对太平天国之战已经结束，天王洪秀全及其三子自杀身亡，太平军宣告覆灭。载淳与新军与湘军众将在江宁城中欢庆三日。
大清皇帝同治同时也去了每一座军营，与士兵同餐共食，气氛融洽。载淳如此往复与士兵共同庆祝七日，才宣告结束。[..]
对太平天国一战虽已结束，但战后需要处理之事还很多。载淳派兵四处出击，共俘虏降座近二十万。
而江宁是太平天国的老巢，经营日久。当日进攻之时，太平军在江宁及其周边共人守军二十万之众，破江宁之后，共俘虏有十四五万之众。
总共有降座近三十五万，这可是一个庞大的数字。这些人不能杀，因为都是壮劳力，但每日耗粮也是无数，还需尽快解决。
载淳先让冯子材在其中挑选三个师的士兵，成立皇家第二十六师、皇家第二十七师、皇家第二十八师，组建为皇家第八军。
后就是对七万湘军进行整编，共挑出三个师的兵士，然后又在降军中挑出一个师，打散之后，编成四个师成立皇家第九军，并下旨免去周馥皇家第五师师长之职，速调来江宁，来升为少将军衔，任皇家第九军军长之职，同时抽调皇家第一军与皇家第四军所有营级以上副职来江宁。
在同治二年十一月末之时，大清同治皇帝载淳完成了对湘军的改编，同时又从额尔金公使与卡恩那里购进十万之步枪，天津枪炮厂也送来了五万支枪与相应的火炮和迫击炮。对两个军的装备已经完成。
而剩下的一万多湘军，载淳也并没有和历史中一样，进行裁撤，因为这些毕竟是上过战场，刺刀见过红的士兵，如果将他们裁撤，就会是一个不稳定的因素。
载淳将他们也进行了培训，然后让这一万多人却领剩下的降卒，改编成了建设兵团。因为现在大清四处都需要建设，到处都需要人。
载淳想，这几年虽然成立了不少的新军，但却没有花国库一两的银子，自己的老师应该也攒下了一点家底了吧。载淳就想用这个建设兵团先对长江与黄河进行整治，免得总是出现哪有窟窿向哪堵，年年堵年年漏的情况。这样这些个人就有了活干，也就有了生路，就不会再闹事了。
再解决完这些事情之后，就是最让载淳头疼的事情了，寻就是对有功将士的封赏问题。载淳到是不担心湘军这群人再有什么想法，而是在北京城中的肃顺等肯定会从中阻挠，不会让载淳如此顺利的成事。
载淳先挨个找湘军的重要将领进行了谈话，载淳只有两个要求。一就是必须离开军队，这样对大家都好。二就是离开湖广与两江之地。其余的都好商量。
湘军众将自那日庆功宴上的一番肺腑之言之后，都已经知道了湘军现在的处境，看似非常的光鲜，可实际正处在风口浪尖之上。众将都对载淳说，一切凭皇上做主，这反倒弄得载淳有些不好意思。所以载淳也只能尽量与恭王等人周旋，尽量争取一个好的结果，以免寒了有功之臣的心。
首先是对曾国藩的封赏，载淳肯定是不会象原来历史中的那样，将曾国藩放在两江总督之位上，但又不能让湘军众将有意见。所以载淳先对曾国藩封了爵位，为二等勇毅公，这在大清异姓少有的爵位。
并赦封为文华殿大学士，入直军机。正好补上倭仁去后留下的军机大臣空位。但载淳加封曾国藩为文华殿大学士，所以在军机处只在恭亲王奕訢之下。可以说曾国藩已经位极人臣。
湘军众将对自己的老大封赏还是很满意的，而恭亲王奕訢等人对曾国藩的封赏也不会提出什么异议，他们也不想就此而得罪此人。
随后就是湘军众将，在经过多次与恭王等人的讨价还价之后，赦封曾国荃为兵部右侍郎。赦封李续宜为兵部左侍郎。赦封华蘅芳为户部左郎。赦封李善兰为工部左侍郎。赦封徐寿为礼部左侍郎，主管大学之事。赦封刘长佑为四长巡抚，赦封刘坤一为广西巡抚，赦封杨载福为广东巡抚。而恭亲王同时也提出了几个人为巡抚，载淳不得以也只能同意，其中一人就是李鸿章，被赦封为湖北巡府，这是载淳巴不得的事情。
同时载淳还与恭亲王奕訢做了一交易，那就是免载龄吏部侍郎之职，赦封为署两总督，免灵桂刑部侍郎之职，署理闽浙总督之任。
而灵桂又向载淳举荐原手下郎中，现任山西布政使的郑敦谨，为人刚正不阿，勤勉作事。载淳随即下旨，赦封为福建巡抚。调安徽布政使马新贻为浙江巡府。
马新贻也是载淳在同治二年接触并着重拉拢之人。其时载淳对马新贻有印象还是在晚清四大疑案中注意到了，那就是张汶祥刺马案。载淳就多注意了此人，并陛见过马新贻一次，马新贻与载淳深谈了关于灾后重建江南之地的举措。
首先谈道了漕运，马新贻的办法主要就是：正额照常征解，重点之地漕米额征数依谕旨酌减；一切陋规概行禁革，对浮收加以裁减，仅酌留平余为办公费；严禁大小户之分。
然后又谈到了盐运之事，极力推崇纲盐改票盐，并要求运商预交盐款，以缓场商疲乏，并按月配发盐引。
载淳对马贻的看法很是赞赏，看起来也是一位能吏，所以任马新贻为浙江巡抚，并没敢任在两江地面上，也是怕刺马案再出现。
马新贻在陛见请训之时，又向载淳要了两个人，一是原安庆知府孙依言，二是山东候补道袁宝庆，载淳二话没说，就下旨将二人调了过来。
赦封军机京章乔松年为上海道道员，并与之进行了详谈，对上海今后应如何的发展、如何的布局，和上海的重要位置，以及今后的漕运会转一部分为海运，会从上海起运等。乔松年也为载淳的见识给折服，所以甘心为载淳治理好上海道。
而载淳不得以将江苏巡抚、安徽巡府、漕运总督之位让给了恭亲王。
但载淳对漕运之事也同样做出了自己的对策。载淳此次得到了一个人才，就是颜士璋，是咸丰九年举人，为人机智，有才能，载淳就聘其为皇家运输公司的经理，并将漕运转一部分为海运，这也是载淳为着手整顿漕运坐准备。
至此，载淳对此有功之臣的封赏事宜才算告一段落，总体来说，湘军众将还算满意。此次攻入江宁，载淳还得到了太平天国所有的财富，但载淳并没有用这些钱财投入到军备上，而是直接交给裁龄、灵桂、左宗棠三人，让此三人整顿河务和战后重建之用。
在处理完这些事情之后，已经进入了同治三年。