司马睿活着的时候，让人觉得他蛮傻的、蛮弱的，但是其实他也是很有心机的一个人，因为他可以在自己快死之际，用一件事就离间了王敦和王导的关系。
他的反间计不算复杂，就是他在临死的时候，在王敦的面前任命王导为辅政大臣。本来先帝在临死前任命大臣辅佐新上任的皇帝是很正常的，是不会达到反间的作用。可是司马睿就很好的运用了当时他所处环境的特殊性，使这次任命变成了反间。
司马睿死的时候，继位的司马绍已经有二十多岁了，这是个具有完全行为能力的年龄，是能够判断是非，能够做决定的年纪，所以在旁人的眼中，这时提拔一位辅政大臣，必定有什么特别的原因。尤其是王敦，他会认为王导已经背叛了自己，与司马睿交好，或者就是因为其他的原因，王导已经不是自己的人了。
还有一点就是，司马睿将在朝中地位同样很高的王敦放在一旁，只任命了王导，这使王敦觉得很不爽，甚至会觉得自己在群臣那里丢了面子，这就使王氏两兄弟的关系又有了一层隔阂，于是王敦就将王导的一些职位给革除了。
而且在王导与王敦关系决裂后，王敦开始面临了来自其他兄弟的叛变，事事都开始变得不顺，最后他就病死了。
中国古代大多数皇帝到了晚年，会因为老了而变得昏庸，于是开始贪图享受，沉迷于美色、酒色之中，虽然留下骂名，但晚年也是蛮不错的。可是司马睿的晚年确是不幸的，过得像囚徒一般。
司马睿的父亲是琅邪王，他是出生在王室之家，本来手中就没有什么权力可言。后来成为了东晋的开国皇帝，主要还是因为有王导和王敦在各方面的支持，其实这正是他晚年过得像囚徒的铺垫。
刚刚建立东晋时，那些不服司马睿成为皇帝的人，司马睿都是派王敦去征服的，王敦本来就是个有野心的人，所以他一边奉司马睿的旨，平复那些叛乱，一边发展自己的势力，自己任命官员，而且官员都是他的亲信，这就使司马睿在外面的势力大大缩减，甚至是没有。
尤其是在司马睿的晚年时期，王敦将那些身居要职的官员都换成他自己的同姓族人，将荆州、江州、徐州等地的刺史都换成了姓王的人。本来司马睿就因为自己的王位是王敦和王导扶持上来的，而将王导和王敦的官位提得很高，王导官位是尚书，是宫中行政方面的重要人物，再被王敦这么一安排，整个天下几乎都被王家给占据了。
而作为真正的君主的司马睿，却是被像囚犯一样地被囚禁在了宫中，外面的重要消息他都是王姓一族转述给他的，而关于决策，大多数大臣也会听王导一说，所以他的晚年就是被囚禁在位的囚犯。
司马睿是东晋的国君，关于他的父亲各有各的说法。有人说他不应该姓司马，而应该姓牛，那么他到底是谁的儿子呢？
司马睿，姓司马，名是单字一个睿，字景文，他是琅邪王司马觐与妻子夏侯氏的儿子，认为他是司马觐的儿子，毕竟他一直都是以司马作为自己的姓氏，而且他所建立的东晋姓的也是司马。
但也有人说，司马睿是夏侯氏与牛金偷情生下的，也就是说，司马睿是牛金的儿子。其实在实行一夫多妻制的中国古代，这还是有可能的，因为有可能夏侯氏当时并不受司马觐的宠爱，而人又都是有想要的时候，为了满足自己的那份的想要，她一不小心就犯了错。
不过也有人说，当时牛金已经可以算老人了，就算与夏侯氏偷了情，他的生育能力应该也退化了，不会让夏侯氏怀孕。
另外还有一种说法认为，司马睿是夏侯氏与一个姓牛名钦的下人偷情生的孩子。这种说法与当时牛继马后的预言有关，当时牛金因为这一说法，被皇帝防备认为他们牛氏会取代司马氏的帝位，所以就将牛金给处死了，但是夏侯氏却与姓牛的下人生下了司马睿。而司马睿后来成为了东晋的皇帝，虽然姓的是司马，但毕竟是牛姓的骨肉，所以那个预言还是实现了。
东晋统治阶级主要由世族掌权，由于军权外重内轻，不少方镇心怀野心，造成了王敦之乱、苏峻、祖约之乱及桓温专政。此时虽然陆续有北伐以收复失土，但因为内部矛盾而始终未能重建巩固的全国统一政权。
前秦出动举国之师，意图灭亡东晋。面对亡国之祸，东晋君臣一心，这是成立以来最团结的一次。淝水决战后前秦崩解，谢安、谢玄等人成功的收复大批失土。
然而后期又发生朋党相争及桓玄篡位，由于平民负担沉重，又发生孙恩、卢循之乱。谯纵占据蜀地自立，最后刘裕崛起，平定了诸乱，并夺得皇位，进入了南北朝时期。
东晋初期，王导等人采取镇之以静的策略，以稳定局势。东晋的庄园经济的程度比西晋更重，由于农业技术的提升，在侨姓世族与吴姓世族密集的开发之下，江南获得全面开发而繁荣兴盛，中国的经济中心也逐渐往南移，使得后来有大运河的出现，在手工业和商业方面也有长足的进步。
因为北方的外患威胁仍然存在，东晋朝廷赖世族及方镇的支持以稳定局势，这使得不少士族掌握强大的武装形成了割据。王敦素来桀傲，他有意控制朝廷，晋元帝为了抑制王氏的权势，以刘隗、刁协、戴渊等人牵制，并防御王敦，削弱他的兵权。
王敦利用祖逖的去世与京城防御的不足，发兵攻陷建康，刁协等人被杀，晋元帝忧愤而死，太子司马绍继位，是为晋明帝。当时王敦想要专权，移镇姑孰而后病危，晋明帝下令讨伐，平乱成功，由于王导并未附逆，所以王氏仍受晋室所重用。
晋明帝才几岁的时候，有一次他坐在元帝的膝上。当时有人从长安来，元帝问起洛阳的情况，不觉得伤心流泪。明帝问父亲什么事引得他哭泣，元帝就把朝廷东渡的事情告诉他。
于是就问明帝：“你看长安和太阳相比，哪一个远？”
明帝回答说：“太阳远，没听说过有人从太阳那边来，显然可知。”
元帝对他的回答感到惊奇，第二天召集群臣宴饮，就把明帝这个意思告诉大家，并且再重问他一遍，不料明帝却回答说：“太阳近。”
元帝感到惊愕失色，问他：“你为什么和昨天说的不一样呢？”
明帝回答说：“现在抬起头就能看见太阳，可是看不见长安。”
西晋灭亡于胡人的南侵，西晋的王族东
渡，定都于建康，国家倾废，生灵涂炭。有人从长安来，刚从北方敌占区过来的人，元帝问了洛阳的消息，听说洛阳被胡人蹂躏的事情，所以潸然流涕。
明帝的回答可真的是聪明得难以置信，明帝对于长安远还是太阳远这一个问题作出的两种不同回答，也不是单纯地玩弄辞令，而是各有其针对性。
晋室东渡到建康，是因为外族侵略者占领了中原地区。对于历尽辛苦才到达建康的长安来人，明帝言语中不能不有所照顾，所以才有“太阳远，没有听说人从太阳来，只有听说人从长安来”的回答。
而次日集群臣宴会，明帝突然改口说太阳近，则含有激励群臣的意思。“举头就可以看见太阳，而看不见长安”是因为长安已沦入敌手的缘故。语言简约隽永著称于世，简约隽永意味着用简要的语言表达丰富深刻的内涵。
晋明帝司马绍，字道畿，东晋的第二代皇帝，晋元帝之子，母亲为代郡出身。司马绍不但工于书法、礼贤下士而且孝顺，并也相当的勇猛，王敦以鲜卑儿称呼他。王敦一度想要要求晋元帝废除太子，但是因为大臣反对而作罢。司马绍在晋元帝司马睿死后即位，大赦天下。
司马绍曾经微服乘马密探王敦的营垒，平定王敦的叛乱后，停止对于王敦党羽的追究，为安定皇帝的权威全力重用王导，并且与世族保持和谐的态度，成功对王敦之乱作出善后。
司马绍有宠妃宋袆，宋袆国色天香，善于吹笛，是石崇之妾绿珠的女弟子，不久司马绍病重，群臣进谏，请出了宋袆，最后宋袆被送给吏部尚书阮遥。司马绍病死，年仅二十七岁，葬于武平陵。