《素问注》、王九达《内经合类》所称“五内阴阳之谓内“，也不是张介宾《类经》所说“内者，生命之道“，而仅仅是与“外“相对为言。这和“韩诗内传“、“韩诗外传“，“春秋内传“、“春秋外传“，《庄子》的《内篇》、《外篇》，《韩非子》的《内储》、《外储》之意相同，只是《黄帝外经》及扁鹊、白氏诸经均已散佚不传。
折叠成书时代
《黄帝内经》又称《内经》，是中国最早的典籍之一，也是中国传统医学四大经典之首。相传为黄帝所作，因以为名。但后世较为公认此书最终成型于西汉，作者亦非一人，而是由中国历代黄老医家传承增补发展创作而来。正如《淮南子·修务训》所指出的那样，冠以“黄帝“之名，意在溯源崇本，藉以说明中国医药文化发祥之早。实非一时之言，亦非一人之手。
《黄帝内经》成书时代，古人主要有三种观点:
先秦时期
持这种观点的人有晋代的皇甫谧，宋代的林亿、高保衡等。他们认为像黄帝内经这样科学巨著，非通晓智慧的圣贤大智不能为之，所以必定是黄帝所作。
战国时期
持这种观点的人有宋代的邵雍、程颢、司马光、朱熹，明代的桑悦、方以智、方孝孺，清代的魏荔彤等。其主要理由是:首先，将《黄帝内经·素问》与同样是战国时代的《周礼》相比较，有许多相同之处，足以充分证明两书是同一时代、同一思想体系的作品;其次，《史记·扁鹊传》中有关医理的内容，与《黄帝内经·素问》的内容相类似，但却朴素、原始得多，而《史记·仓公列传》中有关医理的内容却比《黄帝内经·素问》有所进步，由此推断:《黄帝内经》应当是扁鹊时代以后、仓公时代之前的作品，也就是战国时代的作品。最后，以《黄帝内经》的文体为例，也可以说明这一点:先秦之文，多作韵语，而《素问》中韵语的文字特别多。
清代《四库全书简明目录》进一步肯定了这一说法，因为《四库全书》在中国古代学术界有相当高的地位，这种说法也就被许多人所接受。
西汉时期
明代郎瑛从夏禹时仪狄造酒的传说和“罗“出现于汉代等证据推断《素问》产生于西汉时期。
现代中医学专家刘长林、吴文鼎等人也持这种意见。其主要理由是:其一，《黄帝内经》全书约计20万字，这在2000多年前可以说是一部巨著。编著这样的医籍需要有一个安定的社会环境，需要花费巨大的人力、物力，这在战事连年、七雄割据的战国时代是不可能办到的。只有在西汉时期，随着政治的稳定，经济的发展，才为医学家编著医籍提供了现实的条件;其二，西汉初淮南王刘安的《淮南子·修务训》曰:“世俗人多尊古而贱今，故为道者必记之神农、黄帝而后能入说。“《黄帝内经》在书名和思想内容上与“黄老学派“的密切联系，也为只有在西汉“黄老学派“鼎盛时期才能成书提供了佐证;其三，西汉司马迁在《史记·仓公列传》中，记述了西汉初年名医淳于意在接受老师公乘阳庆传授给他的十种医书中，竟没有《黄帝内经》，这也足以说明《黄帝内经》不可能成书于西汉之前。
以上观点可以看出，古人认为《黄帝内经》成书为战国时期较为可信。但也不能认为《素问》、《灵枢》所有篇章尽出战国。元末明初医学家吕复对此发表过中肯的见解，认为内经非一时之言，亦非一人之手。姚际恒《古今伪书考》、周木《素问纠略序》、程敏政《新安文献集·运气说》、黄省曾《五岳山人集·内经注辨序》等人也赞同吕复。
比较科学的观点是，《黄帝内经》并不是由一个作者完成于一个短时间内，是多个作者跨越了一个较长的时间段集结而成:
一、先秦文体多韵语，而《黄帝内经》中一些篇章亦有不少韵语，这些章节可能是先秦时期的作品。
二、与1973年长沙马王堆的帛书《足臂十一脉灸经》、1972年甘肃武威汉墓出土的压药简牍、1977年安徽阜阳双古堆西汉汝阴侯墓出土的“六王斌盘“和“太乙九宫占盘“相比较，可知《灵枢》中有些篇章成书于春秋战国时，有些成书于西汉更早。
三、《黄帝内经》中引用的一些文献，如《上下经》、《睽度》等是战国甚至更早的著作。
四、《素问·宝命全形论》中用的“黔首“一词，是战国及秦代对国民的称呼，而《素问·灵兰秘典论》中的“相傅之官“和“州都之官“则是曹魏时期出现的官名。
五、《灵枢》中个别篇章晚出，如《阴阳系日月篇》有“寅者，正月之生阳也“句，故可断定成于汉武帝太初元年(前100)颁布太初历之后。
六、《素问》中一些篇章用干支纪年，而采用干支纪年是东汉之事。《素问》第七卷亡佚已久，唐王冰据其先师张公秘本补入《天元纪大论》、《五运行大论》、《六微旨大论》、《气交变大论》、《五常政大论》、《六元正纪大论》和《至真要大论》，实际上是另一部医书《阴阳大论》。以其用甲子纪年，便可断定必在东汉汉章帝元和二年(085)颁布四分历之后;以其曾被张仲景撰写《伤寒杂病论》时所引用，因此一定在张仲景之先。
七、《素问》中第七十二篇《刺法论》和第七十三篇《本病论》，在王冰次注《素问》时已是有目无文，宋刘温舒著《素问入式运气论奥》时却将该二篇作为《素问遗篇》陈列于后。可以认为这两篇系唐宋间的伪作。
综合论之，《黄帝内经》成书亦非一时，作者亦非一人。其笔之于书，应在战国，其个别篇章成于两汉。至于王冰之所补与刘温舒之所附不应视为《黄帝内经》文，但依惯例认为属于内经亦无不可。
折叠传本演变
一、《素问》
《素问》之名最早见于东汉张仲景《伤寒杂病论·自序》:“撰用《素问》、《九卷》、《八十一难》、《阴阳大论》、《胎胪》、《药录》。“
林亿、高保衡等人的“新校正“说:人是具备气形质的生命体，难免会有小大不同的疾病发生，故以问答形式予以阐明，这就是《素问》本义。隋代杨上善整理《内经》，迳称为《黄帝内经太素》是颇有见地的。
《素问》自战国时代成书到齐梁间全元起作《素问训解》时，一直保持九卷的旧制，只是到全元起注《素问》时，《素问》的第七卷已经亡佚了。王冰认为是“惧非其人而时有所隐，故第七一卷师氏藏之“的缘故。王冰自谓“得先师张公秘本“，“因而撰注，用传不朽，兼旧藏之卷，合八十一篇二十四卷“。由于王冰补入了《天元纪大论》、《五运行大论》、《六微旨大论》、《气交变大论》、《五常政大论》、《六元正纪大论》和《至真要大论》等七篇大论，并将《素问》全文广为次注，所以才从原来的九卷大大地扩展为二十四卷，从而成了如今流行的《黄帝内经素问》。当然还有元代胡氏“古林书堂“十二卷刊本和明代正统年间所刊五十卷《道藏》本，但其内容、篇目次第并无变动，一如王冰旧作。
二、《灵枢》
《灵枢》最早称《针经》。第一篇《九针十二原》就有“先立《针经》“之语，相当于自我介绍。后来又称为《九卷》，晋皇甫谧复又称之为《针经》，再后又有《九虚》、《九灵》、《黄帝针经》等名。
《灵枢》一名，始见于王冰《素问》序及王冰的《素问》注语中。王冰在注《素问》时，曾两次引用“经脉为里，支而横者为络，络之别者为孙络“这句话，在《三部九候论》中引用时称“《灵枢》曰“，在《调经论》中引用时又称“《针经》曰“，可知《灵枢》即《针经》。而其他《素问》注中所引《针经》，皆为《灵枢》之文，则更证明了这一点。
《灵枢》名称的演变大略如此，而其命名之义则需具体分析。马翃和张介宾认为是因为枢机之玄奥。《灵枢》主要研究的是针刺问题，故称《针经》;因其卷帙为九卷，故名曰《九卷》，并因此而有《九灵》、《九虚》等名。
至于《灵枢》，虽有《九卷》、《九虚》、《九灵》和《针经》等几个传本系统，但隋唐以后都亡佚了。宋代林亿、高保衡等人校正医书时也因其残缺过甚而欲校不能。南宋史崧所献的《灵枢经》虽与王冰所引之《灵枢》及王唯一所引之《灵枢》在内容上均有所不同，但毕竟是存世的唯一版本。史崧之所以将《灵枢》改成二十四卷，也只是为了与王冰所注之《素问》卷数相同而别无深意。因为原本这两部书都是九卷，所以最终都成了二十四卷。平人气象论第一，决死生篇第二，脏气法时论第三，宣明五气篇第四，经合论第五，调经论第六，四时刺逆从论第七，凡七篇。
卷二，移精变气论第八，玉版论要篇第九，诊要经终论第十，八正神明论第十一，真邪论第十二，标本病传论第十三，皮部论第十四，气穴论第十五，气府论第十六，骨空论第十七，缪刺论第十八，凡十一篇。
卷三，阴阳离合论第十九，十二脏相使篇第二十，六节藏象论第二十一，阳明脉解篇第二十二，五脏举痛第二十三，长刺节篇第二十四，凡六篇。
卷四，生气通天论第二十五，全匮真言论第二十六，阴阳别论第二十七，经脉别论第二十八，通评虚实论第二十九，太阴阳明表里篇第三十，逆调论第三十一，痿论第三十二，凡八篇。
卷五，五脏别论第三十三，汤液醪醴论第三十四，热论第三十五，刺热篇第三十六，评热病论第三十七，疟论第三十八，腹中论第三十九，厥论第四十，病能论第四十一，奇病论第四十二，凡十篇。
卷六，脉要精微论第四十三，玉机真藏论第四十四，刺疟篇第四十五，刺腰痛篇第四十六，刺齐论第四十七，刺禁论第四十八，刺志论第四十九，针解篇第五十，四时刺逆从论第五十一，凡八篇。
卷七，阙。
卷八，痹论第五十二，水热穴论第五十三，从容别白黑第五十四，论过失第五十五，方论得失明著第五十六，阴阳类论第五十七，四时病类论第五十八，方盛衰论第五十九，方论解第六十，凡九篇。
卷九，上古天真论第六十一，四气调神大论第六十二，阴阳应象大论第六十三，五脏生成篇第六十四，异法方宜论第六十五，咳论第六十六，风论第六十七，厥论第六十八，大奇论第六十九，脉解篇第七十，凡十篇。
以上八卷，合七十篇也。
唐·王冰篇
摄生，阴阳，脏腑，治法，脉法，病机，病证，刺法，精气血，运气，四诊合参
卷一，上古天真论篇第一，四气调神大论篇第二，生气通天论篇第三，金匮真言论篇第四。
卷二，阴阳应象大论篇第五，阴阳离合论篇第六，阴阳别论篇第七。
卷三，灵兰秘典论篇第八，六节藏象论篇第九，五藏生成篇第十，五藏别论篇第十一。
卷四，异法方宜论篇第十二，移精变气论篇第十三，汤液醪醴论篇第十四，玉版论要篇第十五，诊要经终论篇第十六。
卷五，脉要精微论篇第十七，平人气象论篇第十八。
卷六，玉机真藏论篇第十九，三部九候论篇第二十。
卷七，经脉别论篇第二十一，藏气法时论篇第二十二，宣明五气篇第二十三，血气形志篇第二十四。
卷八，宝命全形论篇第二十五，八正神明论篇第二十六，离合真邪论篇第二十七，通评虚实论篇第二十八，太阴阳明论篇第二十九，阳明脉解篇第三十。
卷九，热论篇第三十一，刺热篇第三十二，评热病论篇第三十三，逆调论篇第三十四。
卷十，疟论篇第三十五，刺疟篇第三十六，气厥论篇第三十七，咳论篇第三十八。
卷十一，举痛论篇第三十九，腹中论篇第四十，刺腰痛篇第四十一。
卷十二，风论篇第四十二，痹论篇第四十三，痿论篇第四十四，厥论篇第四十五。
卷十三，病能论篇第四十六，奇病论篇第四十七，大奇论篇第四十八，脉解篇第四十九。
卷十四，刺要论篇第五十，刺齐论篇第五十一，刺禁论篇第五十二，刺志论篇第五十三，针解篇第五十四，长刺节论篇第五十五。
卷十五，皮部论篇第五十六，经络论篇第五十七，气穴论篇第五十八，气府论篇第五十九。
卷十六，骨空论篇第六十，水热穴论篇第六十一。
卷十七，调经论篇第六十二。
卷十八，缪刺论篇第六十三，四时刺逆从论篇第六十四，标本病传论篇第六十五。
卷十九，天元纪大论篇第六十六，五运行大论篇第六十七，六微旨大论篇第六十八。
卷二十，气交变大论篇第六十九，五常政大论篇第七十。
卷二十一，六元正经大论篇第七十一，刺法论篇第七十二(遗篇)，本病论篇第七十三(遗篇)。
卷二十二，至真要大论篇第七十四。
卷二十三，著至教论篇第七十五，示从容论篇第七十六，疏五过论篇第七十七，徵四失论篇第七十八。
卷二十四，阴阳类论篇第七十九，方盛衰论篇第八十，解精微论篇第八十一。
折叠灵枢目录
卷一、九针十二原第一，本输第二，小针解第三，邪气藏府病形第四。
卷二、根结第五，寿夭刚柔第六，官针第七，本神第八，终始第九。
卷三、经脉第十，经别第十一，经水第十二。
卷四、经筋第十三，骨度第十四，五十营第十五，营气第十六，脉度第十七营卫生会第十八，四时气第十九。
卷五、五邪第二十，寒热病第二十一，癫狂第二十二，热病第二十三，厥病第二十四病本第二十五，杂病第二十六，周痹第二十七，口问第二十八。
卷六、师传第二十九，决气第三十，肠胃第三十一，平人绝谷第三十二，海论第三十三五乱第三十四，胀论第三十五，五癃津液别第三十六，五阅五使第三十七，逆顺肥瘦第三十八血络论第三十九，阴阳清浊第四十。
卷七、阴阳繋日月第四十一，病传第四十二，淫邪发梦第四十三，顺气一日分为四时第四十四，外揣第四十五，五变第四十六，本藏第四十七。
卷八、禁服第四十八，五色第四十九，论勇第五十，背俞第五十一，卫气第五十二论痛第五十三，天年第五十四，逆顺第五十五，五味第五十六。
卷九、水胀第五十七，贼风第五十八，卫气失常第五十九，玉版第六十，五禁第六十一动输第六十二，五味论第六十三，阴阳二十五人第六十四。
卷十、五音五味第六十五，百病始生第六十六，行针第六十七，上膈第六十八，忧恚无言第六十九寒热第七十，邪客第七十一，通天第七十二。
卷十一、官能第七十三，论疾诊尺第七十四，刺节真邪第七十五，卫气行第七十六，九宫八风第七十七。服第四十八，五色第四十九，论勇第五十，背俞第五十一，卫气第五十二论痛第五十三，天年第五十四，逆顺第五十五，五味第五十六。整体观念“强调人体本身与自然界是一个整体，同时人体结构和各个部分都是彼此联系的。
2“阴阳五行“是用来说明事物之间对立统一关系的理论。
3“藏象经络“是以研究人体五脏六腑、十二经脉、奇经八脉等生理功能、病理变化及相互关系为主要内容的。
4“病因病机“阐述了各种致病因素作用于人体后是否发病以及疾病发生和变化的内在机理。
5“诊法治则“是中医认识和治疗疾病的基本原则。
6“预防养生“系统地阐述了中医的养生学说，是养生防病经验的重要总结。
7“运气学说“研究自然界气候对人体生理、病理的影响，并以此为依据，指导人们趋利避害。
历代医家用分类法对《黄帝内经》进行研究。其中分类最繁的是杨上善，分做18类;最简的是沈又彭，分做4卷。各家的认识较为一致的是脏象(包括经络)、病机、诊法和治则四大学说。这四大学说是《黄帝内经》理论体系的主要内容。
折叠脏象学说
脏象学说是研究人体脏腑组织和经络系统的生理功能、相互之间的联系以及在外的表象乃至与外环境的联系等等之学说。
脏象学说是以五脏六腑十二经脉为物质基础的。当然有关解剖学之内容还远不止此，但更重要的还是通过大量的医疗实践不断认识、反复论证而使此学说逐渐丰富起来的，最终达到了指导临床的高度。
《黄帝内经》充分认识到“有诸内必形诸外“的辩证法则，使脏象学说系统而完善。脏象学说主要包括脏腑、经络和精气神肾。经》充分认识到“有诸内必形诸外“的辩证法则，使脏象学说系统而完善。脏象学说主要包括脏腑、经络和精气神三部分。脏腑又由五脏、六腑和奇恒之腑组成。
五脏，即肝、心、脾、肺、肾。
六腑，即胆、胃、大肠、小肠、膀胱和三焦。
奇恒之腑也属于腑，但又异于常。系指脑、髓、骨、脉、胆和
六腑，即胆、胃、大肠、小肠、膀胱和三焦。
奇恒之腑也属于腑，但又异于常。系指脑、髓、骨、脉、胆和女子胞。这里边胆即是大腑之一，又属于奇恒之腑。
脏腑虽因形态功能之不同而有所分，但它们之间却不是孤立的，而是相互合作、相
卷九、水胀第五十七，贼风第五十八，卫气失常第五十九，玉版第六十，五禁第六十一动输第六十二，五味论第六十三，阴阳二十五人第六十四。
卷十、五音五味第六十五，百病始生第六十六，行针第六十七，上膈第六十八，忧恚无言第六十九寒热第七十，邪客第七十一，通天第七十二。
卷十一、官能第七十三，论疾诊尺第七十四，刺节真邪第七十五，卫气
卷十二、九针论第七十八，岁露论第七十九，大惑论第八十，痈疽第八十一。
元代胡氏“古林书堂“刊本将《灵枢》并为十二卷，也是与其所刊《素问》十二卷本相匹配。