吴协军被困南京城，郑芝龙想一石三鸟，既救人又趁机干掉史可法，拿下南京城。
然而，老算盘郑芝龙率部杀进南京城门后，却发现锦衣卫和朝廷援军早已布下天罗地网，等待他穿进去。
“不好！中计了！”郑芝龙大喝一声，正想调头回转出城，这时，城门上轰然倒塌一片，顿时把城门封堵住了。
原来是锦衣卫用火器轰掉了城门顶上的城防工事，
退路被封死，郑芝龙只得又转身面对史可法和黑煞。
“郑芝龙，郑家军招安后，朝廷一直待你不薄，你却为何如此野心自大，竟敢跟朝廷作对，再不悔改，今日便是你的死期！”史可法利于城门之上，挥刀怒指郑芝龙。
郑芝龙立于马上，眼观六路耳听八方，四周黑压压的朝廷军和黑洞洞的火器口将叛军围得水泄不通。郑芝龙有些不定了，起事以来，他从未遇上如此强悍的镇压，想来也不是什么好事，一路北上太顺，让手底下这些将士都以为江山唾手可得，大意了！
郑芝龙听得史可法这一怒喝，思量片刻，指手应道，“郑家军不是要与朝廷为敌，实则是因为朝廷中有些小人欺君罔上，迫害忠良，我等不愿看到大明朝再步煤山事件之后尘，这才挥师北伐，清君侧，救忠良！”从现场形势来看，叛军断然不会是朝廷军队的对手了，即便整个鱼死网破，郑家军也是讨不得任何便宜，弄不好，身家性命就赔在南京城了。故而郑芝龙又开始耍滑头了。
之前郑成功从川地返回台湾后，跟他说起了郑家军与锦衣卫的交情，尤其是与青龙相交，这是不小的关系，而眼前，最难对付的当然还是锦衣卫和他们手里的火器，能动摇他们其中一些人，或许还有回旋余地。
果然，听得郑芝龙这一解释，史可法和黑煞不由得相视一眼，郑芝龙所说的小人和忠臣他们都知道所指何人，可谓心知肚明，心照不宣。
“如此看来，这郑芝龙当真杀不得！”黑煞率先表态，毕竟郑芝龙拿朝廷和朱青说事了，而且，他儿子郑成功与朱青和黑煞都是一起战斗过的挚友，于公于私，郑芝龙都不应该被当场正法，而应该交由朝廷审判！
史可法听后，思量再三，微微点头，却道，“将军的意思我明白。不过郑芝龙起事闹得满朝风雨，不处理恐怕难平人心啊。弄不好，朝中有些人还会在此事上大做文章。即便如他自己说的‘清君侧’也难免令人猜疑，皇上更不会善罢甘休的。”
黑煞自然也明白史可法所说的道理，一支连占多省的部队，打着“清君侧”的旗号就想蒙混过关，显然是不可能的，但是要杀了郑芝龙，也并非易事，按现在的情况来看，剿灭叛军不是没有可能，只是，杀了郑芝龙之后，恐怕会更麻烦！
“不如这样，咱们先劝降郑芝龙，再将他押回京城交于皇上亲审，至于结果如何，就看他的造化了，这样一来，即便出了问题，皇上总是能压得住的！”黑煞建议道。
史可法加以考虑，点头应道，“好，就如将军所言，我去招降郑芝龙，你且派人将此消息传回京城，让他们帮忙定夺，若郑芝龙受降，且关押在南京监狱数日，等朝廷来了指示咱们再做下一步打算！如何？”
“好！就这么办！”黑煞随即应道，转身前去吩咐。
史可法和黑煞商定后，便走向城门，朝城下的郑芝龙叫唤道，“郑大帅既然说是误会，那么就请大帅下马受降，等解散了你这大军之后，虽我进京面圣，把事情说清楚了自然就好。否则，一律按叛乱论处！”
史可法是恩威并施，说得郑芝龙果真有些动摇了，他知道史可法想来说一不二，既然是受降，断然不会为难自己和自己这几万郑家军。
正在郑芝龙犹豫之时，一旁的吴协军却不乐意了，他过来就是为了怂恿郑芝龙起事的，若是现在到此为止，那显然还达不到吴三桂的目的，他吴协军的任务自然也就没完成，无法交差。
“大帅！史可法诡计多端，这空城计就摆在眼前啊，大帅万不可轻信了他们而坏了咱们的千秋大业啊！”吴协军果然可是挑拨了。
然郑芝龙对眼前的局势非常明白，打下去，对郑家军只有死路一条，投降认罪，或许还能被遣返回台湾老家。
“罢了，朝廷没你我想象的那般不堪一击，你们看，青龙虽然身陷牢狱，可是锦衣卫的攻防系统尚未打乱，显然，青龙还能控制外面的一切！加上朝廷派来这么多的援军，可见崇祯对镇压咱们的事情非常坚决，如若再执迷不悟，别说渡江北上，恐怕今日就要葬身南京城了！”郑芝龙突然示弱，并非没有原因，郑家军擅长海战，但是连日的海战并未能攻克南京城，现在反而招来了锦衣卫和朝廷大军，郑家军显然已经失去了自己的优势，若是做困兽之斗，虽然双方必有互损，可是，台湾兵力怎能比得上中原大陆？耗是耗不过的，弄不好自己那点家底都没了，到头来被朝廷赶回去不说，恐怕回家也没力气对付洋毛子荷兰人了。那才是无家可归！
吴协军听后，心中自然不快，他强忍着怒气沉沉问道，“如此说来，大帅心意已决咯？”
沉默片刻，郑芝龙点了点头，“哎，还是算了吧，日后再说……”
一个日后再说，显然把反叛之事变得越发渺茫，吴协军听后，便知道要怎么做了，他仍是忍着内心的想法对郑芝龙皮笑肉不笑道，“既然大帅心意已决，末将也无话可说。来人啊，快去准备，大帅要跟朝廷议和了！”吴协军说着，便令了身边两名侍卫道，但是他说这句话的时候却突然对两名侍卫眨了眨眼，原来这两名侍卫是吴协军手下最得力的弓箭手！
郑芝龙见吴协军已经被打得只剩不到五百人，心想他再心中不服也翻不起多大的浪了，便仰头朝史可法抱拳应道，“好！史将军智勇双全我郑芝龙自愧不如，今日败你手上，愿意为身后这数万将士性命接受朝廷劝降！”
史可法听后自然心中喜悦，能不战而屈人之兵，实乃上策！于是，他决定亲自下城接受郑芝龙投降！
然而，所有人都始料未及，史可法刚走向郑芝龙，还不到百步，突然从郑家军里射出两只羽箭，直朝史可法身上刺去。
“将军小心！”只听得一声大喝，史可法挥刀便将其中一只羽箭斩落，可是还没等他再回手，第二只羽箭便朝他胸口刺去。
“啊！”史可法一声惨叫，胸口已然中了一箭！
“保护将军！”
“叛军使诈，给我上！”
……
顿时，朝廷军大乱，黑煞还没走出后方，便听得城下动静，迅速抽身返回，看见史可法中箭倒地，便抽刀从城门上一跃而下，杀到史可法身边将其护下！
“大人！你怎么样？”黑煞愤愤道，他觉得史可法受伤跟自己脱不了干系，又觉得郑芝龙不讲规矩，他最恨不讲规矩之人！
“……将……将军小心，郑芝龙……使诈！”史可艰难的劝说黑煞。
正在这时，就连郑芝龙都还没反应过来是怎么一回事，他身边的吴协军便突然挥刀大喝一声，“史可法死了，他们群龙无首了，给我杀！”说着，便挥刀领着吴家军杀了过来。
朝廷军本就按捺不住要替史可法算账，没想到，叛军居然还敢先动手，这会儿还没等黑煞和史可法下令，朝廷军便也挥刀而起，迎了上去，也不管对方是郑家军还是吴家军，碰上便打，遇上就砍，双方兵士不宣而战，又一次混战一片……
黑煞安排人将史可法抬下去抢救后，便怒视前方，他在乱军之中看见郑芝龙拔刀应战，不知是被迫防身，还以为是郑芝龙真的使诈，越想越气，挥刀便朝郑芝龙一路杀了过去……
双方激战了好几个时辰，两败俱伤，然而，基于装备和作战能力的差别，叛军的伤亡远远高于朝廷军队。
史可法被抬回城中抢救，总算保住了一条命，待他再次醒来的时候，城门的大战还在持续着，他撑着身子要站起来出门观战，不料碰到了身边的盘子，那盘子里的羽箭便是刚从他身上爬出来的，他拿过一看，顿时一惊，“这……这不是郑家军的箭，这是吴三桂的箭！”这般发觉后，他强忍着疼痛奔上城门，朝城下吃力大喝一声，“将军住手，咱们中了吴家军的离间之计了！”
这一声叫喊，顿时扼住了持续了几个时辰的激战。
黑煞回头一看，史可法手里攥着一支羽箭，高高举起，“将军，大帅，这不是郑家军的射出的箭，这是吴三桂手下的人射的箭啊！”
吴协军一听，知道自己的阴谋被史可法发觉，正要趁乱逃跑，不料黑煞反应迅速，几个箭步，刷刷两下便杀到了吴协军的身边。
“逆贼，哪里跑？！”黑煞挥出一刀，正好抵住吴协军的咽喉。
郑芝龙见状，终于松了口气，这下总算能说清楚了，可是，看着已然倒下一大片的郑家军，郑芝龙一脸的沮丧，已然无心应战，身边的将士见状，也纷纷停了下来。
“抓起来！”黑煞一声令下，锦衣卫便将郑芝龙和吴协军等人抓了起来。南京城之战才终于消停。
“噗……”史可法因为急于运动，突然喷出一口血，又一次倒在城门之上，黑煞见状，对身边的锦衣卫喝令一声，“将他们押入大牢！”之后，便迅速飞身返回城内，探看史可法。