了。
九州经过一年有余的经营，已经算是稳定，而四国岛现在空无人烟，不需要防御，所以将九州岛交给屯田兵守御后，耿瓛等人尽起大军，往本州岛开拔，为了不给屯田兵压力，也为了后方的稳固，由顺民、良民组成的炮灰军队大约近二万人也随之出发。
连同大明水师在内，共计十三万大军分三路逼向镰仓方向，耿瓛率领东路军经由远江、骏河和伊豆三个日本小诸侯国（日本静冈县、山梨县）直往前插入甲斐，然后在甯忠的配合之下清剿身边的日本人。之后再往前进发武藏境内。