卡卡西的毒暂时解开了，但一时还不能动。大和想起3年前，甲、卡卡西、雪见3人在三岔路口分道扬镳的情景。大和也知道这是取走卡卡西写轮眼的好机会，但他没有那么做。
在卡卡西准备将甲押送回去的时候大蛇丸的实验体出现了，而为了救出甲的卡卡西中了大蛇丸的毒气，帮卡卡西解毒后甲决定放弃团藏的命令。
洞窟口外，根部乙一直埋伏在那里。大和从洞窟口出来，乙马上过来询问，“卡卡西呢？得手了吗？”大和道，“是的。”大和递给乙一个瓶子，瓶子里面的液体中有个眼睛。乙道，“没我出场的份了。尸体呢？”大和道，“我把现场伪装成了他中了大蛇丸陷阱的样子，应该会被火影暗部找到的。”乙并没有疑心，“很好，趁还没被现，我们赶快回去吧！”大和看了一眼洞口，跟着乙直接往木叶方向去了。
卡卡西留在实验室里，过了好长时间才清醒过来，这才现大和不见了。卡卡西看到了大和在墙壁上的留言，“我愈不明白这个必须杀死同伴的任务究竟有何意义，所以我决定放弃任务。我会告诉团藏大人任务已经失败。请你自己保重！”落款是甲。
夕阳映红了天空，卡卡西全力赶回木叶，来到火影办公室门前，遇到了卯月夕颜。三代火影正在办公室书写信件，夕颜建议卡卡西先去疗伤，但卡卡西坚持先报告火影。猿飞听到了二人的话，让他们进来，“怎么了？”卡卡西道，“三代目，关于那个根部的木遁忍者……那家伙想杀我，应该是团藏大人的命令……但他违抗了命令，中途放弃任务救了我一命。估计返回村子了，不知道现在情况如何。”
醒来的卡卡西立即赶去报告三代，现在的甲正处于险境。卡卡西请求三代火影出面与团藏交涉，把甲救出来。猿飞拿起笔继续写字，卡卡西非常焦急，“三代目！”猿飞道，“照理说，连我都不能插手根的内部事务。但这次情况特殊……”
三代火影写好书信交给卯月夕颜，“带着这封信去根本部，就说是火影的命令！让团藏立刻来这里见我！”夕颜答应，三代道，“记住，如果团藏有恶意，你就报出月光疾风和金宇上忍的名字。拜托了，夕颜！”夕颜知道疾风是金宇的弟子，但不知道金宇与团藏的渊源，但还是道，“明白，请放心。”
夕颜离开后，猿飞让卡卡西去医疗班疗伤。但是卡卡西离开火影办公室后，却追上了夕颜，“我也去！”两个人如同两道箭影一样，飞前进，奔向根的地下基地。
根部基地，团藏拿着瓶子怒不可遏，“这是怎么回事，甲？”大和道，“非常抱歉，任务失败了。”团藏道，“如果你们被卡卡西所杀，那么失败的是派你们去执行任务的我，因为我误算了卡卡西的实力。可现在你却用这种小花招欺骗乙，放弃任务恬不知耻地跑回来。你们明明可以两个人一起出手干掉卡卡西的。”团藏捏碎了瓶子，里面的眼珠变成了水母，那是大和的障眼法。甲乙二人俯，不敢直视团藏。
团藏非常失望，“你到底想干什么？回答我，到底想干什么？”大和道，“卡卡西是木叶忍者，是木叶的同伴。杀害同伴的任务是正确的吗？”团藏道，“你的同伴只有同属根部的人。”大和道，“根难道不是木叶的同伴吗？”团藏道，“根是在看不见的地方支撑木叶这棵大树的组织，就像大树分为地上和地下两部分一样。根是独立存在的。乙，你告诉甲，什么是根部忍者。”
乙马上回答，“根的忍者没有姓名，没有感情，没有过去，没有未来，有的只是任务。”团藏咆哮，“而我身为根的领，派出去的任务是绝对的！”大和却想起了雪见和实验室的那个同伴，团藏怒道，“你在听我说话吗，甲？”大和站起来，“不，我的名字不是甲！”团藏惊怒，“你说什么，你就是根的甲！除了这个代号以外，还能有什么？”大和满头大汗，“我是木叶的忍者，不只是根的。而是有树干有树枝的木叶忍者，根也一样，大家都是同伴。”
团藏很生气，“你被什么扰乱了心智？”团藏打开了右眼的写轮眼，用幻术放倒了大和。团藏命令乙，“把甲带到诊疗室，用更强的咒印束缚他！”乙答应。
正在这时，夕颜与卡卡西赶到了根部基地，“火影大人紧急召见团藏大人！”根部忍者丙和丁手持长戈拦住卡卡西二人，夕颜出示了火影的召唤状，“替我转告说火影大人要求团藏大人立刻过去！”根部丙回答，“团藏大人不在！等他回来我会传达这份召见命令的。”卡卡西道，“什么，现在他在哪里？”根部丁说不知道，“我们不可能猜测团藏大人的行动。”
团藏避而不见，卡卡西无奈，“夕颜，你先回去将消息告知三代大人。”夕颜道，“前辈你呢？”卡卡西道，“我在这里等他回来，你快去！”夕颜只好答应，转身离去。
团藏无视了三代召见的命令，卡卡西不得已侵入了根的基地。等夕颜离开根部基地后，卡卡西摘下暗部面具，硬闯丙和丁的关卡。丙和丁手持兵器拦阻，“前面是根部的领域！”卡卡西用写轮眼幻术放倒了丙。丁大惊，上前攻击卡卡西。卡卡西避开攻击，用写轮眼幻术将丁催眠，“甲在哪里？”丁中了幻术，说出了大和的下落。
房间内，团藏还在不满，“甲那家伙，卡卡西到底跟他说了些什么？”乙过来报告，“团藏大人，都准备好了。”团藏与乙一起走向诊疗室。
而卡卡西已经抢先一步赶到了那里，将大和救了出来。卡卡西弄醒大和，大和有些吃惊，“卡卡西？”卡卡西来不及解释，带着大和向外跑去。二人前脚离开诊疗室，团藏与乙后脚就到了，刚好看到卡卡西二人的离开。乙急忙追过去，大和结印，用木遁组成栅栏，挡住乙和团藏的路。
大和与卡卡西全力向外逃，团藏怒火冲天，出了紧急通缉命令。根部忍者都被惊动了，开始阻击卡卡西与大和。卡卡西与大和且战且走，趁着根部有些混乱之际，来到了根部的天井区域，那里可以直接向上通向外部。但是团藏率领一些暗部已经挡在那里了，团藏结印，“风遁，真空玉！”子弹一般的风遁横扫过来，大和结印，“木遁，木锭壁！”用木壁挡住风遁，保护住自身和卡卡西。
但是团藏的实力惊人，真空玉摧毁了木锭壁，不过风遁也消失了。卡卡西叫苦，他知道单凭自己和甲是无法击败团藏的。团藏冷哼，“没想到你居然会自己跑来，卡卡西！胆敢擅自进入根的领域，并企图带走根的忍者，别以为我会放过你。”在这之前，可以随意来往根部基地的人，只有死去的金宇四十五。
卡卡西与大和被困在天井中央，四面都是根部忍者。大和想要替卡卡西求情，团藏怒道，“闭嘴，别以为你会有好果子吃！”上方传来一个威严的声音，“你也一样！”团藏大怒，抬头看去，其他忍者也都一起仰头望去，并没有看出声音是从哪里出的，也没有现有别人。团藏正在疑惑，三代火影猿飞从天而降，瞬间落在团藏身侧，一下子将根部忍者全给镇住了。
团藏冒汗，“猿飞！”猿飞道，“我知道你恨卡卡西，但我希望你别因为私怨就对村中的优秀忍者痛下杀手。”团藏死不承认，“你在说什么啊，猿飞！我对卡卡西并没有成见。问题在于他擅自闯入根部基地。”猿飞冷哼，“擅自？没有啊！我向你下达了召见命令，而你却装作不在，他才进来找你。这是我的命令！”团藏只好道，“看来是传达有误，这个命令我是第一次听说。”
猿飞道，“那么卡卡西的事情就先告一段路吧！我召见你，是为了接下来我要讲的事情。”三代目走到大和面前，“村里另一位优秀的忍者，你应该知道木遁忍者对木叶来说是梦寐以求的。曾经村中不惜进行高风险实验，只为了得到这种力量。而现在木遁忍者明明存在了，你却把他藏在根里。这是怎么回事？”团藏道，“此人确实是我找到并加以保护，培养起来的，并没有故意藏匿的心思。而是我认为没有报告的必要。”
猿飞道，“团藏啊，人柱力已经4岁了。木遁的封印能力对村子而言愈地重要。所以，能把他交给我吗？我要把他编入火影的直辖暗部。”团藏气得七窍生烟，“可是……”猿飞的语气变重了，“拜托了，团藏！他或许是名非常优秀的部下，但是为了木叶，把他从根调走吧！”团藏哪里肯甘心，而且他觉得这是自己的地盘，即便面对三代火影，也是有几分胜算的。
猿飞加了筹码，“那样的话我可以把一切都一笔勾销！”团藏知道自己闯的祸也不小，比如拒绝火影召见，暗杀卡卡西等，于是就改变了态度，“为了防止根的人泄密，我给他们都施加了咒印。那咒印是解不开的！”猿飞很有自信，区区咒印还难不住这位忍界博士，“没关系。”团藏道，“好吧！不过不要对外传言木叶有了木遁忍者，你明白吧，猿飞？”猿飞点头，“我当然知道。那这人我就接受了。”三代火影对大和道，“从今往后，你就是火影的直辖暗部了。”
三代在卡卡西他们遇到危险时赶了过来，迫于三代的压力团藏只能妥协。大和有些不知所措，卡卡西拍了拍他的肩头，以示鼓励。大和鼓起勇气，走到团藏前面，郑重鞠躬，“感谢您一直以来的照顾！”就这样，猿飞与团藏达成了政治妥协。从那天以后，大和就脱离了根部，正式加入了火影的直辖暗部，并成为卡卡西的助手。
阳光明媚的早上，大和第一天到暗部上班，“我是从根部转来的甲！”暗部的成员也相当多，许多人都看向大和。卡卡西挥手招呼，“哦，天藏！”大和有些蒙，卡卡西道，“甲是你在根的代号，在暗部就叫天藏吧！”大和道，“但那个名字……”卡卡西道，“之前你自己说叫天藏啊！”卡卡西招呼其他战友，“好了各位，这位是我们的新伙伴，天藏！他的实力由我担保。”在卡卡西的鼓舞下，大和走入，“请各位多多关照！”
大家似乎很友好地接受了大和的加入，卡卡西道，“天藏，你编入我的第六班。”大和道，“是，前辈！”
————————2年后———————————
大和加入暗部，时光匆匆，又过了大约2年，也就是鸣人、佐助、晶臧等人大约6岁左右时候。
森林中，两个雾忍遭到木叶暗部的追杀，其中一个光头雾忍被后面的暗部忍者击中，落在地上。另一个背刀雾忍大叫可恶，拼命逃跑。前方出现雷光，卡卡西手持千鸟击杀了背刀雾忍。后面那个暗部忍者就是大和，他落在尸体旁边，“前辈的雷切还是那么漂亮！”卡卡西道，“漂亮？暗杀哪有什么漂亮难看的。杀人就是杀人！”
回到木叶的暗部基地更衣室，两人放好各自的物品，换上便装。大和道，“对了，咱们第六班缺的人，什么时候能补上啊？”卡卡西说不着急，“现在又不是战争时期，到时候会有人来的。”
木叶河畔大桥，迈特凯、夕日红、阿斯玛与卡卡西相遇。阿凯道，“卡卡西，怎么了，看你一脸疲惫的样子。刚完成任务吗？”红道，“凯你这个笨蛋，暗部怎么可能对外泄露任务情报呢？”阿斯玛说没错。阿凯不以为意，“我们几个正要去团子店，你也来吗？”卡卡西冷冷道，“抱歉，我不爱吃甜食。”