1636年4月3日，因为广州、澳门、香港三地防御严密，荷兰舰队司令普特曼斯决定将总数43艘的大舰队分成两个部分。
将战斗力较弱的，船体老旧的船只留在香港和澳门中间的大澳岛，封锁珠江的出海口，断绝广州、澳门的对外贸易。
而剩下的船只则沿着海岸线北上，依次袭击中国沿海有价值的目标。普特曼斯选择的第一个目标，就是位于闽粤交界处，台湾海峡的西南口，处于韩江口外的南澳岛。
南澳岛距离大陆约12-13海里，东距台湾大员港近150海里，北距厦门约100海里，西南距香港180多海里。自宋以来，南澳就是东南沿海一带通商的必经泊点和中转站，岛上还设有一个大明总兵府。
不过和大明其他沿海卫所一样，南澳岛上的大明官兵也早就失去了作为军队的作用，他们平日里的工作不是下海打鱼，就是按照长官的命令维护下港口的治安而已。大明的军事改制，尚未波及到南澳岛上。
因此即便南澳总兵已经收到了荷兰人袭击广州珠江口的消息，这位总兵大人也只是戒备了半个月，便又再度放开了港口，准许部下下海进行渔业活动了。毕竟在这位总兵看来，港口每关闭一日，就意味着许多金钱在流失。
于是普特曼斯的舰队很快就在南澳岛海域抓住了出海打渔的南澳官兵，从他们口中了解了岛上的虚实。听说了这位总兵大人的行径后，普特曼斯便亲自带着三艘海船悬挂着葡萄牙人的旗帜闯入了南澳岛上的港口，趁着港口守军不备夺取了港口的两座炮台，并炮击了港口内的卫所。
南澳总兵不得不带着一部分居民和官兵逃入了南面的金山之中，据岛上的山寺自守。而大多数南澳港的居民和商人则选择了向荷兰人投降，这座港口的物资让荷兰舰队得到了补充，也让普特曼斯对接下来的作战有了更多的信心。
接下来普特曼斯又令四艘快艇进攻西面的沙汕，这四艘快艇沿着韩江进入了内陆数十里，沿途劫掠了十多个村寨，方才掉头返回了南澳岛。
普特曼斯在南澳修整了三日后，决定继续带着舰队北上，不过他将南澳岛当做了舰队在中国沿海的后勤基地，于是在此地留下了三艘快艇和300士兵以保卫南澳岛。
在两次分兵之后，普特曼斯的北上舰队便只剩下了31艘船只，其中用于远航的夹板船9艘，快艇12艘，平底船7艘，中国式戎克船3艘，总吨位达到了一万三千余吨。
四月十七日，普特曼斯率领的荷兰舰队抵达了厦门湾。当荷兰人的庞大舰队出现在厦门外海时，驻守厦门岛的副将施福顿时有些傻眼，虽然他已经知道了荷兰舰队北上的消息，但是他没想到荷兰人的舰队居然会这么庞大。
厦门港内的此时拥有的不过是30多艘中式战船和5、60艘放火船，剩下的便是没有战斗力的商船。而他的上司郑芝龙正带着台海巡检司的主力舰队防御着北港和大员港，根本不知道何时才能返回。
施福不得不收缩了防线，将金门诸岛的守军撤回了厦门岛及鼓浪屿。并派人前去质问荷兰人来厦门的用意，试图拖延一些时间。
普特曼斯将计就计，告诉使者他们是来向大明官府抗议，明军袭击热兰遮城夺取大员港一事而来，如果福建的大官不听取他们的抗议，那么他们就要向厦门施以同等的报复。
经过了三日的谈判，施福勉强同意普特曼斯可以带着不超过五艘的快艇进入厦门港和他见面交谈。施福思考着，如果只有五艘快艇进入厦门港，那么占据优势的反而他自己了，因此他认为荷兰人应当不会挑衅自己的部下，从而再拖上一两日。
但施福还是估错了普特曼斯的胆量，四月二十一日清晨，普特曼斯率5艘快艇驶入厦门港道，一直进入到了厦门舰队中间才抛锚停泊。荷兰人的诡异行动顿时引起了施福的注意，他正要下令自己的部下驾驶船只远离荷兰人的船只时，便看到对方的船上打开了炮门，向着四周的明军船只展开了炮击。
在这猝不及防之下，警惕性不高的明军船只顿时遭受了重创，停泊下来的荷兰快艇，火炮射击的精度和速度极快，在他们周边停泊的明军船只很快就失去了战斗力。不少明军将士不得不跳海逃生。而在四周的明军船只开始下沉之后，荷兰人才升起了红色战旗，正式向明军宣战。
荷兰人的这场突袭，不仅摧毁了一半的厦门舰队，还击沉了五、六艘商船。直到明军不再顾及自己的船只，使用港口的炮台对战场中心的荷兰船只进行射击后，普特曼斯方才下令拔锚撤离。
在这场突袭战中，荷兰人只有两艘快艇被明军的炮台击成重伤，但是却几乎摧毁了厦门岛可以出击的大型战船。
战后的施福极为悔恨，他知道自己是上了荷兰人的一个恶当，失去了这么多船只，厦门也就失去了出击的力量，现在只能谨守厦门港，等待北方联合舰队的来援，或是郑芝龙舰队从台湾的返回了。
普特曼斯虽然之后又发起了几次对厦门岛的进攻，但是施福利用鼓浪屿和港口的陆上炮台及小型放火船封锁航道的战术下，荷兰人再也没能取得什么有效的战果了。
这时普特曼斯从俘获的明人俘虏中得知，北面的福州驻扎着大明的浙闽总督，地位和皇帝身边的重臣相似后，便决定北上攻打福州，迫使这位总督大人向皇帝求援，以完成此次出兵的目的。
而在联合舰队这边，张燮听取了部下杨万成的意见，决定使用月距法定位，从济州岛直航台湾基隆港。不过为了安全起见，他将手中的舰队一分为二，一路按照老的航路前往青岛然后再南下长江口。他自己则带着一十二艘主力军舰，走这条新航路。
五月一日上午，洞庭湖上的瞭望员看到了台湾岛北部东端的鼻头角，从这里转向西面的基隆港，也就偏差了不到9海里而已。这一次的航行证明了，月距法定位还是可取的，只不过实际使用时还有些问题，当然在近海使用已经足够了。
五月一日下午，当舰队抵达基隆港时，张燮也收到了荷兰舰队已经从珠江口北上，连续攻击了南澳岛、厦门岛，现在又继续北上的消息。
五月三日，基隆再次收到了从福州发出的鸽书，荷兰舰队已经出现在了闽江口，正在试图进攻马尾港。张燮随即决定于第二日一早出发，横渡台湾海峡，直接前往福州外海。
四、五月份乃是台湾海峡最适合航行的季节，联合舰队只花了三日不到便抵达了福州外海。
五月六日上午10点左右，航行至东犬岛东南方的联合舰队便遇上了3艘在此拦截中国商船的荷兰快艇。这场突如其来的相遇，令双方都有些措手不及。
不过联合舰队第一分舰队的主力都在此，特别是洞庭湖号和钱塘江号的巨大身影，让三艘荷兰船只第一时间选择了逃亡，使得第一分舰队最终只留下了一艘荷兰快艇。
虽然初战获胜，但是张燮和他身边的海军军官们，脸上都没有什么喜悦的神情。因为这场遭遇战无疑是给荷兰人报了警，他们想要突然袭击荷兰舰队背后的计划显然是落空了。
张燮思考再三之后，决定还是放弃突袭的计划。他下令第一分舰队在东犬岛附近修整一个半小时，先享用了午餐和检查了帆具和大炮之后，才列队北上，预备正面迎战这只荷兰舰队。
张燮从缴获的俘虏口中得知，荷兰舰队北上过程中有三艘船因为索具丢失和触礁的问题，已经退回了南澳岛，加上被他们俘虏的这艘快艇，现在停泊在闽江口外的荷兰船只剩下了27艘。
也就是说，对方的舰队总吨位大约在一万两千吨，而第一分舰队的总吨位也超过了八千吨。虽然对方的数量比第一分舰队多了一倍以上，但是吨位比看起来却没这么可怕。
参考了今日的风向和荷兰舰队的船只组成之后，张燮制定了这场海战的作战计划。
第一分舰队摆出单列纵队，由白犬列岛向西北方的闽江口进攻，作出想要冲入闽江和马尾港守军汇合的姿态。则荷兰人必然会分兵从琅岐岛北航道进入闽江口拦截，然后在琅岐岛南航道对第一分舰队前后夹击。
荷兰人的小船更适宜于在狭小航道内转身机动，因此一定不会错过这样好的机会。
但是第一分舰队在靠近琅岐岛南航道时，转身向着东北方的妈祖列岛方向航行，以打乱荷兰人的作战部署。之后全舰队采取排队炮击的战术，不许降下速度同敌舰纠缠，以发挥第一分舰队在大炮火力上的优势。
当日下午二时左右，列阵于琅岐岛东海面的荷兰舰队，终于看到了久等不至的联合舰队的踪迹。接近中午时，普特曼斯接到了逃回船只的报信，他立刻召集了船只列阵，中断了船员们正在进行的午餐，便是担心联合舰队会随时突击过来。
但是没想到，这只联合舰队居然不趁机突袭过来，反倒是让荷兰人耽误了吃饭的时间。心存狐疑的普特曼斯自然也不敢南下主动求战，他正打算派遣两艘快艇前去侦查南方舰队的动向时，却终于发现了对方的踪迹。
看着对面的船只全速向闽江口前进的姿态，已经熟悉了闽江口水文资料和地形的普特曼斯，下意识的就想出了把对方拦截在闽江口南航道内消灭的战术。
正如张燮的设想，普特曼斯下令舰队后方最后的7艘船只绕道北航道去拦截对方的舰队进入闽江内河。而接下来他又将剩下的船只分成了两队，一队直接南下，准备截断第一分舰队的尾巴。而另一队则停在原地不动，等对方的首舰进入南航道之后，再上前堵住南航道的出口，把这只舰队围堵在南航道之内。
普特曼斯的算计完全落入了张燮的设想之内，虽然荷兰人的操船技术要远好于明军的船员，但是处于上风位置的第一分舰队，对上了停在原地且逆风的荷兰船只，无疑就是在打靶。
罗伯特.布莱克同明国海军参谋们研究出来的新式海战战法，第一次出场就赢得了一场大胜。被普特曼斯留在原地的十二艘船只，被明军击沉了3艘，重创了3艘，还有两艘船也受了轻伤。
向明军舰队尾部冲去的普特曼斯，好不容易让船只转过身来的，却刚好目送着向东北方扬长而去的明国舰队的尾巴。他思考再三终于还是决定先救助己方的船只，而不是追赶明军的舰队继续交战。而鉴于天色的关系，张燮也选择了舰队就此脱离战场，等待明日天明再战。
不过第二日海上无风，双方各自对峙未战。第三日下午倒是刮起了大风，但风浪过大，双方只能躲于港湾依旧没战。普特曼斯此时发觉舰队的食物所剩不多，眼下这个时刻又不能上岸劫掠，因此于当日下午风势变小时率领舰队南下，决定先返回南澳补充舰队物资再说。