晋明帝去世后，太子司马衍继立，是为晋成帝，由王导及外戚庾亮辅政。当时军事重镇分别由陶侃镇守荆襄地区以及由苏峻及祖约等镇守淮南地区。陶侃怀疑因为庾亮的干预，使得未能辅政而感到不满，庾亮为了提防陶侃，任温峤镇守武昌。
由于苏峻及祖约对庾亮巩固中央的政策感到不满，起兵反叛。次年苏祖联军攻陷京师，胁持晋成帝，庾亮逃到寻阳。此时陶侃观望，经温峤力劝之下决定讨伐苏峻，苏峻迎战阵亡，陶温联军收复了京师，平乱成功。
事后庾亮请罪，外调镇守芜湖，朝廷由王导执政。陶侃去世后，庾亮代之，仍然遥控朝廷，与王导交恶。王导与庾亮先后去世，由庾翼执政，掌握荆州军权。
在东晋成立后，南迁的晋人莫不希望发动北伐，收复在北方沦陷的家园。但是由于世族已经安居江南，南方丰富的资产使得重返北方的意愿不高。但东晋建立后，依然进行了多次的北伐。
东晋初期，朝廷采取以攻为守态度抵御北方。祖逖意图北伐，晋元帝给予充分的支持，不仅从库存数千匹布帛中取出三千匹支援，晋元帝命祖逖收复中原。他招募流民建立军队北上，晋元帝还先后派自己的次子和司马扬出兵配合祖逖，并与当地坞堡合作，最后成功收复黄河以南领土，与石勒隔河相持。
祖逖是一个胸怀坦荡、具有远大抱负的人，可是他小时候却是个不爱读书的淘气孩子。进入青年时代，他意识到自己知识的贫乏，深感不读书无以报效国家，于是就发奋读起书来。
他广泛阅读书籍，认真学习历史，从中汲取了丰富的知识，学问大有长进。他曾几次进出京都洛阳，接触过他的人都说，祖逖是个能辅佐帝王治理国家的人才。祖逖二十四岁的时候，曾经有人推荐他去做官，他没有答应，仍然不懈地努力读书。
后来祖逖和幼时的好友刘琨一志担任司州主簿，他与刘琨感情深厚，不仅常常同床而卧，同被而眠，而且还有着共同的远大理想，建功立业，复兴晋国，成为国家的栋梁之才。
有一次，半夜里祖逖在睡梦中听到公鸡的鸣叫声，他一脚把刘琨踢醒，对他说：“你听见鸡叫了吗？”
刘琨说：“半夜听见鸡叫不吉利。”
祖逖说：“我偏不这样想，我们干脆以后听见鸡叫就起床练剑如何？”刘琨欣然同意。
于是他们每天鸡叫后就起床练剑，剑光飞舞，剑声铿锵，春去冬来，寒来暑往，从不间断。功夫不负有心人，经过长期的刻苦学习和训练，他们终于成为能文能武的全才，既能写得一手好文章，又能带兵打胜仗。祖逖被封为镇西将军，实现了他报效国家的愿望；刘琨做了征北中郎将，兼管并、冀、幽三州的军事，也充分发挥了他的文才武略。
由于东晋发生内乱，朝廷派戴渊为征西将军，都督各军镇守寿阳，镇西将军祖逖不愿隶属其下，修武牢沿黄河防御，又得知朝廷内部王敦和刘隗矛盾重重，忧愤而死。
王敦因为祖逖去世而不必顾虑于是叛变，祖逖军由他的弟弟祖约率领，最后也随着苏峻叛变。由于晋朝内部矛盾，失地得而复失，晋成帝时则由庾亮、庾翼兄弟主持北伐，他们以荆州为中心，意图发动北伐。但是因为被抵制，所以没有实现统一。庾氏兄弟相继去世后，朝廷先后由褚裒、殷浩、谢尚、桓温、司马勋等多次北伐。
桓温讨伐河南姚襄，击溃并攻占洛阳，修谒皇陵。桓温不顾朝廷要求他驻守经营洛阳，仅留毛穆之三千人守洛阳，自行南撤。等到晋哀帝及晋废帝相继为帝之后，桓温已经控制兵权。
当时北方呈现前秦、前燕代凉割据的局势，洛阳为前燕占领。桓温为了准备专权，讨伐前燕。当时燕军大败，晋军进驻枋头与燕将慕容垂对峙。最后晋军缺粮而退，慕容垂率军追杀，晋军大败。
桓温废晋帝司马奕为东海王，改立司马昱为简文帝。来年简文帝去世，晋孝武帝继位，桓温要求九锡，大臣谢安、王坦之拖延该事，不久桓温病死，东晋暂时中止了北伐。
做为皇帝的女婿，公主的老公，这样的骄人地位，足以让东晋朝的每一个人艳羡不已，但桓温的成功，靠的绝不仅仅是这个。皇帝女儿多，女婿也多，能成器的却并不多。
如果皇帝以常人遇之，常婿畜之，最多也就是皇宫内多豢养了一个庸才。给个官职，铁饭碗，吃穿不愁，落上一肚子好下水，但不会有什么作为。桓温靠的可是真功夫、真本事，他灭成汉、三次北伐中原，这些都是响当当的大事。桓温有着骄人的政绩，有着征战疆场的威风。可以说，桓温最后一手遮天的显赫的地位，是与他的赫赫战功成正比的。
桓温能成为晋明帝的女婿，其实也不是偶然的，毕竟不是谁都可以当皇帝的女婿不是？没点过人的本事，皇帝能瞧得上？而且当时的桓氏家族，地位并不像后来那么显赫。
桓温的父亲桓彝，当时不过是个小小的宣城太守，实在是太普通了。桓温之所以能够脱颖而出，相貌堂堂是其中一方面，他姿貌甚伟、眼如紫石棱，须作猥毛磔，他是个招女人喜欢的纯爷们类型。
皇帝的女儿不愁嫁，找个帅哥还不容易？更为重要的是，桓温自小有奇骨，左长史温峤称他为真英物，断定他将来是个人才。后来一度为相的刘惔也曾经赞叹桓温，说孙权和司马懿跟他比，都要略逊一筹。
桓温威振内外，简文帝害怕被桓温给废了。篡位是自己当皇上，桓温有野心，有专权之意，但和篡逆还离得很远。简文帝本来就是桓温废掉司马奕后立的傀儡，即便废了他，桓温也不一定会自己当皇帝。
直接在公开场合说桓温想谋反的，是权臣司马道子，不过他也是在桓温死后说的。一次宴席上，司马道子酒酣耳热之际，当着众人的面，对桓温的儿子桓玄说：“你爹死前想作乱犯上，是这么回事吗？”
这不过是一句醉话，并没有什么实际根据。长史谢重就反驳司马道子，说：“对那些猜疑的言论，你应该有所辨别。”
司马道子连说：“知道你还乱说，不知是何居心。”
而司马道子说桓温要作乱，他也没好到哪去。孝武帝司马曜在位时，司马道子与他酣歌为务，并窃弄其权。把人家司马曜架空了，自己专擅朝政，干的也是桓温曾经干过的事，他怎么不说自己有谋篡之意呢？
况且他官以
贿迁，政刑谬乱，搞得朝廷乌烟瘴气，政绩比桓温差远了。说桓温有篡位之心，还有一个客观上的事实，就是后来桓玄的谋反。然而儿子反叛，不能算在当爹的头上，况且那时桓温已经死了三十年了。
桓温在路过王敦的坟前时，说：“可人，可人。”
也被当做有篡逆之心的证据，因为王敦曾经作乱，桓温夸王敦，那么桓温自己一定是想效法王敦，这不过是妄加揣测而已。事实上桓温心里并瞧不起王敦。桓温有自己的偶像，就是当年的名将刘琨，和祖逖一起闻鸡起舞的那位，后来做到并州刺史，在北方对抗匈奴刘渊。
但有人偏偏将桓温比作王敦，他是琅琊王氏中的佼佼者，大司马王导的从兄，晋封汉安侯，掌管长江中上游的全部兵马，当时权倾朝野，无人能出其左右。然而桓温对这种模拟却心里并不高兴，因为他欣赏的是刘琨那样的真英雄。
桓温北伐时，遇到一个曾跟随过刘琨的歌伎，对桓温说：“你长得像我们那刘琨老爷。”
桓温听后很是受用很舒坦，于是进屋好好地收拾了收拾，拢拢头发擦擦鞋子乔一乔衣服的，回头再让那歌伎看，准备等着好一顿的夸奖。不料到那歌伎却说：“面貌像，但薄一些；眼睛像，但小了一些；胡须像，但红了一些；形体像，但矮了一些；声音像，但像女人。合起来哪里长的都不像。”桓温一下子很受刺激，帽子一甩衣服一扔，昏然而睡，闷闷不乐了好几天。
桓温自己说过的一句后世传为经典的话：“既不能流芳百世，不如遗臭万年。”
这只不过是桓温人生的一种规划，虽然说话说得有些偏激，表现的大起大落，那也只不过是太想出人头地的一种锋芒毕露。与曹操的宁我负天下人，不教天下人负我相比差远了。如果能流芳百世，桓温绝不会选择遗臭万年。
那种豪气干云的血性，其实桓温是一个性情中人，他豪爽有风概，感性多于理性。桓温自小便血气方刚，是个有仇必报的人。苏俊作乱时，桓温的父亲桓彝被叛军杀害，桓温枕戈泣血，志在复仇，最后终于手刃仇人之子，那时他刚刚满十八岁。
桓温是个很重感情的人，而且非常懂孝道。桓温母亲病死，他请求辞职给母亲送葬，是个典型的孝子。他申请辞职，说明桓温对权力并不是很强求。桓温第一次北伐，走到自己做狼牙太守时的故地，看到以前种的柳树皆已十围，不禁感慨顿生说道：“木犹如此，人何以堪。”于是折下树枝把玩，泫然流涕，他的性情可见一斑。
桓温后来把持朝政，而且行兴废之事，人们敢怒不敢言、意见很大，这是事实。但当时朝廷是怎么对待桓温的呢？桓温屡次上书北伐，都未获批准，其实朝廷是怕桓温功高盖主，不好驾驭，所以先派了个殷浩代替他北伐。可巧，殷浩又是个不中用的人，经涉数年，屡战屡败。仗没打赢，战争的消耗靡费却很多，很伤东晋士气，朝中上下也因此对殷浩很是不满。桓温于是趁机参了殷浩一本，朝廷这才不得不派桓温挂帅出征。自此桓温才大权在握，开始了他的三次北伐之旅。
桓温收复河南后，曾上表要求朝廷移都洛阳，结果人家根本不听。作为一名武将，桓温有着光复中原的雄心壮志，怎奈报国无门，总是遭到百般阻挠，行兴废之事也就在情理之中了，谁不想找个听话点的傀儡啊？