团藏威胁，如果不继续为根效力，去别的国家充当卧底，那么将不再给孤儿院提供资金，野乃宇无可奈何，只能继续替根效力（兜在同一时期也加入了根），但之后由于团藏不再信任他们，便安排野乃宇和兜自相残杀，由于团藏在中途更换了兜的照片，导致只能靠照片来了解兜的成长的野乃宇认不清杀害自己的人是兜，并在临死前连续两次对兜说出“你是谁”，这也是兜陷入黑暗的重要原因之一。
而最让兜深受打击的事情就是，这个自己最珍视的人，自己无时无刻都在思念的人，竟然对自己丝毫没有了印象。
起初兜还以为是自己打掉了野乃宇的眼镜，她看不清自己，所以认不出来。但是当兜把自己的眼镜给她戴上时，野乃宇还是说了同样的话。 一句“你是谁”，深深刺痛了兜幼小的心灵。
这里兜在动作上有一个变化，起初他是竭尽所能想要替野乃宇治疗的，可是当野乃宇这一句你是谁问出口时，兜不由自主的停止了治疗。
后来事情的缘由被大蛇丸揭露了，野乃宇和兜均是强大的谍报忍者，身上掌握了诸多情报，木叶或者说团藏为了铲除他们，便对野乃宇进行了幻术迷惑，致使她认不出兜，以达到让他们自相残杀的目的，但野乃宇应该还是很关心兜的，从随身携带着药师兜的照片这一点可以看出来。
所以药师野乃宇又重新成为了药师兜心目当中唯一的牵绊和唯一的光源。
兜之所以肆无忌惮，伙同宇智波带土发动第四次世界大战，没有丝毫顾忌地从净土到处召唤强者灵魂降临世间，以疯狂的灭世举动来验证这个世界的真理，来寻找自己存在的意义，其根本原因，就是因为失去了这个世界上他唯一在乎的人。 原本大蛇丸让他不再茫然，一心跟着大蛇丸研究禁术，按照大蛇丸的命令做任何事情，看看未来会是什么样子的。
可是大蛇丸却在拿佐助的身体当容器，进行不尸转生的时候，反而被佐助给吞噬了。
所以药师兜又重新变得茫然了。
他现在有两个目标：
第一，杀死宇智波佐助，为大蛇丸报仇。 第二，沿着大蛇丸的道路走下去，把人体禁术开发到极限，比如细胞融合和，成就最完美生命体；比如秽土转生，要成就最完美的秽土转生，然后把这一份完美的力量展现在忍界，让所有人都感受到秽土转生的伟大力量，这是药师兜所认定的，能够证明自己存在意义的方法。
“我会想办法，与木叶的团藏见一面。”
人道佩恩目光炯炯道：
“当年的药师野乃宇的尸体，是他的根部处理的，他们应该会有记录。”
“如果已经焚烧或酸毁腐化掉，那就没有办法了，但如果是埋在了某个地方，即便是这么多年过去，腐化得只剩下了骨头，也可以从中提取dn……兜，剩下的，就不用我多说了吧！” 药师兜已经控制不住浑身颤抖了起来，他的嘴唇哆嗦着，阴森的蛇瞳当中，竟然闪出了泪光，好半天，他的情绪才平复下来，他的双手摁在一张桌子上，转头看着人道佩恩，一字一句道：
“十天时间，我让你的本体彻底成功融合柱间细胞。”
“如果选择相信我，现在开始，让你的本体过来，马上开始人体植入试验，这个实验室由我全权接手。”
“不行！”小南当即拒绝，神色严厉道：
“你的忠诚度，尚未得到考验，你竟然想直接在长门身上进行试验，这简直是……” “我答应你。”人道佩恩声音坚定道。
“长门！”
“小南，我知道自己在做什么。”
人道佩恩的轮回眼，幽幽发亮：
“事到如今，我也没有必要瞒着诸位了，我的本体，已经进入了死亡的倒计时，我清楚地知晓自己时日无多了。”
“小南，我们必须相信兜的实力，如果兜给的这个机会我们不抓住的话，我将没有任何机会，获得新生了。”
小南的泪水划落了，她深吸了一口气，注视着药师兜道：
“我会始终盯着你，如果你有任何不规矩的行为，我不会让你活着走出这个实验室的。”
兜翘了翘嘴角，不置可否。
妙木山。
坐在一片巨大的绿叶子上，漩涡鸣人进入了入定状态。
距离漩涡鸣人所在的位置，足有五十米垂直高度的绿叶子底下，志麻仙人和蛤蟆吉正在朝这上面张望。
蛤蟆吉忍不住问道：
“奶奶啊！这都半天了，鸣人他还是一动不动，真的没问题么？”
志麻仙人神色沉稳道：
“鸣人他一定会成功的！他是小自来也认定的预言之子，我会像孩子他爸一样相信他！”
“与其怀疑鸣人是否会冲击成功，倒不如担心，他用逆莲之术冲破封印之后，意识被侵蚀的阶段，九尾应该如何应付吧！”
志麻仙人话音刚落，一股子恐怖而邪恶的查克拉自漩涡鸣人体内轰然爆发开来。
一朵黑色的莲花，如同巨大的幻影，在漩涡鸣人脚下生成，一同生成的，还有漩涡鸣人背后那巨大的妖狐尾巴。
“冲击成功了！”
志麻仙人低喝一声：
“九尾妖狐的查克拉进入快速释放状态，漩涡鸣人背后的尾巴数量，是会不断增长的。”
“那我们应该怎么办啊！？”蛤蟆吉吓得大叫了起来：
“他要承受不住九尾妖狐那邪恶意志的侵袭怎么办？九尾妖狐一旦完全释放出来，对我们妙木山来说，简直就是巨大的灾难啊！”
志麻仙人那紧张的目光中，透着坚定之色：
“现在，我们只能寄希望于鸣人的父亲了。”
“什么？”蛤蟆吉不明所以。
“那个设定好的封印程式，希望如同我推测的那般，是四代火影波风水门的力量，是他与漩涡鸣人相见的契机。”
“嗷嗷嗷嗷——”
凄厉而刺耳的妖狐嘶吼声震彻这一方空间，大量的战斗蛤蟆，在蛤蟆文太的带领下，操着各种武器，急匆匆赶了过来。